一种有效检测基因型的方法及装置制造方法及图纸

本发明专利技术公开了一种有效检测基因型的方法及装置，该方法包括：一、1、若孕妇基因型为AA，胎儿有2种情况，具有2种不同的突变基因信号/野生型基因信号的值；2、若孕妇基因型为Aa，此类情况下胎儿有3种不同的值；3、若孕妇基因型为aa，此类情况下胎儿有2种不同的值；二、获得待测试样本，将待测试样本进行数字PCR反应，得到突变基因信号/野生型基因信号的值，与步骤一中的突变基因信号/野生型基因信号的值比对，误差在10％以内，则属于该值对应的基因类型，快速判断孕妇和胎儿的基因。本发明专利技术有效检测基因型的方法及装置，能够简单、快速地判断胎儿和孕妇的基因类型。

An effective method and device for detecting genotypes

The invention discloses a method and a device for detecting gene type, the method includes: A, 1, if pregnant woman genotype was AA, fetal 2 cases, with 2 different mutations in the gene signal / wild-type gene signal value; 2, if the maternal genotype was Aa, under such conditions the fetus has 3 different values; 3, if the maternal genotype was AA, under such conditions the fetus has 2 different values; two, to obtain the samples to be tested, the test sample for digital PCR reaction, gene mutation signal / wild-type gene signal is obtained, and the mutant in step one for the signal / wild type gene signal value comparison, the error is less than 10%, belong to the value corresponding to the type of gene, quickly determine the maternal and fetal gene. The method and device for effective detection of genotypes can easily and quickly determine the genotypes of the fetus and pregnant women.

