【技术实现步骤摘要】
一种基于多组学的miRNA功能识别方法
本专利技术涉及生物信息学领域，具体涉及基于多组学的miRNA功能识别方法。
技术介绍
蛋白质之间相互作用是生物过程的内在特性，蛋白质相互作用网络解释了基本的细胞机制。蛋白质网络能描绘和整合蛋白质组中域结构、翻译后修改、相互作用网络和疾病相关每一个蛋白。表达谱描绘了特定细胞或组织在特定状态下的基因表达种类和丰度信息，动态地诠释了基因的功能、状态和环境等信息。整合了蛋白质网络和基因表达谱来挖掘多种疾病相关的细胞机制。比如Zhang《Rolesofrifampicinindrug-druginteractions：underlyingmolecularmechanismsinvolvingthenuclearpregnaneXreceptor》解析了冠心病相关关键基因和模块，发现两个关键基因与冠心病发展密切相关；Lin《CrosstalkbetweentranscriptionfactorsandmicroRNAsinhumanproteininteractionnetwork》研究扩张型心肌病相关的动态功能模块和共表达蛋白质相互...
【技术保护点】
1.一种基于多组学的miRNA功能识别方法，其特征在于：所述基于多组学的miRNA功能识别方法包括以下步骤：步骤一：通过基因表达谱计算基因P值，选定差异表达基因，即为疾病或药物相关基因；步骤二：根据步骤一选定的差异表达基因，构建疾病或药物相关蛋白质网络；步骤三：对步骤二构建的疾病或药物相关的蛋白质网络，进行功能模块的选取；所述功能模块是指在疾病或用药条件下蛋白质网络中总体表达量显著差异的子网；步骤四：对步骤三选取的功能模块进行富集分析，确定功能模块内的关键基因；步骤五：通过miRNA表达谱分析差异表达miRNA，对差异表达miRNA进行靶基因预测；步骤六：将步骤五中差异表达...
【技术特征摘要】
1.一种基于多组学的miRNA功能识别方法，其特征在于：所述基于多组学的miRNA功能识别方法包括以下步骤：步骤一：通过基因表达谱计算基因P值，选定差异表达基因，即为疾病或药物相关基因；步骤二：根据步骤一选定的差异表达基因，构建疾病或药物相关蛋白质网络；步骤三：对步骤二构建的疾病或药物相关的蛋白质网络，进行功能模块的选取；所述功能模块是指在疾病或用药条件下蛋白质网络中总体表达量显著差异的子网；步骤四：对步骤三选取的功能模块进行富集分析，确定功能模块内的关键基因；步骤五：通过miRNA表达谱分析差异表达miRNA，对差异表达miRNA进行靶基因预测；步骤六：将步骤五中差异表达miRNA的靶基因与功能模块中结点取交集，构建miRNA调控的疾病或药物相关蛋白质网络；步骤七：对步骤六构建的miRNA调控的疾病或药物相关蛋白质网络的结点基因进行功能富集分析，识别miRNA的功能。2.根据权利要求1所述一种基于多组学的miRNA功能识别方法，其特征在于：所述步骤一中通过基因表达谱选定差异表达基因的具体过程为：定义正常组织为患病前或用药前的组织，正常条件为患病前或用药前条件，采用正常组织和疾病或药物相关组织进行t检验，设某一基因正常条件下和疾病或药物相关条件下表达水平均值为和n1和n2为正常条件下和疾病或药物相关条件下样本的数量，和为两个样本的方差，则t值的计算如下：根据t值计算P值，然后设定阈值，选定差异表达基因。3.根据权利要求1或2所述一种基于多组学的miRNA功能识别方法，其特征在于：所述步骤二中根据步骤一选定的差异表达基因，构建疾病或药物相关的蛋白质网络的具体过程为：设差异表达基因Sgene＝{g1，g2…gi}，i为差异表达基因个数；蛋白质互作用网定义为G＝(V，E)，V为蛋白质结点，E为蛋白质间相互作用关系，定义蛋白质节点V＝{v1，v2，......vj}，j为蛋白质结点个数；E＝{e1，e2，......et}，t为蛋白质网络相互作用关系数，则疾病或药物相关蛋白质互作网络为GS＝(VS，ES)，疾病或药物相关蛋白质互作网络的结点VS和相互作用关系Es定义为：VS＝V∩SgeneEs＝{e1，e2，.....ep}，且其中g1，g2…gi为基因，v1，v2，......vj为蛋白质，e1，e2，......et为蛋白...
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