一种基于SNP位点鉴别金华猪、杜洛克猪的方法技术

本发明专利技术涉及一种基于SNP位点鉴别金华猪、杜洛克猪的方法，利用金华猪、杜洛克猪SSC1上SNP位点的不同，对金华猪、杜洛克猪进行鉴别，SNP名称分别为：M1GA0000759、INRA0000796、ASGA0090411、H3GA0000987、ALGA0001410、ASGA0001418、ASGA0001419、MARC0043498、ASGA0001510、ASGA0001512、H3GA0001069、INRA0001043、ASGA0001906、ALGA0002302、ALGA0002423、H3GA0001392、ALGA0002445、aDRGA0000497、ASGA0002301、H3GA0001452，共计20个SNP位点。与现有技术相比，本发明专利技术通过选择20个SNP位点，通过对SNP位点的测定可以便宜、快速、方便的鉴别金华猪、杜洛克猪。

Identification of Jinhua pig and Duroc pig based on SNP locus

The invention relates to a method for identifying Jinhua pigs and Duroc pigs based on the SNP site. Using the different SNP loci on the SSC1 of Jinhua pig and Duroc pig, the Jinhua pig and Duroc pigs are identified. The names of SNP are M1GA0000759, INRA0000796, ASGA0090411, H3GA0000987, ALGA0001410, ASGA0001418, ASGA0001419, MA. RC0043498, ASGA0001510, ASGA0001512, H3GA0001069, INRA0001043, ASGA0001906, ALGA0002302, ALGA0002423, H3GA0001392, ALGA0002445, aDRGA0000497, ASGA0002301, etc., a total of 20 loci. Compared with the existing technology, the invention can identify Jinhua pigs and Duroc pigs cheap, fast and convenient by selecting 20 SNP loci and measuring the SNP site.

【技术实现步骤摘要】
一种基于SNP位点鉴别金华猪、杜洛克猪的方法
本专利技术涉及动物分子生物技术及动物遗传育种领域，尤其是涉及一种基于SNP位点鉴别金华猪、杜洛克猪的方法。
技术介绍
中国是世界上养猪最早的国家之一，历史达几千年之久，猪在中国被誉为六畜之首。由于自然环境、经济条件和民俗文化的影响，中国的地方猪种资源丰富且各具特色，是世界猪种基因库中的宝贵资源。但迄今为止，用于品种鉴定的SNP标记组合以及个体识别的SNP标记组合还很少。随着猪高密度SNP芯片的应用、全基因组测序技术的普及和发展，及基因分型、测序成本的不断下降，建立基于DNA标记或全基因组序列的个体追踪溯源技术和品种鉴定技术成为可能。金华猪又称“金华两头乌”是我国著名的优良猪种之一，原产于我国东阳地区。具有成熟早、肉质好、繁殖率高等优良性能，腌制成的“金华火腿”质佳味香，外型美观，蜚声中外。杜洛克猪原产于美国，由产于新泽西州的泽西红猪和纽约州的杜洛克猪杂交选育而成。具有性情温驯，生长发育快，肉质好等特点。中国专利CN106520943A公开了一种与加系杜洛克背膘厚相关的SNP位点及其应用，是关于一个位于猪9号染色体上的CACNA1E基因内的SNP，所述CACNA1E基因的SNP位点为ALGA0055091(G/A)，该位点基因型为AA的个体比GG型的个体有更薄的背膘，在此基础上，ALGA0055091可以作为一个SNP标记，通过对基因型的选择，可以加快对加系杜洛克背膘厚的选择，同时加快提高加系杜洛克的瘦肉率的遗传进展。中国专利CN105603089A公开了一组用于鉴别猪种的SNP标记，主要利用纯种的大白、长白共200个个体作为研究对象，对上述2个品种的全部样本进行全基因组SNP60K芯片扫描判型；对所有数据按要求进行质控后，筛选出可以用于鉴别长白、大白的SNP标记位点，通过全基因组关联分析筛选出16个SNP位点用于长白和大白猪的鉴别；另外通过主成分分析和聚类分析在另外500个个体中进行验证，16个SNP位点的准确率达到了99％，表明专利技术的16个SNP位点可以用于大白和长白的鉴别。中国专利CN106566887A公开了一组用于鉴别加系杜洛克、台系杜洛克的SNP位点，这些SNP位点分别位于：SSC1、2、5、7、9、12、14、23上，SNP名称分别为：H3GA0021245、ASGA0033017、ALGA0075620、ALGA0075780、INRA0025222、H3GA0006033、ASGA0024360、ASGA0011065、ASGA0042109、ASGA0090983、ALGA0016497、M1GA0016745、ASGA0089906、ALGA0040895、ALGA0075815、ALGA0099582、ALGA0066519、ALGA0075754、ALGA0075715、SIRI0001491共计20个SNP位点。专利技术的20个SNP位点能够用于鉴别加系杜洛克、台系杜洛克。
技术实现思路
本专利技术的目的就是为了克服上述现有技术存在的缺陷而提供一种基于SNP位点鉴别金华猪、杜洛克猪的方法。本专利技术利用金华猪、杜洛克猪的全基因组60K信息，经过全基因组关联分析、筛选最后挑选出20个可用于金华猪、杜洛克猪鉴别的SNP位点。本专利技术的目的可以通过以下技术方案来实现：一种基于SNP位点鉴别金华猪、杜洛克猪的方法，利用金华猪、杜洛克猪SSC(猪染色体，Susscrofachromosome)1上SNP位点的不同，对金华猪、杜洛克猪进行鉴别，SNP名称分别为：M1GA0000759、INRA0000796、ASGA0090411、H3GA0000987、ALGA0001410、ASGA0001418、ASGA0001419、MARC0043498、ASGA0001510、ASGA0001512、H3GA0001069、INRA0001043、ASGA0001906、ALGA0002302、ALGA0002423、H3GA0001392、ALGA0002445、aDRGA0000497、ASGA0002301、H3GA0001452，共计20个SNP位点。金华猪、杜洛克猪SSC1上SNP位点的不同，具体为：M1GA0000759位置的A或C、INRA0000796位置的A或C、ASGA0090411位置的A或G、H3GA0000987位置的T或C、ALGA0001410位置的G或A、ASGA0001418位置的T或C、ASGA0001419位置的C或T、MARC0043498位置的G或A、ASGA0001510位置的A或G、ASGA0001512位置的A或G、H3GA0001069位置的A或G、INRA0001043位置的C或T、ASGA0001906位置的A或G、ALGA0002302位置的G或A、ALGA0002423位置的A或G、H3GA0001392位置的T或G、ALGA0002445位置的T或C、DRGA0000497位置的T或C、ASGA0002301位置的G或A、H3GA0001452位置的A或G，共计20个SNP位点。这20个SNP位点的位置信息如下表1。表1:20个SNP位点在染色体上的位置鉴别已知的SNP位点方法，可以针对该位点所在的一段基因序列设计相应的引物，再通过荧光定量PCR的方法，扩增该片段，再通过扩增结果(不同碱基的波峰不同)确定该SNP位点，可以采用常规的生物学技术手段。以下为这20个SNP位点对应设计的引物序列：与现有技术相比，本专利技术通过选择20个SNP位点，通过对SNP位点的测定可以便宜、快速、方便的鉴别金华猪、杜洛克猪。附图说明图1为金华猪、杜洛克猪成分分析结果展示。X轴：主成分1Y轴：主成分2具体实施方式下面结合附图和具体实施例对本专利技术进行详细说明。本专利技术以金华猪、杜洛克猪为研究材料，利用Illumina60KSNP芯片对这些杜洛克个体进行全基因组基因分型，分析并筛选出尽可能少的能够用于金华猪、杜洛克猪鉴定的SNP标记组合。实验猪群：本专利技术使用的材料来自20头杜洛克个体、17头金华猪个体。猪全基因组60KSNP基因型检测：从上述群体中的每个个体采集一小块耳组织样，以标准酚氯仿方法提取基因组DNA，将DNA溶解于TE缓冲液中。用Nanodrop-1000核酸蛋白分析仪对提取出来的DNA进行质量检测和浓度测定，A260/280比值在1.8-2.0，A260/230比值在1.7-1.9判定为合格。合格的DNA样品统一稀释成50ng/μL，利用IlluminaInfiniumSNP分型平台，订购PorcineSNP60DNAAnalysisKit芯片，根据IlluminaInfinium的使用说明和标准流程进行芯片杂交与结果扫描，通过GenomeStudio软件读取基因型数据。用PLINKv1.07对获得的基因型数据进行质量控制，剔除检出率<99.7％、次等位基因频率(minorallelefrequency，MAF)<0.01或偏离哈代温伯格平衡(Hardy–WeinbergEquilibrium，HWE)P≤10-6的SNP标记，排除检出率<90％、家系孟德尔错误率高于0.本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于SNP位点鉴别金华猪、杜洛克猪的方法，利用金华猪、杜洛克猪SSC1上SNP位点的不同，对金华猪、杜洛克猪进行鉴别，SNP名称分别为：M1GA0000759、INRA0000796、ASGA0090411、H3GA0000987、ALGA0001410、ASGA0001418、ASGA0001419、MARC0043498、ASGA0001510、ASGA0001512、H3GA0001069、INRA0001043、ASGA0001906、ALGA0002302、ALGA0002423、H3GA0001392、ALGA0002445、aDRGA0000497、ASGA0002301、H3GA0001452，共计20个SNP位点。