【技术实现步骤摘要】
一种有效检测基因型的方法及装置
本专利技术涉及基因检测
，具体涉及一种有效检测基因型的方法及装置。
技术介绍
基因是控制性状的基本遗传单位。目前应用最广泛的基因检测是新生儿遗传性疾病的检测、遗传疾病的诊断和某些常见病的辅助诊断。目前有1000多种遗传性疾病可以通过基因检测技术做出诊断，从而降低缺陷儿的出生率。数字PCR是一种核酸分子绝对定量技术，不依赖于标准曲线和参照样本，直接检测目标序列的拷贝数。因此，这种检测方式具有比传统qPCR更加出色的灵敏度、特异性和精确性。因此，特别适用于依靠Ct值不能很好分辨的应用领域：拷贝数变异、突变检测、基因相对表达研究(如等位基因不平衡表达)、二代测序结果验证、miRNA表达分析、单细胞基因表达分析等。授权公告号为CN104182655B(申请号为201410439489.2)的中国专利技术专利公开了一种判断胎儿基因型的方法，包括以下具体步骤：A.提取孕妇外周血DNA样本，进行外显子测序，得到原始数据；B.对原始数据进行质控，与参考序列比对，检测SNP，注释并统计；C.基于孕妇和胎儿的基因型的四种组合方式，用最大期望值算法计算得到四种组合方式的SNP位点的最小等位基因频率的混合高斯模型；D.计算得到混合高斯模型的三个临界值；E.通过比较各SNP位点的最小等位基因频率与三个临界值之间的大小关系判断胎儿基因型。该技术方案虽然能判断胎儿基因型，但是较为复杂。
技术实现思路
本专利技术提供了一种有效检测基因型的方法及装置，能够简单、快速地判断亲代和子代的基因类型。一种有效检测基因型的方法，包括以下步骤：获得待测试样本，将待测试样本进行数字PCR反应，得到突变基因信号/野生型基因信号的值；检测出突变基因信号/野生型基因数值的比值为0，(CV＜10％)，即测试样本基因型判定为AA；检测出突变基因信号/野生型基因数值的比值为1，(CV＜10％)，即测试样本判定为Aa；检测出突变基因信号/野生型基因数值的比值≥3，(CV＜10％)，即测试样本基因型判定为aa。所述的待测试样本为单一个体的纯样本，例如血液DNA、口腔分泌物DNA、羊水或脐血DNA等直接样本。测试样本只需是目标样本而无需正常样本的对照，假设待检测基因受等位基因控制，其野生型记作A，突变型记作a。一种有效检测基因型的方法，包括以下步骤：一、具有遗传关系的两个个体的混合DNA，为亲代和子代，总游离DNA总量为1，其中，子代游离DNA占比为B％，子代游离DNA的总量为1*B％，亲代游离DNA的总量为1*(1-B％)；1、若亲代基因型为AA，子代有2种情况：A：子代基因型为AA，那么此时总游离DNA中突变基因量为0，检测出突变基因信号/野生型基因信号的值也应为0；B：子代基因型为Aa，那么子代突变基因量为1*B％/2，子代野生型基因量也为1*B％/2，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝(1*B％/2)/((1*B％/2)+1*(1-B％))；2、若亲代基因型为Aa，那么亲代的野生型和突变型基因量均可记作1*(1-B％)/2，此类情况下子代有3种情况：A：子代基因型为AA，即子代野生型基因量为1*B％，突变型基因量为0，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝(1*(1-B％)/2)/((1*(1-B％)/2)+(1*B％))；B：子代基因型为Aa，即子代突变型基因和野生型基因量均记作1*B％/2，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝((1*B％/2)+(1*(1-B％)/2))/((1*B％/2)+(1*(1-B％)/2))＝1；C：子代基因型为aa，那么子代突变型基因量为1*B％，野生型基因量为0，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝((1*B％)+(1*(1-B％)/2))/(1*(1-B％)/2)；3、若亲代基因型为aa，那么亲代野生型基因量为0，突变型基因量记作1*(1-B％)，此类情况下子代有2种可能：A：子代基因型为Aa，即子代突变基因和野生基因量各为1*B％/2，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝((1*B％/2)+(1*(1-B％)))/(1*B％/2)；B：子代基因型为aa，即子代突变型基因量为1*B％，野生型基因量为0，此时总游离DNA中无野生型基因，因此，检测出突变基因信号/野生型基因信号的值为无限大，无需计算；二、获得待测试样本，将待测试样本进行数字PCR反应，得到突变基因信号/野生型基因信号的值，与步骤一中的突变基因信号/野生型基因信号的值比对，误差在10％以内，则属于该值对应的基因类型，快速判断亲代和子代的基因。步骤一中，B％为8％～30％。步骤二中，所述的待测试样本为孕妇外周血cfDNA等，并不限于此类样本。一种有效检测基因型的方法，包括以下步骤：一、孕妇外周血总游离DNA总量为1，其中，胎儿游离DNA占比为B％，胎儿游离DNA的总量为1*B％，孕妇游离DNA的总量为1*(1-B％)；1、若孕妇基因型为AA，胎儿有2种情况：A：胎儿基因型为AA，那么此时总游离DNA中突变基因量为0，检测出突变基因信号/野生型基因信号的值也应为0；B：胎儿基因型为Aa，那么胎儿突变基因量为1*B％/2，胎儿野生型基因量也为1*B％/2，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝(1*B％/2)/((1*B％/2)+1*(1-B％))；2、若孕妇基因型为Aa，那么孕妇的野生型和突变型基因量均可记作1*(1-B％)/2，此类情况下胎儿有3种情况：A：胎儿基因型为AA，即胎儿野生型基因量为1*B％，突变型基因量为0，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝(1*(1-B％)/2)/((1*(1-B％)/2)+(1*B％))；B：胎儿基因型为Aa，即胎儿突变型基因和野生型基因量均记作1*B％/2，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝((1*B％/2)+(1*(1-B％)/2))/((1*B％/2)+(1*(1-B％)/2))＝1；C：胎儿基因型为aa，那么胎儿突变型基因量为1*B％，野生型基因量为0，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝((1*B％)+(1*(1-B％)/2))/(1*(1-B％)/2)；3、若孕妇基因型为aa，那么孕妇野生型基因量为0，突变型基因量记作1*(1-B％)，此类情况下胎儿有2种可能：A：胎儿基因型为Aa，即胎儿突变基因和野生基因量各为1*B％/2，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝((1*B％/2)+(1*(1-B％)))/(1*B％/2)；B：胎儿基因型为aa，即胎儿突变型基因量为1*B％，野生型基因量为0，此时总游离DNA中无野生型基因，因此，检测出突变基因信号/野生型基因信号的值为无限大，无需计算；二、获得待测试样本，将待测试样本进行数字PCR反应，得到突变基因信号/野生型基因信号的值，与步骤一中的突变基因信号/野生型基因信号的值比对，误差在10％以内，则属于该值对应的基因类型，快速判断孕妇和胎儿的基因。步骤一中，B％为8％～30％。步骤一中，B％为8％～12％，进一步优选，本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种有效检测基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：获得待测试样本，将待测试样本进行数字PCR反应，得到突变基因信号/野生型基因信号的值；检测出突变基因信号/野生型基因数值的比值为0，即测试样本基因型判定为AA；检测出突变基因信号/野生型基因数值的比值为1，即测试样本判定为Aa；检测出突变基因信号/野生型基因数值的比值≥3，即测试样本基因型判定为aa。

