一种基于二级结构相似性选择策略的蛋白质结构预测方法技术

一种基于二级结构相似性选择策略的蛋白质结构预测方法，包括以下步骤：首先预测查询序列的二级结构信息，构建片段库；其次建立基于二级结构信息的相似性函数，设计交叉变异策略；最后根据二级结构相似性得分更新种群，利用二级结构相似性能够有效地提高算法采样能力和预测精度。本发明专利技术提供一种预测精度较高的蛋白质结构预测方法。

【技术实现步骤摘要】
一种基于二级结构相似性选择策略的蛋白质结构预测方法
本专利技术涉及生物信息学、智能信息处理、计算机应用领域、蛋白质三级结构预测，尤其涉及的是一种基于二级结构相似性选择策略的蛋白质结构预测方法。
技术介绍
蛋白质是组成人体一切细胞、组织的重要成分。机体所有重要的组成部分都需要有蛋白质的参与。一般说，蛋白质约占人体全部质量的18％，最重要的还是其与生命现象有关。蛋白质(protein)是生命的物质基础，是有机大分子，是构成细胞的基本有机物，是生命活动的主要承担者。没有蛋白质就没有生命。氨基酸是蛋白质的基本组成单位。它是与生命及与各种形式的生命活动紧密联系在一起的物质。机体中的每一个细胞和所有重要组成部分都有蛋白质参与。蛋白质占人体重量的16％～20％，即一个60kg重的成年人其体内约有蛋白质9.6～12kg。人体内蛋白质的种类很多，性质、功能各异，但都是由20多种氨基酸(Aminoacid)按不同比例组合而成的，并在体内不断进行代谢与更新。蛋白质是生命体的重要组成部分，是生命活动的承担者。蛋白质的基本组成单元是氨基酸，自然界中常见的氨基酸有20多种，蛋白质是由C(碳)、H(氢)、O(氧)本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于二级结构相似性选择策略的蛋白质结构预测方法，其特征在于：所述包括以下步骤：1)设置种群规模NP、迭代次数G、交叉概率CR、玻尔兹曼温度因子KT，输入查询序列，片段库，预测的二级结构信息，迭代次数g＝0；2)对种群所有构象进行初始化，对种群中每个构象进行片段组装，直到构象的每个残基的二面角至少被替换过一次；3)构象交叉，操作如下：3.1)选第i，i∈[1,NP]个构象Ci为目标构象，产生一个随机数r，r∈[0,1]，如果r小于CR，则跳到3.2)，否则跳至步骤4)；3.2)随机选择一个构象Cj,j≠i，根据Ci残基位置随机选择一个交叉点p，产生一个随机数r′，r′∈[3,9]；3.3...

【技术特征摘要】
1.一种基于二级结构相似性选择策略的蛋白质结构预测方法，其特征在于：所述包括以下步骤：1)设置种群规模NP、迭代次数G、交叉概率CR、玻尔兹曼温度因子KT，输入查询序列，片段库，预测的二级结构信息，迭代次数g＝0；2)对种群所有构象进行初始化，对种群中每个构象进行片段组装，直到构象的每个残基的二面角至少被替换过一次；3)构象交叉，操作如下：3.1)选第i，i∈[1,NP]个构象Ci为目标构象，产生一个随机数r，r∈[0,1]，如果r小于CR，则跳到3.2)，否则跳至步骤4)；3.2)随机选择一个构象Cj,j≠i，根据Ci残基位置随机选择一个交叉点p，产生一个随机数r′，r′∈[3,9]；3.3)针对构象Ci和Cj，从交叉点p开始互换r′个二面角对，产生两个构象C′i和C′j，并用Rosetta能量函数“score3”分别计算其能量值；4)构象变异，对构象C′i和C′j，变异过程如下：4.1)对构象C′i和C′j进行9残基片段组装，生成两个构象C″i和C″j...

【专利技术属性】
技术研发人员：张贵军，马来发，孙科，王小奇，周晓根，胡俊，
申请(专利权)人：浙江工业大学，
类型：发明
国别省市：浙江,33