【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测高毒力艰难梭菌菌株的存在的方法本专利技术涉及基于核酸扩增的诊断测定领域。更具体地，本专利技术提供了在生物样品中(如粪样品中)检测高毒力艰难梭菌菌株(优选为毒素生产性艰难梭菌菌株027)的基于PCR的方法。本专利技术基于对高毒力艰难梭菌菌株中阴性和阳性标志物特异的寡核苷酸引物和探针的用途。专利技术背景艰难梭菌感染(CDI)是一种毒素介导的肠道疾病。CDI的临床结果可以从无症状定殖(colonization)变化到更严重的疾病综合征，包括严重腹泻，腹痛，发烧和白细胞增多。艰难梭菌被认为是住院治疗和抗生素治疗后患者发生的感染性腹泻的主要原因。因此，CDI现在被认为是最重要的保健相关感染之一。此外，还出现了非医院相关的艰难梭菌库(reservoirs)，并且艰难梭菌能够在动物宿主中传播(Denéveetal.，2009；Rupniketal，2009)。目前，艰难梭菌检测方法包括细胞毒素产生(cytotoxigenic)培养法、对由艰难梭菌产生的毒素A和毒素B检测的细胞毒素测定(CYT)，对艰难梭菌tcdB基因检测的基于PCR的测定，和对艰难梭菌特异性谷氨酸脱氢酶(...
【技术保护点】
在生物样品中检测高毒力艰难梭菌(Clostridium difficile)菌株的存在的方法，所述方法包括：进行核酸扩增反应，其包含自所述生物样品提取的DNA作为模板、在所述反应中对于扩增艰难梭菌hydR基因中目标序列特异性的第一寡核苷酸引物组、和在所述反应中对于扩增对应于SEQ ID NO:2所列的艰难梭菌序列的目标序列的至少部分特异性的第二寡核苷酸引物组，其中所述hydR基因包含对应于SEQ ID NO:1的序列。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.12.19 FI 201461241.在生物样品中检测高毒力艰难梭菌(Clostridiumdifficile)菌株的存在的方法，所述方法包括：进行核酸扩增反应，其包含自所述生物样品提取的DNA作为模板、在所述反应中对于扩增艰难梭菌hydR基因中目标序列特异性的第一寡核苷酸引物组、和在所述反应中对于扩增对应于SEQIDNO:2所列的艰难梭菌序列的目标序列的至少部分特异性的第二寡核苷酸引物组，其中所述hydR基因包含对应于SEQIDNO:1的序列。2.根据权利要求1的方法，其包括在所述生物样品中检测高毒力艰难梭菌菌株存在的步骤，其中当所述第一寡核苷酸引物组不扩增出特异性产物并且所述第二寡核苷酸引物组扩增出特异性产物时，在所述样品中检出所述高毒力艰难梭菌菌株。3.根据权利要求1或2的方法，其中所述高毒力艰难梭菌菌株是艰难梭菌菌株027或者027-核糖核酸型-类似艰难梭菌菌株(027-ribotype-resemblingClostridiumdifficilestrain)。4.根据权利要求1或2的方法，其中所述样品中艰难梭菌hydR基因DNA的存在指示艰难梭菌菌株027不存在于所述样品中。5.根据权利要求1或2的方法，其中对于所述第一寡核苷酸引物组的艰难梭菌特异性目标序列是如SEQIDNO:1所列的艰难梭菌hydR基因的核苷酸区域，并且所述核苷酸区域的至少部分被特异性扩增。6.根据权利要求5的方法，其中所述第一寡核苷酸引物组含有包含存在于如SEQIDNO:3中所列的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸或由存在于如SEQIDNO:3中所列的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸组成的寡核苷酸，以及包含存在于如SEQIDNO:4中所列的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸或由存在于如SEQIDNO:4中所列的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸组成的寡核苷酸。7.根据权利要求6的方法，其中所述第一寡核苷酸引物组含有包含如SEQIDNO:3中所列的核苷酸序列或由如SEQIDNO:3中所列的核苷酸序列组成的寡核苷酸和包含SEQIDNO:4中所列的核苷酸序列或由如SEQIDNO:4中所列的核苷酸序列组成的寡核苷酸。8.根据权利要求1或2的方法，其中通过使用包含存在于如SEQIDNO:7中所列的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸或由存在于如SEQIDNO:7中所列的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸组成的探针来检测用所述第一寡核苷酸引物组扩增的目标序列的存在。9.根据权利要求8的方法，其中通过使用包含如SEQIDNO:7中所列的核苷酸序列或由如SEQIDNO:7中所列的核苷酸序列组成的探针来检测用所述第一寡核苷酸引物组扩增的目标序列的存在。10.根据前述权利要求中任一项的方法，其中所述第二寡核苷酸引物组含有包含存在于如SEQIDNO:5所列的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸或由存在于如SEQIDNO:5所列的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸组成的寡核苷酸，以及包含存在于如SEQIDNO:6中所列的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸或由存在于如SEQIDNO:6中所列的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸组成的寡核苷酸。11.根据权利要求10的方法，其中所述第二寡核苷酸引物组含有包含如SEQIDNO:5中所列的核苷酸序列或由如SEQIDNO:5中所列的核苷酸序列组成的寡核苷酸，以及包含如SEQIDNO:6中所列的核苷酸序列或由如SEQIDNO:6中所列的核苷酸序列组成的寡核苷酸。12.根据前述权利要求中任一项的方法，其中通过使用包含SEQIDNO:8或9所列的核苷酸序列或由SEQIDNO:8或9所列的核苷酸序列组成的探针来检测用所述第二寡核苷酸引物组扩增的目标序列的存在。13.根据前述权利要求中任一项的方法，其中所述扩增反应还包含在所述反应中对于扩增艰难梭菌毒素B基因(tcdB)特异性的第三寡核苷酸引物组，并且在所述反应中特异性扩增出如SEQIDNO:10中所列的核苷酸区域的至少部分。14.根据权利要求13的方法，其中所述第三寡核苷酸引物组含有包含存在于如SEQIDNO:11所列的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸或由存在于如SEQIDNO:11所列的核苷酸序列的至少10个连续核苷酸组成的寡核苷酸，以及包含存在于如SEQIDNO:12中所列的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸或由存在于如SEQIDNO:12中所列的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸组成的寡核苷酸。15.根据权利要求14的方法，其中所述第三寡核苷酸引物组含有包含如SEQIDNO:11中所列的核苷酸序列或由如SEQIDNO:11中所列的核苷酸序列组成的寡核苷酸，以及包含如SEQIDNO:12中所列的核苷酸序列或由如SEQIDNO:12中所列的核苷酸序列组成的寡核苷酸。16.根据权利要求13的方法，其中通过使用包含存在于如SEQIDNO:13中所列的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸或由存在于如SEQIDNO:13中所列的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸组成的探针来检测用所述第三寡核苷酸引物组扩增的目标序列的存在。17.根据权利要求16的方法，其中通过使用包含如SEQIDNO:13中所列的核苷酸序列或由如SEQIDNO:13中所列的核苷酸序列组成的探针来检测用所述第三寡核苷酸引物组扩...
【专利技术属性】
技术研发人员：J基尔维斯卡里，J库尔克拉，
申请(专利权)人：分子诊断有限责任公司，
类型：发明
国别省市：芬兰,FI
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