基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统及方法技术方案

本发明专利技术公开了一种基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统及方法，该系统包括用于对项目的详细信息进行查看、编辑和管理的项目管理模块；用于对任务进行参数设置，提交后进行运算分析，并将输出的分析结果以及原始数据按照预设格式整合生成项目文件的基础分析任务提交模块；以及用于根据用户个性化需求进行分析结果的进一步优化，并将结果可视化呈现的交互式结果分析模块。本发明专利技术的系统及方法借助云计算技术，提供了高集成化的数据分析平台，为有参考基因组的转录组项目的基础分析和高级分析，个性化分析打下了良好的基础。

【技术实现步骤摘要】
基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统及方法
本专利技术涉及生物信息分析
，尤其涉及一种基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统及其方法。
技术介绍
转录组是指某一物种、组织或细胞在特定状态下所转录的所有RNA的集合，包括mRNA和非编码RNA。转录组是连接承担遗传物质的基因组与执行生物功能的蛋白质组的纽带，转录水平的调控是最为重要并且被广泛研究的调控方式，相比起基因组水平的研究，转录组研究能给出更高效更精确的研究信息。虽然高通量测序技术相较于传统测序技术已有巨大进步，但是破译动植物基因组仍然面对巨大困难，且花费昂贵。转录组测序主要是针对转录产物mRNA进行高通量测序获得转录本的信息，该技术通量高、覆盖广、精度高，可从整体水平研究基因功能以及基因结构，发现不同生理或者病理状态下细胞、组织或个体内差异表达的基因，能够对任意物种进行转录组分析。目前已广泛应用于生物学基础研究、临床诊断、分子育种和药物研发等多个领域。生物学大数据分析是高通量测序技术应用于有参考基因组的转录组研究的最关键步骤。针对有参考基因组的转录组项目，推荐选择IlluminaHiS本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统，其特征在于：包括：项目管理模块，用于对项目的详细信息进行查看、编辑和管理；基础分析任务提交模块，用于对任务进行参数设置，提交后进行运算分析，并将输出的分析结果以及原始数据按照预设格式整合生成项目文件，所述基础分析任务提交模块中的任务包括：数据质控统计、基因功能注释、比对参考基因组、转录组质量评估、新转录本预测、表达量分析、差异表达分析、基因结构分析；交互式结果分析模块，用于根据用户个性化需求进行分析结果的进一步优化，并将结果可视化呈现，包括高级生物信息学分析和个性化生物信息学分析；所述项目管理模块通过基础分析任务提交模块与交互式...

【技术特征摘要】
2017.07.21 CN 20171059834211.一种基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统，其特征在于：包括：项目管理模块，用于对项目的详细信息进行查看、编辑和管理；基础分析任务提交模块，用于对任务进行参数设置，提交后进行运算分析，并将输出的分析结果以及原始数据按照预设格式整合生成项目文件，所述基础分析任务提交模块中的任务包括：数据质控统计、基因功能注释、比对参考基因组、转录组质量评估、新转录本预测、表达量分析、差异表达分析、基因结构分析；交互式结果分析模块，用于根据用户个性化需求进行分析结果的进一步优化，并将结果可视化呈现，包括高级生物信息学分析和个性化生物信息学分析；所述项目管理模块通过基础分析任务提交模块与交互式结果分析模块相连接。2.根据权利要求1所述的基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统，其特征在于，所述项目管理模块与交互式结果分析模块相连。3.根据权利要求1所述的基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统，其特征在于，所述项目文件还包括中间过程文件数据。4.根据权利要求1所述的基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统，其特征在于，交互式结果分析模块至少可用于：1)从基础分析任务提交模块形成的项目文件中获取分析结果数据，并以分析结果数据作为输入数据，根据用户请求进行交互分析获得交互分析文本；2)将基础分析任务提交模块形成的分析结果文本或交互分析文本根据用户请求可视化展示。5.根据权利要求1所述的基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统，其特征在于，所述交互式结果分析模块预设有以下一种或多种交互分析任务：Network分析、转录因子分析。6.根据权利要求4所述的基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统，其特征在于，交互式结果分析模块还可用于：3)根据用户请求，对基础分析任务提交模块形成的分析结果数据进行再计算获得调整的分析结果数据。7.根据权利要求6所述的基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统，其特征在于，所述交互式结果分析模块预设有基础分析任务中的一种或多种分析任务。8.根据权利要求7所述的基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统，其特征在于，所述交互式结果分析模块预设有下列任务中的一项或多项：表达量分析、差异表达分析和基因结构分析。9.根据权利要求6所述的基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统，其特征在于，所述再计算以基础分析任务提交模块形成的分析结果数据或中间过程文件数据作为输入数据，基于用户在交互式结果分析模块设置的参数及分析任务请求，对已有的分析结果再计算，从而获得经调整的分析结果数据。10.如权利要求1-9任一权利要求所述的基于云计算平台的有参考基因组的转录组项目的交互式分析系统，其特征在于，所述交互式...

【专利技术属性】
技术研发人员：任一，余果，郭权，韩畅，史彩萍，仝颜丽，刘彬旭，石今，曾静，周玄，董亚晨，
申请(专利权)人：上海桑格信息技术有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31