【技术特征摘要】
1.一种有效检测基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：获得待测试样本，将待测试样本进行数字PCR反应，得到突变基因信号/野生型基因信号的值；检测出突变基因信号/野生型基因数值的比值为0，即测试样本基因型判定为AA；检测出突变基因信号/野生型基因数值的比值为1，即测试样本判定为Aa；检测出突变基因信号/野生型基因数值的比值≥3，即测试样本基因型判定为aa。2.根据权利要求1所述的有效检测基因型的方法，其特征在于，所述的待测试样本为单一个体的纯样本。3.一种有效检测基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：一、具有遗传关系的两个个体的混合DNA，为亲代和子代，总游离DNA总量为1，其中，子代游离DNA占比为B％，子代游离DNA的总量为1*B％，亲代游离DNA的总量为1*(1-B％)；1、若亲代基因型为AA，子代有2种情况：A：子代基因型为AA，那么此时总游离DNA中突变基因量为0，检测出突变基因信号/野生型基因信号的值也应为0；B：子代基因型为Aa，那么子代突变基因量为1*B％/2，子代野生型基因量也为1*B％/2，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝(1*B％/2)/((1*B％/2)+1*(1-B％))；2、若亲代基因型为Aa，那么亲代的野生型和突变型基因量均可记作1*(1-B％)/2，此类情况下子代有3种情况：A：子代基因型为AA，即子代野生型基因量为1*B％，突变型基因量为0，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝(1*(1-B％)/2)/((1*(1-B％)/2)+(1*B％))；B：子代基因型为Aa，即子代突变型基因和野生型基因量均记作1*B％/2，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝((1*B％/2)+(1*(1-B％)/2))/((1*B％/2)+(1*(1-B％)/2))＝1；C：子代基因型为aa，那么子代突变型基因量为1*B％，野生型基因量为0，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝((1*B％)+(1*(1-B％)/2))/(1*(1-B％)/2)；3、若亲代基因型为aa，那么亲代野生型基因量为0，突变型基因量记作1*(1-B％)，此类情况下子代有2种可能：A：子代基因型为Aa，即子代突变基因和野生基因量各为1*B％/2，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝((1*B％/2)+(1*(1-B％)))/(1*B％/2)；B：子代基因型为aa，即子代突变型基因量为1*B％，野生型基因量为0，此时总游离DNA中无野生型基因，因此，检测出突变基因信号/野生型基因信号的值为无限大，无需计算；二、获得待测试样本，将待测试样本进行数字PCR反应，得到突变基因信号/野生型基因信号的值，与步骤一中的突变基因信号/野生型基因信号的值比对，误差在10％以内，则属于该值对应的基因类型，快速判断亲代和子代的基因。4.根据权利要求3所述的有效检测基因型的方法，其特征在于，步骤一中，B％为8％～30％。5.一种有效检测基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：一、孕妇外周血总游离DNA总量为1，其中，胎儿游离DNA占比为B％，胎儿游离DNA的总量为1*B％，孕妇游离DNA的总量为1*(1-B％)；1、若孕妇基因型为AA，胎儿有2种情况：A：胎儿基因型为AA，那么此时总游离DNA中突变基因量为0，检测出突变基因信号/野生型基因信号的值也应为0；B：胎儿基因型为Aa，那么胎儿突变基因量为1*B％/2，胎儿野生型基因量也为1*B％/2，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝(1*B％/2)/((1*B％/2)+1*(1-B％))；2、若孕妇基因型为Aa，那么孕妇的野生型和突变型基因量均可记作1*(1-B％)/2，此类情况下胎儿有3种情况：A：胎儿基因型为AA，即胎儿野生型基因量为1*B％，突变型基因量为0，此时总游离DNA中检测出突变基因信号/野生型基因信号的值＝(1*(1-B％)/2)/((1*(1-B％)/2)+(1*B％))；B：胎儿基因型为Aa，即胎儿突变型基因和野生型基因...

【专利技术属性】
技术研发人员：付晶，石坚，
申请(专利权)人：华东医药杭州基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江,33