一种少量样品全基因组DNA甲基化的检测方法及试剂盒技术

本发明专利技术公开了一种少量样品全基因组DNA甲基化的检测方法，涉及一种通过改进基于高通量测序的MeDIP‑Seq技术来检测少量样品(300pg DNA或50个细胞)全基因组DNA甲基化的方法。本发明专利技术通过在少量起始样品中补加含dUTP的λDNA以减少样品损失并提高建库和免疫沉淀反应的效率，通过USER酶对MeDIP‑DNA进行消化以除去补加的甲基化λDNA，避免了甲基化λDNA对待测甲基化样品测序文库的污染。本发明专利技术需样品量为300pg DNA或50个细胞，更加适用于少量来源样品的MeDIP‑Seq分析且本发明专利技术的MeDIP实验技术及其配套试剂盒的操作方法简便高效，不需要特定的商品化试剂盒和实验设备，成本较低，具有较广泛的适用性和通用性。

【技术实现步骤摘要】
一种少量样品全基因组DNA甲基化的检测方法及试剂盒
本专利技术涉及全基因组DNA甲基化的检测方法，尤其涉及一种通过改进基于高通量测序的MeDIP-Seq(MethylatedDNAimmunoprecipitationsequencing)技术来检测少量样品(300pgDNA或50个细胞)全基因组DNA甲基化的方法。
技术介绍
目前通过MeDIP-seq方法检测细胞全基因组DNA甲基化所需的最低DNA量为50ng，若以细胞为出发样品，则至少需要～75000个细胞(TaiwoOetal.,NatProtoc,2012)，该方法的具体实验流程为：抽提细胞基因组DNA→超声断裂基因组DNA并通过AgilentBioanalyzer2100检测超声片段大小→对超声片段进行末端修复、3’端加dA、接头连接并将连接产物进行纯化和定量→在纯化产物中加入少量片段大小在100bp-500bp之间的λDNA(其中被甲基化的λDNA片段和未被甲基化的λDNA片段的摩尔比为4:1)→利用DiagenodeAuto-MeDIP和iPure试剂盒以及SX-8GIP-Star全自动样品处理系统进行MeDIP实验→本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种少量样品全基因组DNA甲基化的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：第一步：制备U取代T的未甲基化λDNA，并对λDNA进行甲基化，得到甲基化λDNA；第二步：将未甲基化的λDNA加入待抽提DNA的样品中并提取基因组DNA，或者直接加入待测甲基化的基因组DNA样品中；第三步：超声断裂DNA片段，使片段长度为100‑500bp；第四步：将超声断裂后的DNA片段进行末端修复、3’端加dA和接头连接，得到连接产物，纯化连接产物；第五步：将纯化后的连接产物分为Input‑DNA和待分析DNA，在所述待分析DNA中加入甲基化λDNA，变性成单链DNA后通过抗体富集含甲基化DNA片段；第六步：将In...

【技术特征摘要】
1.一种少量样品全基因组DNA甲基化的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：第一步：制备U取代T的未甲基化λDNA，并对λDNA进行甲基化，得到甲基化λDNA；第二步：将未甲基化的λDNA加入待抽提DNA的样品中并提取基因组DNA，或者直接加入待测甲基化的基因组DNA样品中；第三步：超声断裂DNA片段，使片段长度为100-500bp；第四步：将超声断裂后的DNA片段进行末端修复、3’端加dA和接头连接，得到连接产物，纯化连接产物；第五步：将纯化后的连接产物分为Input-DNA和待分析DNA，在所述待分析DNA中加入甲基化λDNA，变性成单链DNA后通过抗体富集含甲基化DNA片段；第六步：将Input-DNA和富集后DNA片段分别使用USER酶进行消化，随后分别进行PCR扩增、纯化并回收片段大小为100-500bp的样品，得到高通量测序文库；第七步：对高通量测序文库进行定量后进行高通量测序和分析。2.如权利要求1所述的少量样品全基因组DNA甲基化的检测方法，其特征在于，所述第一步中未甲基化λDNA是通过PCR制备的，所述甲基化λDNA是通过CpG甲基转移酶制备的。3.如权利要求1所述的少量样品全基因组DNA甲基化的检测方法，其特征在于，PCR扩增未甲基化λDNA的上游引物为：TGTGGGGTGAATATGGCAGT，下游引物为CGTCGATTTGGTGCCGTAAT。4.如权利要求1所述的少量样品全基因组DNA甲基化的检测方法，其特征在于，所述第二步中待...

【专利技术属性】
技术研发人员：康亚妮，赵小东，邵志峰，胡丛霞，
申请(专利权)人：上海交通大学，
类型：发明
国别省市：上海,31