一种老虎家系鉴定的试剂、方法和应用技术

本申请公开了一种老虎家系鉴定的试剂、方法和应用。本申请的老虎家系鉴定的试剂，包括22对特异性引物，22对特异性引物上下游引物依序为Seq ID No.1至Seq ID No.44所示序列，其中，Seq ID No.1和Seq ID No.2为一对特异性引物，Seq ID No.3和Seq ID No.4为一对特异性引物，如此两条引物组合为一对特异性引物，以此类推。本申请的老虎家系鉴定试剂，能对老虎家系进行准确、高效、快捷鉴定，对老虎基因育种和优生优育进行指导。采用本申请的试剂，对老虎进行家谱和老虎群体DNA档案建立，从基因水平指导老虎的育种和繁殖，提高老虎群体遗传多态性，提高了老虎的生育率和生存率。

A Kind of Reagent, Method and Application for Tiger Family Identification

This application discloses a reagent, method and application for tiger family identification. The reagent for identification of tiger family included 22 pairs of specific primers, 22 pairs of upstream and downstream primers were sequenced as Seq ID No.1 to Seq ID No.44, in which Seq ID No.1 and Seq ID No.2 were a pair of specific primers, Seq ID No.3 and Seq ID No.4 were a pair of specific primers, and so on. The tiger family identification reagent can accurately, efficiently and quickly identify the tiger family, and guide the tiger gene breeding and eugenic breeding. Using this reagent, the genealogy of tigers and the DNA archives of tiger population were established, which can guide the breeding and reproduction of tigers at the genetic level, improve the genetic polymorphism of tiger population, and improve the fertility and survival rate of tigers.

