确定核酸样本中预定位点突变类型的方法技术

本发明专利技术提出了确定核酸样本中预定位点突变类型的方法。所述方法包括：(1)利用第一引物组对所述核酸样本进行扩增，以便获得含有所述预定位点至少一部分的第一扩增产物；(2)获得第一扩增产物的测序结果；(3)将所述测序读段与预先设置的第一参考序列集合进行比对；以及(4)基于步骤(3)中所得到的比对结果，确定所述预定位点的突变类型。利用本发明专利技术的方法可以准确地确定突变类型，捕获效率高，且可在一次实验中检测多个突变，从而提高检测效率，降低检测成本。

【技术实现步骤摘要】
确定核酸样本中预定位点突变类型的方法
本专利技术涉及生物领域。具体地，本专利技术涉及确定核酸样本中预定位点突变类型的方法。
技术介绍
基因变异包含单碱基突变、拷贝数变异、短序列的插入和删除以及长序列的插入和删除。虽然突变有不同的类型，但各种突变都可能会有对应的生物学功能。为了检测特定位点的基因分型结果，通常的方式是使用聚合酶链式反应对特定核苷酸片断进行指数级的扩增，通过对PCR扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测，从而实现对起始模板定量分析。然而，目前的检测方法主要涉及单碱基突变，无法检测短序列的插入和删除、拷贝数变异和长序列的插入和删除，且检测位置有限。
技术实现思路
本专利技术旨在至少在一定程度上解决现有技术中存在的技术问题至少之一。为此，本专利技术提出了一种确定核酸样本中预定位点突变类型的方法。利用本专利技术的方法可以准确地确定突变类型，即纯合突变或杂合突变，捕获效率高，且可在一次实验中检测多个突变，从而提高检测效率，降低检测成本。本专利技术提出了一种确定核酸样本中预定位点突变类型的方法。根据本专利技术的实施例，所述方法包括：(1)利用第一引物组对所述核酸样本进行扩增，以便获本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种确定核酸样本中预定位点突变类型的方法，其特征在于，包括：(1)利用第一引物组对所述核酸样本进行扩增，以便获得含有所述预定位点至少一部分的第一扩增产物；(2)获得第一扩增产物的测序结果；(3)将所述测序结果中测序读段与预先设置的第一参考序列集合进行比对；以及(4)基于步骤(3)中所得到的比对结果，确定所述预定位点的突变类型，其中，所述第一参考序列集合包括多个过滤序列，并且所述多个过滤序列的每一个对应所述预定位点的一种可能突变类型，所述过滤序列包括：第一基础序列，所述第一基础序列是由所述第一引物组在野生型核酸序列上限定得到的；第一变量序列，所述第一变量序列与所述预定位点对应，并且由选自所述...

【技术特征摘要】
1.一种确定核酸样本中预定位点突变类型的方法，其特征在于，包括：(1)利用第一引物组对所述核酸样本进行扩增，以便获得含有所述预定位点至少一部分的第一扩增产物；(2)获得第一扩增产物的测序结果；(3)将所述测序结果中测序读段与预先设置的第一参考序列集合进行比对；以及(4)基于步骤(3)中所得到的比对结果，确定所述预定位点的突变类型，其中，所述第一参考序列集合包括多个过滤序列，并且所述多个过滤序列的每一个对应所述预定位点的一种可能突变类型，所述过滤序列包括：第一基础序列，所述第一基础序列是由所述第一引物组在野生型核酸序列上限定得到的；第一变量序列，所述第一变量序列与所述预定位点对应，并且由选自所述预定位点可能突变类型之一的序列构成。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述突变包括短序列的插入或删除、拷贝数变异、长序列的插入或删除或单碱基突变。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述过滤序列进一步包括：引物序列，所述引物序列是由所述第一引物组的引物序列确定的，并且所述引物序列设置在基础序列的两端。4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在进行步骤(3)之前，预先基于所述第一引物组的序列，对所述测序读段进行分组，其中，将含有相同引物的至少部分序列的测序读段分在相同的组中。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述至少部分序列为所述引物自5’端起前至少10bp的序列，优选地，所述至少部分序列为所述引物自5’端起前19bp的序列。6.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述突变为短序列的插入或删除、拷贝数变异或单碱基突变，在步骤(4)中，进一步包括：(a)针对所述预定位点，确定所述预定位点对应的测序读段总数目；(b)针对所述预定位点所对应的各过滤序列，确定所述各过滤序列对应的测序读段数目；(c)基于所述各过滤序列对应的测序读段数目和所述预定位点对应的测序读段总数目，确定所述各过滤序列的支持比例；以及(d)基于所述支持比例，确定所述预定...

【专利技术属性】
技术研发人员：郭瑞东，贾超，郭晶，陈芳，
申请(专利权)人：深圳华大智造科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44