利用SMAD7反义寡核苷酸治疗受试者的方法和组合物技术

本发明专利技术涉及使用反义核苷酸的炎症性肠病(例如克罗恩病或溃疡性结肠炎)治疗，该反义核苷酸针对SMAD7 mRNA的多态形式(例如含有单核苷酸多态性的多态形式)。本发明专利技术因此涉及对于具有SMAD7的多态形式的受试者的治疗方法，并且涉及特异性靶向含有多态性的SMAD7 mRNA转录本的反义寡核苷酸。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】利用SMAD7反义寡核苷酸治疗受试者的方法和组合物本申请要求2014年10月17日提交的美国临时申请号62/065,598的权益，其全部内容通过引用并入本文。
技术介绍
炎症性肠病(IBD)是胃肠道的慢性炎症性病变，在美国有大约一百万名患者患有此病。IBD的两种最常见形式是克罗恩病(CD)和溃疡性结肠炎(UC)。尽管CD能够影响整个胃肠道，但它主要影响回肠(小肠的远端或下部)和大肠。UC主要影响结肠和直肠。当前用于CD和UC两者的治疗包括氨基水杨酸(例如，5-氨基水杨酸、柳氮磺吡啶和美沙拉嗪)、抗生素(例如，环丙沙星和甲硝唑)、皮质类固醇(例如，布地奈德或强的松)、免疫抑制剂(例如，硫唑嘌呤或甲氨蝶呤)、和肿瘤坏死因子(TNF)拮抗剂(例如英夫利昔单抗())。患者对这些疗法的响应随疾病严重性而变化，并且可以随活跃性炎症和缓解期的循环而变化。此外，目前用于IBD的许多疗法伴有不良的副作用。尽管CD和UC的病因未知，但两者都被认为是肠粘膜的炎性疾病。最近的研究证实，TGF-β1起到能够控制肠粘膜炎症的强力免疫调节剂的作用。TGF-β1结合含有两个亚基(TGF-β1R1和TGF-β1R2)的异源二聚的跨膜丝氨酸/苏氨酸激酶受体。在配体结合后，TGF-β1R1受体被组成性活化的TGF-β1R2受体磷酸化，并通过属于SMAD家族的蛋白将信号传导到细胞核。激活的TGF-β1R1直接磷酸化SMAD2和SMAD3蛋白，然后它们与SMAD4相互作用。SMAD2/SMAD3/SMAD4的复合体易位到细胞核，并调节某些基因的转录。其他研究证实，另一种SMAD蛋白SMAD7也在炎症中发挥作用。细胞内蛋白SMAD7已被证明干扰SMAD2/SMAD3与TGF-β1R1的结合，阻止这些蛋白的磷酸化和活化。此外，SMAD7蛋白的表达增加与TGF-β1介导的信号传导的抑制相关。来自于IBD患者的粘膜样本的特征在于高水平的SMAD7和低水平的磷酸化SMAD3，表明在这些患者中TGF-β1介导的信号传导受损。最近的研究聚焦于将SMAD7作为治疗患有IBD的患者的靶点。这样的疗法包括抗SMAD7反义疗法。
技术实现思路
本专利技术基于使用针对SMAD7的反义疗法治疗患有炎症性肠病的患者的方法的研发，该针对SMAD7的反义疗法是按照患者存在的SMAD7的特定多态形式定制的。在特定实例中，单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism)(参考SNPrs144204026)存在于SMAD7的编码序列的核苷酸108-128中，其对应于反义疗法Mongersen靶向的SMAD7mRNA区域，该单核苷酸多态性的存在使得能够期望地使用包含多态性的Mongersen的改性形式靶向此区域。因此，本专利技术的特征为使用具有对于多态基因序列特异的(例如完全匹配)序列的反义疗法治疗在SMAD7mRNA序列中具有多态性的患者的方法。本专利技术的特征还为包含多态序列的反义寡核苷酸。根据第一方面，本专利技术的特征为一种治疗或控制患有炎症性肠病(IBD；例如克罗恩病(CD)或溃疡性结肠炎(UC))的患者的IBD的方法，该患有IBD的患者携带不同于共有SMAD7核苷酸序列的SMAD7的第一多态形式的至少一个拷贝。所述方法包括对所述患者施用有效量的第一SMAD7反义寡核苷酸，所述第一SMAD7反义寡核苷酸特异性靶向所述SMAD7的第一多态形式。SMAD7的多态形式可以包含单核苷酸多态性(SNP)并且/或者可以包含表1或表2中列出的多态性。