The invention relates to a method for detecting 7q11.23 deletion based on limited dNTP, competitive PCR and HRM, which detects the number of copies of BAZ1B, CLIP2, ELN and LIMK1 genes because of the reference genes of the CFTR base. The invention also provides primer combinations, reagent kits and the like. Its advantages are that it can be carried out under the same reaction condition, and can be detected simultaneously on an PCR instrument. The detection cycle is shortened by 79min only from PCR amplification to HRM detection. PCR amplification does not require open tube operation, reducing operation steps and possible contamination. The invention selects suitable genes and designs proper primers sequence, and the PCR reaction system and program setting are reasonable. The method of the invention has high accuracy, and has great advantages in 7q11.23 micro defect detection and mass population screening.
【技术实现步骤摘要】
一种7q11.23缺失的检测方法
本专利技术涉及分子生物学
,具体地说,是一种7q11.23缺失的检测方法。
技术介绍
Williams–Beuren综合征[OMIM194050]是一种遗传性精神发育迟滞性疾病,在活产婴儿当中发病率为1/7500。Williams–Beuren综合征是由7号染色体长臂11.23(7q11.23)区域的基因微缺失引起的,缺失长度约为1.5Mb~1.8Mb。其中96%的患者ELN基因缺失。根据临床表现与特征,可对该综合征病人作初步诊断,而对7q11.23缺失片段的检测是该病确诊的重要依据。最早用于7q11.23缺失片段检测的方法是荧光原位杂交法(FISH),该方法试验周期短、效果直观可见,但需要良好的实验设备与技术。目前最常用的7q11.23缺失的分子诊断方法有针对全基因组的高通量检测法和用于检测特定CNV目标的核酸扩增法,不同方法的可靠性、操作难易度及经济性等指标均不尽相同。全基因组基因芯片和下一代测序技术是目前最常用的高通量检测方法,这些方法可以对全基因组的拷贝数变异情况进行检测,有利于发现新的变异情况,但较高的成本限制了其应用范围。qPCR、MLPA等核酸扩增检测法,可以针对疑似缺失的某一段基因序列设计探针和引物,适用于7q11.23缺失等常见的、经典的拷贝数变异疾病。中国专利文献CN103207274A公开了一种胎儿7号染色体异常疾病的筛查试剂盒,它包括检测孕妇血清或尿液PLGF水平的试剂。中国专利文献CN106319079A公开了一种利用限量dNTP竞争性PCR结合HRM技术检测22q11.2拷贝数缺失的方法。 ...
【技术保护点】
一种用于HRM分析法检测7q11.23缺失的引物组合,其特征在于,其用于检测CFTR、BAZ1B、CLIP2、ELN和LIMK1五个基因,CFTR的上游引物的序列如SEQ ID NO:1所示,CFTR的下游引物的序列如SEQ ID NO:2所示;BAZ1B的上游引物的序列如SEQ ID NO:3所示,BAZ1B的下游引物的序列如SEQ ID NO:4所示;CLIP2的上游引物的序列如SEQ ID NO:5所示,CLIP2的下游引物的序列如SEQ ID NO:6所示;ELN的上游引物的序列如SEQ ID NO:7所示,ELN的下游引物的序列如SEQ ID NO:8所示;LIMK1的上游引物的序列如SEQ ID NO:9所示,LIMK1的下游引物的序列如SEQ ID NO:10所示。
【技术特征摘要】
1.一种用于HRM分析法检测7q11.23缺失的引物组合,其特征在于,其用于检测CFTR、BAZ1B、CLIP2、ELN和LIMK1五个基因,CFTR的上游引物的序列如SEQIDNO:1所示,CFTR的下游引物的序列如SEQIDNO:2所示;BAZ1B的上游引物的序列如SEQIDNO:3所示,BAZ1B的下游引物的序列如SEQIDNO:4所示;CLIP2的上游引物的序列如SEQIDNO:5所示,CLIP2的下游引物的序列如SEQIDNO:6所示;ELN的上游引物的序列如SEQIDNO:7所示,ELN的下游引物的序列如SEQIDNO:8所示;LIMK1的上游引物的序列如SEQIDNO:9所示,LIMK1的下游引物的序列如SEQIDNO:10所示。2.根据权利要求1所述的引物组合在制备检测7q11.23缺失的试剂盒中的应用。3.根据权利要求1所述的引物组合在制备诊断Williams–Beuren综合征的试剂盒中的应用。4.一种检测7q11.23缺失的试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒基于限量dNTP竞争性PCR和HRM检测7q11.23缺失,所述的试剂盒含有以CFTR基因为参考基因,检测BAZ1B、CLIP2、ELN和LIMK1基因拷贝数的试剂。5.根据权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒中的引物分别为:CFTR的上游引物的序列如SEQIDNO:1所示,CFTR的下游引物的序列如SEQIDNO:2所示;BAZ1B的上游引物的序列如SEQIDNO:3所示,BAZ1B的下游引物的序列如SEQIDNO:4所示;CLIP2的上游引物的序列如SEQIDNO:5所示,CLIP2的下游引物的序列如SEQIDNO:6所示;ELN的上游引物的序列如SEQIDNO:7所示,ELN的下游引物的序列如SE...
【专利技术属性】
技术研发人员:傅启华,张立辰,张晓青,游国岭,
申请(专利权)人:上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心,
类型:发明
国别省市:上海,31
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