【技术实现步骤摘要】
一种老虎家系鉴定的试剂、方法和应用
本申请涉及老虎家系鉴定领域，特别是涉及一种老虎家系鉴定的试剂、方法和应用。
技术介绍
老虎作为濒危物种，已有不少品种灭种绝迹，目前已列入《世界自然保护联盟》(缩写IUCN)2012年濒危物种红色名录version3.1、《中国国家重点保护野生动物名录》Ⅰ级以及《华盛顿公约》CITESⅠ级保护动物。据统计我国现存老虎仅5000多只，以人工圈养为主。在人工圈养的过程中，容易引起老虎近亲繁殖，进而导致生育率下降、存活率较低等一系列问题。基因育种能够实现优生优育，防止近亲交配，保护种群的遗传多样性。但是，目前国内外尚没有老虎家系鉴定的方法或试剂盒，无法对老虎进行有效的基因育种。因此，开发一种准确、高效、快捷、经济的老虎家系鉴定方法已经刻不容缓；这对老虎基因育种具有极大的指导意义。在建立老虎基因家谱的同时，建立老虎群体的DNA档案，从基因水平指导老虎的育种和繁殖，提高老虎群体的遗传多态性，对提高老虎的生育率和生存率具有重大的科学意义和应用价值。
技术实现思路
本申请的目的是提供一种新的老虎家系鉴定的试剂，基于该试剂的老虎家系鉴定方法，以及该试剂的应用。本申请采用了以下技术方案：本申请的一方面公开了一种老虎家系鉴定的试剂，该试剂包括22对特异性引物，22对特异性引物的上下游引物依序为SeqIDNo.1至SeqIDNo.44所示序列，其中，SeqIDNo.1和SeqIDNo.2为一对特异性引物，SeqIDNo.3和SeqIDNo.4为一对特异性引物，SeqIDNo.5和SeqIDNo.6为一对特异性引物，如此两条引物组合为一对特异性引物，以此类推。需要说明的是，本申请的22对特异性引物实际上是针对22个靶标设计的，这22个靶标包括21个短串联重复序列(缩写STR)和1个性别鉴定靶标，通过对这22个靶标进行检测，就可以快速的进行老虎家系的鉴定，从而有效的预防老虎的近亲交配，实现老虎的基因育种和优生优育，保护老虎群体的遗传多态性，进而提高老虎的生育率和生存率。本申请的22个靶标具体为：DA2S1059、DE1S613、DA2S1575、DA1S1145、DB1S542、DA1S1290、DB2S734、DD3S86、DB3S187、DB4S1505、DA3S461、DE3S497、DE3S579、DA1S1470、DA3S1123、DC1S1364、AMEL、DD3S899、DD2S793、DB1S1096、DB1S1259和DD4S705。其中，AMEL为老虎性别鉴定靶标，其余21个为短串联重复序列。本申请的22对特异性引物具体如表1所示。优选的，22对特异性引物被分为五个引物混合组，具体的，第一引物混合组由第1-5对特异性引物组成，第二引物混合组由第6-10对特异性引物组成，第三引物混合组由第11-14，第四引物混合组由第15-18，第五引物混合组由第19-22对特异性引物组成。需要说明的是，为了使用方便，本申请的优选方案中，将22对特异性引物被分为五个引物混合组，即五个引物混合组可以分组进行五个多重PCR扩增，对22个靶标进行检测。可以理解，在不考虑效率，或者要求较低的情况下，也可以22对特异性引物一起进行PCR扩增；又或者，22对特异性引物单独进行22个PCR扩增。当然，22对特异性引物单独进行22个PCR扩增，是可以保障检测质量和效果的，但是，进行22个PCR扩增，一是耗时，二是浪费试剂成本；因此，本申请优选的将22对特异性引物被分为五个引物混合组。优选的，五个引物混合组中，至少有四个引物混合组的引物上分别标记有不同颜色的荧光素。需要说明的是，至少四个引物混合组分别标记有不同颜色的荧光素，也就是说，一个引物混合组中所有引物都标记同一颜色的荧光素，另一个引物混合组中所有引物都标记另一个颜色的荧光素；本申请的一种优选方案中，统一标记在上游引物的5’端。可以理解，不同引物混合组标记不同颜色的荧光素，其目的就是区分不同引物混合组的PCR扩增产物，以方便检测。本领域技术人员熟知，对于PCR扩增产物的区分，除了在引物上进行不同颜色的荧光素标记以外，还可以采用索引序列的方式进行区分，例如在不同引物混合组的引物中添加一段特异性的索引序列，或者，每对引物添加不同的索引序列，以此区分PCR扩增产物。优选的，荧光素包括蓝色荧光素、绿色荧光素、黄色荧光素和红色荧光素。更优选的，蓝色荧光素为6’-FAM，绿色荧光素为HEX，黄色荧光素为TAMRA，红色荧光素为ROX。其中，6’-FAM为6’-羧基荧光素的缩写，HEX为六氯-6-甲基荧光素的缩写，TAMRA为4-甲基-6-羧基-罗丹明的缩写，ROX为羧基-X-罗丹明的缩写。优选的，22对特异性引物依序分别为DA2S1059、DE1S613、DA2S1575、DA1S1145、DB1S542、DA1S1290、DB2S734、DD3S86、DB3S187、DB4S1505、DA3S461、DE3S497、DE3S579、DA1S1470、DA3S1123、DC1S1364、AMEL、DD3S899、DD2S793、DB1S1096、DB1S1259和DD4S705等22个基因的特异性检测引物。本申请的另一面公开了本申请的试剂在老虎家系鉴定或老虎来源材料检测中的应用。可以理解，本申请的22对特异性引物能够用于老虎家系鉴定，当然能够用于对于一些未知来源的样品进行检测，以判断这些样品是否取自于老虎，或者其中是否含有取自于老虎的成份。本申请的再一面公开了一种用于老虎家系鉴定或老虎来源材料检测的试剂盒，该试剂盒中含有本申请的试剂。本申请的再一面公开了一种老虎家系鉴定的方法，包括采用本申请的试剂对采集自老虎的DNA样品进行PCR扩增。优选的，PCR扩增分为五组进行，第一引物混合组、第二引物混合组、第三引物混合组、第四引物混合组和第五引物混合组分别对老虎DNA样品进行PCR扩增。优选的，本申请的方法还包括采用核酸测序仪或遗传分析仪对PCR扩增产物进行分析检测。本申请的有益效果在于：本申请用于老虎家系鉴定的试剂，能够对老虎家系进行准确、高效、快捷的检测和鉴定，对老虎的基因育种和优生优育具有重要的指导作用。采用本申请的试剂，对老虎进行家谱和老虎群体DNA档案建立，从基因水平指导老虎的育种和繁殖，提高了老虎群体的遗传多态性，进而提高了老虎的生育率和生存率，具有极高的科学意义和应用价值。附图说明图1是本申请实施例中22个靶标序列在基因组中的定位图谱；图2是本申请实施例中引物筛选的电泳图；图3至图5是本申请实施例中老虎样品的21个STR基因座和1个性染色体鉴别位点的基因分型图谱。具体实施方式老虎作为Ⅰ级保护动物已经濒临灭绝，人工圈养是维系其种群的有效途径；但是，人工圈养容易引起近亲繁殖，导致生育率下降、存活率低等一系列问题，不利于老虎种群的维系。在目前老虎数量有限的情况下，利用先进的基因育种技术，防止老虎近亲交配，实现优生优育，保护老虎种群遗传多样性，这是本申请的基本专利技术思路。为此，本申请对老虎基因组进行研究，提出了专门用于老虎家系鉴定的试剂，即包括22对特异性引物的试剂；通过本申请的试剂和本申请提供的方法，能够对老虎家系进行快速、准确的鉴定，以便于对老虎进行基因育本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种老虎家系鉴定的试剂，其特征在于：包括22对特异性引物，22对特异性引物的上下游引物依序为Seq ID No.1至Seq ID No.44所示序列，其中，Seq ID No.1和Seq ID No.2为一对特异性引物，Seq ID No.3和Seq ID No.4为一对特异性引物，Seq ID No.5和Seq ID No.6为一对特异性引物，如此两条引物组合为一对特异性引物，以此类推。

【技术特征摘要】
1.一种老虎家系鉴定的试剂，其特征在于：包括22对特异性引物，22对特异性引物的上下游引物依序为SeqIDNo.1至SeqIDNo.44所示序列，其中，SeqIDNo.1和SeqIDNo.2为一对特异性引物，SeqIDNo.3和SeqIDNo.4为一对特异性引物，SeqIDNo.5和SeqIDNo.6为一对特异性引物，如此两条引物组合为一对特异性引物，以此类推。2.根据权利要求1所述的试剂，其特征在于：所述22对特异性引物被分为五个引物混合组，具体的，第一引物混合组由第1-5对特异性引物组成，第二引物混合组由第6-10对特异性引物组成，第三引物混合组由第11-14，第四引物混合组由第15-18，第五引物混合组由第19-22对特异性引物组成。3.根据权利要求2所述的试剂，其特征在于：所述五个引物混合组中，至少有四个引物混合组的引物上分别标记有不同颜色的荧光素。4.根据权利要求3所述的试剂，其特征在于：所述荧光素包括蓝色荧光素、绿色荧光素、黄色荧光素和红色荧光素；优选的，所述蓝色荧光素为6’-FAM，绿色荧光素为HEX，黄色荧光素为TAMRA，红色荧光素为ROX。5.根据权利要求1所述的试剂，其特征在于：所...

【专利技术属性】
技术研发人员：李生斌，李波，李畅，赵潇，
申请(专利权)人：深圳华大法医科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44