第一多态形式可以包含在对应于SEQIDNO:1的核酸位置108-128的区域中的多态性(例如，在SEQIDNO:1的位置114的腺嘌呤(“A”)或鸟嘌呤(“G”))；例如，其中多态形式包含SEQIDNO:9的核酸序列(5'-GCTGCGGAGAGAAGGGGCGAC-3')。在一些实施方式中，第一多态形式可以包含SEQIDNO:3的核酸序列(5'-GCTGCGGGGAGAAGGGGCGAC-3')。在特定实施方式中，第一SMAD7反义寡核苷酸包含SEQIDNO:11的核酸序列(5'-GTCGCCCCTTCTCTCCGCAGC-3')，例如，其中第一SMAD7反义寡核苷酸是包含以下序列：5'-GTXGCCCCTTCTCTCXGCAGC-3'(SEQIDNO:13)的反义寡核苷酸硫代磷酸酯，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷并且其中全部核苷酸间键合是硫代磷酸酯键。在其他特定实施方式中，第一SMAD7反义寡核苷酸包含SEQIDNO:5的核酸序列(5'-GTCGCCCCTTCTCCCCGCAGC-3')，例如，其中第一SMAD7反义寡核苷酸是包含以下序列：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAGC-3'(SEQIDNO:7)的反义寡核苷酸硫代磷酸酯，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷并且其中全部核苷酸间键合是硫代磷酸酯键。在另一方面，本专利技术的特征为一种用于治疗或控制患有IBD(例如CD或UC)的患者的IBD的方法。所述方法包括(a)分析患者的一种以上SMAD7多态形式的存在或缺失；以及(b)基于多态形式的存在或缺失，对患者施用一种以上SMAD7反义寡核苷酸，其中(i)如果患者存在第一SMAD7多态形式(例如野生型形式)，则对患者施用靶向第一SMAD7多态形式的第一SMAD7反义寡核苷酸；或者(ii)如果患者存在第二SMAD7多态形式，则对患者施用靶向第二SMAD7多态形式的第二SMAD7反义寡核苷酸；或者(iii)如果患者存在第一SMAD7多态形式和第二SMAD7多态形式，则对患者施用靶向第一SMAD7多态形式和第二SMAD7多态形式的第一SMAD7反义寡核苷酸和第二SMAD7反义寡核苷酸中的一者或两者。多态性可以包含SNP并且/或者可以包含表1或表2中列出的多态性。第一多态性可以出现在对应于SEQIDNO:1的核酸位置108-128的区域中(例如，其中第一SMAD7多态变体在SEQIDNO:1的位置114包含鸟嘌呤(“G”))。第二SMAD7多态形式可以包含在SEQIDNO:1的位置114的腺嘌呤(“A”)。在某些实施方式中，第一SMAD7多态形式包含SEQIDNO:3的核酸序列(5'-GCTGCGGGGAGAAGGGGCGAC-3')。在特定实施方式中，第一SMAD7反义寡核苷酸包含SEQIDNO:5的核酸序列(5'-GTCGCCCCTTCTCCCCGCAGC-3')，例如，其中第一SMAD7反义寡核苷酸是包含以下序列：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAGC-3'(SEQIDNO:7)的反义寡核苷酸硫代磷酸酯，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷并且其中全部核苷酸间键合是硫代磷酸酯键。在某些实施方式中，第二SMAD7多态形式包含SEQIDNO:9的核酸序列(5'-GCTGCGGAGAGAAGGGGCGAC-3')。在特定实施方式中，第二SMAD7反义寡核苷酸包含SEQIDNO:11的核酸序列(5'-GTCGCCCCTTCTCTCCGCAGC-3')，例如，其中第二SMAD7反义寡核苷酸是包含序列：5'-GTXGCCCCTTCTCTCXGCAGC-3'(SEQIDNO:13)的反义寡核苷酸硫代磷酸酯，其中X是5-甲基-2'-脱本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种SMAD7反义寡核苷酸，包含SEQ ID NO:11的核苷酸序列。