【技术特征摘要】
1.一种基于SNP位点鉴别金华猪、杜洛克猪的方法，利用金华猪、杜洛克猪SSC1上SNP位点的不同，对金华猪、杜洛克猪进行鉴别，SNP名称分别为：M1GA0000759、INRA0000796、ASGA0090411、H3GA0000987、ALGA0001410、ASGA0001418、ASGA0001419、MARC0043498、ASGA0001510、ASGA0001512、H3GA0001069、INRA0001043、ASGA0001906、ALGA0002302、ALGA0002423、H3GA0001392、ALGA0002445、aDRGA0000497、ASGA0002301、H3GA0001452，共计20个SNP位点。2.根据权利要求1所述的一种基于SNP位点鉴别金华猪、杜洛克猪的方法，其特征在于，金华猪、杜洛克猪SSC1上SNP位点的不同，具体为：M1GA0000759位置的A或C、INRA0000796位置的A或C、ASGA0090411位置的A或G、H3GA0000987位置的T或C、ALGA0001410位置的G或A、ASGA0001418位置的T或C、ASGA0001419位置的C或T、MARC0043498位置的G或A、ASGA0001510位置的A或G、ASGA0001512位置的A或G、H3GA0001069位置的A或G、INRA0001043位置的C或T、ASGA0001906位置的A或G、ALGA0002302位置的G或A、ALGA0002423位置的A或G、H3GA0001392位置的T或G、ALGA0002445位置的T或C、DRGA0000497位置的T或C、...

【专利技术属性】
技术研发人员：龙毅，黄立林，王书影，万文峰，郭永平，吴有林，
申请(专利权)人：漳州傲农现代农业开发有限公司，福建傲农生物科技集团股份有限公司，井冈山市傲新华富育种有限公司，乐山傲农康瑞牧业有限公司，
类型：发明
国别省市：福建,35