绵羊基因组2号染色体上绵羊脱毛症相关基因的分析方法技术

本发明专利技术公开了一种绵羊基因组2号染色体上绵羊脱毛症相关基因的分析方法，包括步骤如下：步骤1：取健康绵羊和脱毛症绵羊的2号染色体，进行case‑control分析，确定分子标记位点及分子标记位点所在2号染色体的物理区域范围；步骤2：通过连锁分析采取Dˊ值的计算，获得了与分子标记位点相关的SNPs位点；步骤3：对分子标记位点所在2号染色体的物理区域范围内基因段分析，根据基因段确定控制脱毛症的连锁块，从而确定绵羊基因组2号染色体上绵羊脱毛症相关基因。本发明专利技术解决现有技术中缺少分析绵羊2号染色体上与绵羊脱毛症相关基因的问题。

Analysis of sheep hair loss related genes on chromosome 2 of sheep genome

The invention discloses an analytical method for sheep hair loss related genes on chromosome 2 of sheep genome, including the following steps: step 1: take chromosome 2 of healthy sheep and sheep with hair loss, carry out case control analysis, determine the physical region of molecular marker loci and molecular marker loci on chromosome 2; step 2: adopt calculation of D_value through linkage analysis; The SNPs related to the molecular marker loci were obtained. Step 3: Analyse the gene segments in the physical region of chromosome 2 where the molecular marker loci are located, and determine the linkage blocks controlling hair loss according to the gene segments, so as to identify the sheep hair loss related genes on chromosome 2 of the sheep genome. The invention solves the problem of lack of analysis of sheep hair loss related genes on chromosome 2 in the prior art.

【技术实现步骤摘要】
绵羊基因组2号染色体上绵羊脱毛症相关基因的分析方法
本专利技术属于绵羊的分子标记辅助选择
，具体涉及一种作为绵羊标记辅助选择与绵羊脱毛症疾病相关的连锁分子标记。本专利技术的分子标记与绵羊基因组2号染色体上128232653-128772350物理区域有关。
技术介绍
脱毛症是中国绵羊一种常见疾病，主要分为先天性和后天性两种。先天性脱毛症主要由于基因遗传导致，而后天性脱毛症多由于营养不良、寄生虫感染等导致，患有后天性脱毛症的中国绵羊在经过正常治疗后能恢复正常，但先天性脱毛症则无法治疗，导致绵羊的羊毛产出量下降，造成畜牧业的严重损失。因此如何对绵羊进行快速有效的基因筛选极为重要，而先天性脱毛症是由多基因控制形成，并没有见其他技术方案有关于绵羊先天性脱毛症致病基因的相关报道。
技术实现思路
本专利技术提供了一种绵羊基因组2号染色体上绵羊脱毛症相关基因的分析方法，以至少解决现有技术中缺少分析绵羊2号染色体上与绵羊脱毛症相关基因的问题。本专利技术公开了一种绵羊基因组2号染色体上绵羊脱毛症相关基因的分析方法，包括步骤如下：步骤1：取健康绵羊和脱毛症绵羊的2号染色体，进行case-control本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种绵羊基因组2号染色体上绵羊脱毛症相关基因的分析方法，其特征在于，包括步骤如下：步骤1：取健康绵羊和脱毛症绵羊的2号染色体，进行case‑control分析，确定分子标记位点及分子标记位点所在2号染色体的物理区域范围；步骤2：通过连锁分析采取Dˊ值的计算，获得了与分子标记位点相关的SNPs位点；步骤3：对分子标记位点所在2号染色体的物理区域范围内基因段分析，根据基因段确定控制脱毛症的连锁块，从而确定绵羊基因组2号染色体上绵羊脱毛症相关基因。

【技术特征摘要】
1.一种绵羊基因组2号染色体上绵羊脱毛症相关基因的分析方法，其特征在于，包括步骤如下：步骤1：取健康绵羊和脱毛症绵羊的2号染色体，进行case-control分析，确定分子标记位点及分子标记位点所在2号染色体的物理区域范围；步骤2：通过连锁分析采取Dˊ值的计算，获得了与分子标记位点相关的SNPs位点；步骤3：对分子标记位点所在2号染色体的物理区域范围内基因段分析，根据基因段确定控制脱毛症的连锁块，从而确定绵羊基因组2号染色体上绵羊脱毛症相关基因。2.根据权利要求1所述的分析方法，其特征在于，包括具体步骤如下：步骤1：健康绵羊被毛完好，细度均匀，取健康绵羊的2号染色体作为control组；以脱毛症绵羊的2号染色体为case组；通过plink软件，调用plink–fileX–assoc–outtxt,进行case-control分析，发现OAR2_128282778.1差异极显著，该位点位于绵羊基因组3.1版本2号染色体的29387923-30287222物理区域内；步骤2：用haploview软件，通过Display—showLDvalues进行Dˊ值计算，计算得到OAR2_128282778.1和OAR2_128324363.1、OAR2_128341984.1、OAR2_128382703.1、s43429.1、OAR2_128498105.1、OAR2_128553796.1、s04552.1、OAR2_128589677.1、OAR2_128652105.1、OAR2_128734630.1、OAR2_128764057.1、OAR2_128772350.1的Dˊ值均为1；该位点与OAR2_128772350.1的值为0.84；步骤3：该分子标记位点及其连锁的SNPs所对应的基因包括COL3A1、GULP1、PPIH、CALCRL、ZSWIM2、FAM171B、ITGAV共计7个基因，对分子标记位点及其连锁的SNPs用haploview软件，通过Analysis–DefineBlocks–FourGameterule进行连锁块计算分析，获得四个连锁块，分别为包含OAR2_128282778.1、OAR2_128324363.1的连锁块GG、包含OAR2_128341984.1、OAR2_128382703.1的连锁块G...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘书东，陈根元，王帅，
申请(专利权)人：塔里木大学，
类型：发明
国别省市：新疆,65