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.10.17 US 62/065,5981.一种SMAD7反义寡核苷酸，包含SEQIDNO:11的核苷酸序列。2.一种SMAD7反义寡核苷酸，包含SEQIDNO:13的核苷酸序列，其中X是包含5-甲基-2'-脱氧胞苷的核苷酸并且其中全部核苷酸间键合是硫代磷酸酯键。3.一种SMAD7反义寡核苷酸，包含SEQIDNO:13的核苷酸序列，其中X是包含5-甲基-2'-脱氧胞苷的核苷酸或其互补序列。4.根据权利要求3所述的SMAD7反义寡核苷酸，其中至少一个核苷酸间键合是硫代磷酸酯键。5.根据权利要求4所述的SMAD7反义寡核苷酸，其中全部核苷酸间键合是硫代磷酸酯键。6.根据权利要求3所述的SMAD7反义寡核苷酸，其中2'-脱氧核糖核苷酸被对应的核糖核苷酸替代。7.一种药物组合物，包含权利要求1至6的任意一项所述的SMAD7反义寡核苷酸和药学上可接受的佐剂和/或赋形剂。8.根据权利要求7所述的药物组合物，其中所述药物组合物是口服药物组合物。9.一种治疗IBD的方法，包括向有需要的患者施用有效量的根据权利要求1至6的任意一项所述的SMAD7反义寡核苷酸，其中所述SMAD7反义寡核苷酸对于治疗IBD是有效的。10.根据权利要求9所述的方法，其中所述IBD是克罗恩病。11.根据权利要求9所述的方法，其中所述IBD是溃疡性结肠炎。12.根据权利要求9至11的任意一项所述的方法，其中所述反义寡核苷酸口服施用。13.一种治疗或控制患有炎症性肠病(IBD)的患者的IBD的方法，所述患者携带不同于共有SMAD7核苷酸序列的SMAD7的第一多态形式的至少一个拷贝，所述方法包括对所述患者施用有效量的第一SMAD7反义寡核苷酸，所述第一SMAD7反义寡核苷酸特异性靶向所述SMAD7的第一多态形式。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述多态形式包含单核苷酸多态性。15.根据权利要求13或14所述的方法，其中所述多态形式包含表1或表2中列出的多态性。16.根据权利要求13至15的任意一项所述的方法，其中所述第一多态形式包含在对应于SEQIDNO:1的核酸位置108-128的区域中的多态性。17.根据权利要求15所述的方法，其中所述第一SMAD7多态形式包含在SEQIDNO:1的位置114的腺嘌呤(“A”)。18.根据权利要求16所述的方法，其中所述第一SMAD7多态形式包含SEQIDNO:9的核酸序列(5'-GCTGCGGAGAGAAGGGGCGAC-3')。19.根据权利要求18所述的方法，其中所述第一SMAD7反义寡核苷酸包含SEQIDNO:11的核苷酸序列(5'-GTCGCCCCTTCTCTCCGCAGC-3')。20.根据权利要求19所述的方法，其中所述第一SMAD7反义寡核苷酸是包含以下序列的反义寡核苷酸硫代磷酸酯：5'-GTXGCCCCTTCTCTCXGCAGC-3'(SEQIDNO:13)，其中X是包含5-甲基-2'-脱氧胞苷的核苷酸并且其中全部核苷酸间键合是硫代磷酸酯键。21.一种用于治疗或控制患有IBD的患者的IBD的方法，其中所述方法包括：(a)分析所述患者中的一种以上SMAD7多态形式的存在或缺失；以及(b)基于所述多态形式的存在或缺失，对所述患者施用一种以上SMAD7反义寡核苷酸，其中：(i)如果所述患者中存在第一SMAD7多态形式，则对所述患者施用靶向所述第一SMAD7多态形式的第一SMAD7反义寡核苷酸；或者(ii)如果所述患者中存在第二SMAD7多态形式，则对所述患者施用靶向所述第二SMAD7多态形式的第二SMAD7反义寡核苷酸；或者(iii)如果所述患者中存在所述第一SMAD7多态形式和所述第二SMAD7多态形式，则对所述患者施用靶向所述第一SMAD7多态形式的所述第一SMAD7反义寡核苷酸和靶向所述第二SMAD7多态形式的所述第二SMAD7反义寡核苷酸中的一者或两者。22....

【专利技术属性】
技术研发人员：乔瓦尼·蒙泰莱奥内，
申请(专利权)人：诺格尔制药有限公司，
类型：发明
国别省市：爱尔兰,IE