基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法及试剂盒技术

本发明专利技术涉及生物学基因技术检测领域，具体涉及基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法及试剂盒。本发明专利技术提供的基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法，先是提取血液和组织样本中的基因组DNA双链核酸样本，然后将样本进行上机测序，所述样本的测定区域为0.8‑2.4Mb，得到血液和组织样本中的核酸序列，最后将所得到的核酸序列进行自动化处理，计算组织样本中的变异位点数目，根据公式突变负荷＝样本测定区域变异总数/样本测定区域大小得到突变负荷数。本发明专利技术选取特定区域进行靶向测序，使用双样本进行配对检测，同时增加测序深度，测序准确率及灵敏度提高，样本所需数据量小。本发明专利技术还提供了用于所述方法的测定人类基因组突变负荷的试剂盒。

Method and kit for detecting mutation load of human genome based on high-throughput sequencing

The present invention relates to the field of biological gene technology detection, and specifically relates to the method and kit for detecting the mutation load of human genome based on high-throughput sequencing. High throughput sequencing the human genome mutation load based method provided by the invention, the first is the genomic DNA extracted from blood and tissue samples of double stranded nucleic acid samples, and then the machine sequencing samples, determination of the area of the sample was 0.8 2.4Mb, blood and tissue samples of the nucleic acid sequence, the nucleic acid the sequence obtained by the automated processing, calculating the number of mutation sites in tissue samples, according to the formula of mutation load = sample determination total area variation / sample determination of region size mutation load number. The invention of targeted sequencing selects a specific area, using two sample paired test, while increasing the depth of sequencing, sequencing accuracy and sensitivity, sample required for a small amount of data. The present invention also provides a kit for determining the mutational load of human genome for the said method.

【技术实现步骤摘要】
基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法及试剂盒
本专利技术涉及生物学基因检测
，具体涉及基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法及试剂盒。
技术介绍
近年来，随着分子生物学、免疫学、生物化学以及临床医学、检验医学等相关学科的不断发展，使得免疫治疗肿瘤药物显现出广阔的应用前景。越来越多的免疫肿瘤药物被开发应用于临床，使更多患者受益。但是，免疫肿瘤药物在临床应用时会出现显著的个体差异，不同患者对统一药物具有不同的药物敏感性。如在结肠癌患者中，仅有约5％左右的患者对免疫抑制剂类药物敏感，而其余患者在用药后均无理想的用药响应。这种现象在其他癌种中也被观察到，如肺癌、黑色素瘤、膀胱癌、肝癌等。患者疗效的个体差异催生了包括高通量测序技术在内的精准医疗手段的不断发展。精准医疗是以个体化医疗为基础、随着基因组测序技术快速进步以及生物信息与大数据科学的交叉应用而发展起来的新型医学概念与医疗模式。其本质是通过基因组、蛋白质组等组学技术和医学前沿技术，对于大样本人群与特定疾病类型进行生物标记物的分析与鉴定、验证与应用，从而精确寻找到疾病的原因和治疗的靶点，并对一种疾病的不同状态和过程进行精确分本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法，其特征在于，其包括下述步骤：(1)提取血液和组织样本中的基因组DNA双链核酸；(2)将样本进行上机测序，所述样本的测定区域为0.8‑2.4Mb，得到血液和组织样本中的核酸序列；(3)将步骤(2)所得到的核酸序列进行自动化处理，去除变异信息及背景信号，计算组织样本中的变异位点数目，根据公式突变负荷＝样本测定区域变异总数/样本测定区域大小得到突变负荷数。

【技术特征摘要】
1.一种基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法，其特征在于，其包括下述步骤：(1)提取血液和组织样本中的基因组DNA双链核酸；(2)将样本进行上机测序，所述样本的测定区域为0.8-2.4Mb，得到血液和组织样本中的核酸序列；(3)将步骤(2)所得到的核酸序列进行自动化处理，去除变异信息及背景信号，计算组织样本中的变异位点数目，根据公式突变负荷＝样本测定区域变异总数/样本测定区域大小得到突变负荷数。2.根据权利要求1所述的基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法，其特征在于，在步骤(1)中，提取基因组DNA双链核酸进行片段化处理，得到片段长度为100-1000bp，优选的，片段长度为100-500bp，更优选的，片段长度为200-300bp。3.根据权利要求要求2所述的基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法，其特征在于，将片段化的双链核酸进行末端修复后添加接头连接序列，通过所述接头连接序列将经过末端修复的双链核酸片段的两端添加接头，其中，所述接头具有引物结合区和连接互补区，所述连接互补区与所述接头连接序列互补。4.根据权利要求3所述的基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法，其特征在于，将带有接头的双链核酸片段，用第一引物和第二引物进行PCR扩增，得到第一扩增产物混合物，其中所述的第一引物和第二引物具有接头结合区以及接头结合区外的测序探针结合区。5.根据权利要求4所述的基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法，其特征在于，将第一扩增产物混合物进行杂交，并加入封闭分子封闭位于所述扩增产物两端的、对应于第一引物和第二引物的区域，得到两端被封闭的第一扩增产物混合物。6.根据权利要求5所述的基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法，其特征在于，使用捕获探针混合物捕获两端被封闭的第一扩增产物混合物，得到捕获核酸分子，并进行富集。7.根据权利要求6所述的基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法，其特征在于，将富集的核酸使用第三引物、第四引物进行PCR扩增，得到第二扩增产物混合物，所述第三引物、第四引物分别特异对应于或结合于所述第一引物和第二引物。8.根据权利要求3-7任一项所述的基于高通量测序检测人类基因组突变负荷的方法，其特征在于，所述进行末端修复是指片段化的双链核酸片段中加入末端修复酶混合物和末端修复反应缓冲液进行末端修复。9.根据权利要求6-8任一项所...

【专利技术属性】
技术研发人员：李福根，金其煌，陈阅军，谢正华，熊磊，
申请(专利权)人：上海思路迪生物医学科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31