基于PPP2R2B和NAT2基因的与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物、试剂盒及应用制造技术

本发明专利技术涉及与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物，所述的SNP标志物是包括PPP2R2B基因SNP位点和NAT2基因SNP位点的组合，所述的PPP2R2B基因SNP位点是rs1031915，所述NAT2基因SNP位点是rs4921914、rs10103029和rs7816847中一个或多个。本发明专利技术还提供了一种评估抗结核药物肝毒性反应风险试剂盒，用于检测与抗结核药物肝毒性反应相关的上述SNP标志物。本发明专利技术提供的与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物及其应用，可以准确地分子遗传标记抗结核药物引起的药物肝毒性反应，从而进行分子标记辅助选择和用药预测，实现个体化用药，减少药物不良反应。本发明专利技术的研究过程中，对大样本进行研究，样本量具有足够的代表性，确保了研究结果的准确性。

【技术实现步骤摘要】
基于PPP2R2B和NAT2基因的与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物、试剂盒及应用
本专利技术涉及单核苷酸多态性(SNP)标志物、试剂盒及应用，特别是涉及与抗结核药物引起的药物肝毒性反应相关的尚未公开的SNP标志物及其组合、试剂盒以及它们的应用，属于生物基因工程领域。
技术介绍
结核病可谓是传染病中的一个最大灾难——全世界每年会有上百万人因该病致死，是当前导致发展中国家居民(尤其是儿童)死亡的主要疾病之一。药物化疗是当前治疗结核病的主要手段，常用的药物为异烟肼(isoniazid，INH)、利福平(rifampicin，RFP)、吡嗪酰胺(pyrazinamide，PZA)和乙胺丁醇(ethambutol，EMB)。虽然药物化疗对于结核病的临床治疗效果较好，但是在治疗过程中出现的药物不良反应(adversedrugreactions，ADR)，影响了抗结核治疗效果和患者健康。其中，抗结核药物肝毒性反应(anti-tuberculosisdruginducedhepatotoxicity，ATDH)是最严重的常见抗结核ADR。既往研究认为年龄、体重、性别、合并用药、营养状况等因素会影响ATDH的发病。随着遗传领域中药物基因组学的发展，单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)在揭示个体不同的表型性状、以及对于环境暴露、药物治疗等因素的不同反应的研究中受到人们的重视，有关SNP与ATDH个体差异的关系的研究越来越深入，且多聚焦于N-乙酰转移酶2基因(N-acetyltrangerase2，NAT2)。NAT2是治疗结核病的常用药物异烟肼(isoniazid，INH)代谢过程中的主要代谢酶。遗传学研究显示，NAT2的乙酰化代谢型(快、中、慢乙酰化代谢型)主要由其编码区功能多态性位点及其单体型(快、中、慢乙酰化代谢型)决定。功能学实验证明，部分编码区SNP突变等位基因相对其野生型等位基因所产生的氨基酸改变，减低了NAT2的表达量和/或其乙酰化酶活性。目前已经公开的相关研究有：“N-乙酰基转移酶2及谷胱甘肽S转移酶M1基因多态性与抗结核药物性肝损伤的关系研究”，安慧茹等，《中国防痨杂志》，2014年1月，第36卷第1期，第14－20页)公开了NAT2的rs1805158、rs1801280、rs72554617、rs1799930、rs1799931多态性位点与抗结核药致肝损伤相关，统计的患者为接受异烟肼+利福平+乙胺丁醇+吡嗪酰胺联合治疗后造成肝损伤的患者，所使用的方法为对每个SNP位点与肝损伤的相关性进行单独分析，没有公开将某些SNP组成一组时与药物肝损伤的关联是否更高；WO2015109608A1公开了NAT2的rs1041983、rs1495741SNP及其组合与抗结核药异烟肼、利福平、吡嗪酰胺中任一种或其组合造成的肝损伤相关，并公开了一些包含NAT2rs1041983或rs1495741以及XO基因rs2295475或rs1884752SNP的组合与药物肝损伤的相关性；CN106119363A公开了N-乙酰转移酶2基因(N-acetyltrangerase2，NAT2)的7个SNP位点(rs1801279、rs1041983、rs1801280、rs1799929、rs1799930、rs1208和rs1799931)的组合可以用于抗结核药物肝损伤易感基因型检测。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供尚未公开的、与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物，以更加全面、准确地分子遗传标记抗结核药物引起的药物肝毒性反应，从而进行分子标记辅助选择和用药预测，实现个体化用药，减少药物不良反应。本专利技术的目的还在于提供上述SNP标志物在抗结核药物肝毒性反应方面非诊断的应用。本专利技术还提供了一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，用于通过准确检测上述与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物，以更加全面、准确评估抗结核药物肝毒性反应风险。为了实现上述目的，本专利技术的技术方案如下：本专利技术提供了与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物，所述的SNP标志物是包括PPP2R2B基因SNP位点和NAT2基因SNP位点的组合，所述的PPP2R2B基因SNP位点是rs1031915，所述NAT2基因SNP位点是rs4921914、rs10103029和rs7816847中一个或多个。进一步地，上述SNP标志物组合与FLT3基因SNP位点rs9319408、VAV2基因SNP位点rs679106、XO基因SNP位点rs1429372和IL6基因SNP位点rs2069852中一个或多个相组合，可以实现更准确地标记抗结核药物引起药物肝毒性反应的目的。更进一步地，以上所有情况还可以与其它的NAT2基因的与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP位点及其组合(如：NAT2基因的SNP位点rs1041983或rs1495741，或者两者的组合)相组合，可以更准确地标记抗结核药物引起药物肝毒性反应。上述SNP标志物的特异性扩增引物的引物序列可以分别为：rs1031915的引物序列为SEQIDNo.7和SEQIDNo.8；rs9319408的引物序列为SEQIDNo.10和SEQIDNo.11；rs679106的引物序列为SEQIDNo.13和SEQIDNo.14；rs1429372的引物序列为SEQIDNo.16和SEQIDNo.17；rs2069852的引物序列为SEQIDNo.19和SEQIDNo.20；rs4921914的引物序列为SEQIDNo.22和SEQIDNo.23；rs10103029的引物序列为SEQIDNo.25和SEQIDNo.26；rs7816847的引物序列为SEQIDNo.28和SEQIDNo.29；rs1041983的引物序列为SEQIDNo.31和SEQIDNo.32；rs1495741的引物序列为SEQIDNo.34和SEQIDNo.35。进一步地，对应于上述SNP标志物的特异性扩增引物，其特异性延伸引物的引物序列可以分别为：rs1031915的引物序列为SEQIDNo.9；rs9319408的引物序列为SEQIDNo.12；rs679106的引物序列为SEQIDNo.15；rs1429372的引物序列为SEQIDNo.18；rs2069852的引物序列为SEQIDNo.21；rs4921914的引物序列为SEQIDNo.24；rs10103029的引物序列为SEQIDNo.27；rs7816847的引物序列为SEQIDNo.30；rs1041983的引物序列为SEQIDNo.33；rs1495741的引物序列为SEQIDNo.36。本专利技术还提供上述SNP标志物在抗结核药物肝毒性反应方面非诊断的应用，如应用于制备评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒。本专利技术还提供了一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，用于检测与抗结核药物肝毒性反应相关的至少如下的SNP标志物：所述的SNP标志物是包括PPP2R2B基因SNP位点和NAT2基因SNP位点的组合，所述的PPP2R2B基因SNP位点是rs1031915，所述NAT2基因SNP位点是rs4921914、rs10103029和rs本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于PPP2R2B和NAT2基因的与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物，其特征在于，所述的SNP标志物是包括PPP2R2B基因SNP位点和NAT2基因SNP位点的组合，所述的PPP2R2B基因SNP位点是rs1031915，所述NAT2基因SNP位点是rs4921914、rs10103029和rs7816847中一个或多个。

