At least one of the methods of characterization, diagnosis and treatment for at least one of the subjects in the microbiome features related to the situation of the function, the method comprises: receiving biological samples from polymerization in subjects group; at least one generated by the microbial groups composition of the data set and microbial functional diversity data set; features generating condition of at least one extracted from the microbial group composed of data sets and microbial functional diversity data set based on the generated; based on the characterization is configured to model the status of corrective therapy; output devices associated with and subjects, based on characterization and therapy model for subjects arrangement therapy.
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于微生物组功能特征相关的状况的微生物组来源的诊断和治疗的方法及系统相关申请的交叉引用本申请还要求2015年4月13日提交的序号为62/146,833的美国临时申请、2015年4月14日提交的序号为62/147,058的美国临时申请、2015年4月14日提交的序号为62/147,077的美国临时申请、2015年4月14日提交的序号为62/147,202的美国临时申请、和2015年4月14日提交的序号为62/147,334的美国临时申请的权益,其每一个通过该引用以其整体并入本文。
本专利技术总体涉及医学诊断领域,且更具体地涉及医学诊断领域中的用于微生物组来源(microbiome-derived)的诊断和治疗的新的且有用的方法及系统。背景微生物组是与生物体相关的共栖(commensal)、共生(symbiotic)和病原微生物的生态群。人类微生物组包含与整个人体中存在的人类细胞一样多的微生物细胞,但由于样品处理技术、遗传分析技术和用于处理大量数据的资源方面的限制,人类微生物组的表征仍处于初期阶段。尽管如此,怀疑微生物组在许多与健康/疾病相关的状态(例如,分娩的准备(preparationforchildbirth)、糖尿病、胃肠道紊乱等)中发挥至少部分的作用。鉴于微生物组在影响受试者健康方面的深远影响,应致力于与以下相关的努力:微生物组的表征、从表征生成洞察、以及生成被配置为矫正失调状态的治疗。然而,目前用于分析人类的微生物组并基于获得的洞察提供治疗措施的方法及系统留下了许多未被答复的问题。特别地,由于目前的技术的限制,用于表征某些健康状况的方法和适合于 ...
【技术保护点】
一种用于至少一个受试者中的微生物组功能特征相关的状况的表征、诊断和治疗中的至少一种的方法,所述方法包括:●在样品处理网络,用片段化操作、使用引物组的多重扩增操作、测序分析操作、和比对操作处理来自受试者群体的样品的聚合集的每一个的核酸内容物;●在与所述样品处理网络通信的计算系统,在处理所述样品的聚合集后生成微生物组功能多样性数据集;●在所述计算系统,接收补充数据集,所述补充数据集提供所述受试者群体中所述状况的存在的信息;●在所述计算系统,从所述微生物组功能多样性数据集提取功能特征的集合;●在所述计算系统,将所述补充数据集和所述功能特征的集合转化成所述状况的表征模型;以及●在用所述表征模型处理来自所述受试者的样品后,鉴定与所述状况相关的所述功能特征的集合的至少一个子集,从而基于所述功能特征的集合诊断所述受试者具有所述状况。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.04.13 US 62/146,833;2015.04.14 US 62/147,202;1.一种用于至少一个受试者中的微生物组功能特征相关的状况的表征、诊断和治疗中的至少一种的方法,所述方法包括:●在样品处理网络,用片段化操作、使用引物组的多重扩增操作、测序分析操作、和比对操作处理来自受试者群体的样品的聚合集的每一个的核酸内容物;●在与所述样品处理网络通信的计算系统,在处理所述样品的聚合集后生成微生物组功能多样性数据集;●在所述计算系统,接收补充数据集,所述补充数据集提供所述受试者群体中所述状况的存在的信息;●在所述计算系统,从所述微生物组功能多样性数据集提取功能特征的集合;●在所述计算系统,将所述补充数据集和所述功能特征的集合转化成所述状况的表征模型;以及●在用所述表征模型处理来自所述受试者的样品后,鉴定与所述状况相关的所述功能特征的集合的至少一个子集,从而基于所述功能特征的集合诊断所述受试者具有所述状况。2.如权利要求1所述的方法,其中生成所述表征模型包括用以下检验中的至少一种进行统计分析:Kolmogorov-Smirnov检验和Welch’st-检验,以分析跨表现出所述状况的所述受试者群体的第一子集和未表现出所述状况的所述受试者群体的第二子集具有变化的微生物组功能特征。3.如权利要求1所述的方法,其中提取所述功能特征的集合包括:●从所述样品的聚合集生成微生物组组成数据集;以及●提取与所述微生物组组成数据集中指示的微生物组组分的功能方面的集合相关的候选特征,其中提取候选特征包括鉴定以下中的至少一种:与所述微生物组组成数据集相关的蛋白特征的直系同源聚类、来自京都基因和基因组百科全书(KEGG)的基因组功能特征、来自直系同源聚类(COG)数据库的基因组功能特征、化学功能特征和系统功能特征。4.如权利要求3所述的方法,其中鉴定与所述状况相关的所述功能特征的集合的子集包括鉴定包括以下的KEGG功能特征的集合:氨酰基-tRNA生物合成相关的第一KEGG功能特征、碳水化合物代谢相关的第二KEGG功能特征、代谢相关的第三KEGG功能特征、戊糖和葡糖醛酸互变相关的第四KEGG功能特征、肽聚糖生物合成相关的第五KEGG功能特征、核糖体生物发生相关的第六KEGG功能特征、翻译相关的第七KEGG功能特征、和翻译蛋白相关的第八KEGG功能特征。5.如权利要求4所述的方法,其中所述状况包括焦虑症,使得诊断所述受试者具有所述状况包括在鉴定与所述样品相关的KEGG功能特征的集合后诊断所述受试者具有焦虑症。6.如权利要求5所述的方法,还包括从处理所述样品确定来源于以下的特征的存在后诊断所述受试者具有焦虑症:分类单元的集合,包括:八叠球菌属(Sarcina)(属)、拟杆菌属(Bacteroides)(属)、和拟杆菌科(Bacteroidaceae)(科)。7.如权利要求4所述的方法,其中所述状况包括抑郁症,使得诊断所述受试者具有所述状况包括在鉴定与所述样品相关的KEGG功能特征的集合后诊断所述受试者具有抑郁症。8.如权利要求7所述的方法,还包括从处理所述样品确定来源于以下的特征的存在后诊断所述受试者具有抑郁症:分类单元的集合,包括:拟杆菌属(属)和颤螺菌科(Oscillospiraceae)(科)。9.如权利要求4所述的方法,其中所述状况包括口炎性腹泻,使得诊断所述受试者具有所述状况包括在鉴定与所述样品相关的KEGG功能特征的集合后诊断所述受试者具有口炎性腹泻。10.如权利要求9所述的方法,还包括从处理所述样品...
【专利技术属性】
技术研发人员:扎迦利·阿普特,丹尼尔·阿尔莫纳西德,杰西卡·里奇曼,斯亚沃什·瑞兹万·贝赫巴哈尼,
申请(专利权)人:优比欧迈公司,
类型:发明
国别省市:美国,US
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