【技术特征摘要】
1.一种基于PPP2R2B和NAT2基因的与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物，其特征在于，所述的SNP标志物是包括PPP2R2B基因SNP位点和NAT2基因SNP位点的组合，所述的PPP2R2B基因SNP位点是rs1031915，所述NAT2基因SNP位点是rs4921914、rs10103029和rs7816847中一个或多个。2.根据权利要求1所述的与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物，其特征在于，所述的SNP标志物还包括FLT3基因SNP位点rs9319408、VAV2基因SNP位点rs679106、XO基因SNP位点rs1429372和IL6基因SNP位点rs2069852中一个或多个。3.根据权利要求1或2所述的与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物，其特征在于，所述的SNP标志物还包括NAT2基因的其他与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP位点rs1041983和/或rs1495741。4.根据权利要求1或2所述的与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物在抗结核药物肝毒性反应方面非诊断的应用。5.根据权利要求3所述的与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物在抗结核药物肝毒性反应方面非诊断的应用。6.一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，该试剂盒用于检测与抗结核药物肝毒性反应相关的至少如下的SNP标志物：所述的SNP标志物是包括PPP2R2B基因SNP位点和NAT2基因SNP位点的组合，所述的PPP2R2B基因SNP位点是rs1031915，所述NAT2基因SNP位点是rs4921914、rs10103029和rs7816847中一个或多个。7.根据权利要求6所述的一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒含有特异于如权利要求6所述的SNP标志物的特异性扩增引物和/或特异于如权利要求6所述的SNP标志物的特异性延伸引物。8.根据权利要求7所述的一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，在所述的含有的特异性扩增引物中：所述的SNP位点rs1031915的特异性扩增引物序列为SEQIDNo.7和SEQIDNo.8。9.根据权利要求8所述的一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，在所述的含有的特异性延伸引物中：所述的SNP位点rs1031915的特异性延伸引物序列为SEQIDNo.9。10.根据权利要求8或9所述的一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，在所述的含有的特异性扩增引物中：所述的SNP位点s4921914的特异性扩增引物序列为SEQIDNo.22和SEQIDNo.23；所述的SNP位点rs10103029的特异性扩增引物序列为SEQIDNo.25和SEQIDNo.26；所述的SNP位点rs7816847的特异性扩增引物序列为SEQIDNo.28和SEQIDNo.29。11.根据权利要求10所述的一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，在所述的含有的特异性延伸引物中：所述的SNP位点rs4921914的特异性延伸引物序列为SEQIDNo.24；所述的SNP位点rs10103029的特异性延伸引物序列为SEQIDNo.27；所述的SNP位点rs7816847的特异性延伸引物序列为SEQIDNo.30。12.根据权利要求11所述的一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，该试剂盒还用于检测与抗结核药物肝毒性反应相关的FLT3基因SNP位点rs9319408、VAV2基因SNP位点rs679106、XO基因SNP位点rs1429372和IL6基因SNP位点rs2069852中的一个或多个。13.根据权利要求12所述的一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒含有特异于如权利要求12所述的SNP标志物的特异性扩增引物和/或特异于如权利要求12所述的SNP标志物的特异性延伸引物。14.根据权利要求13所述的一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，在所述的含有的特异性扩增引物中：所述的SNP位点rs9319408的特异性扩增引物序列为SEQIDNo.10和SEQIDNo.11；所述的SNP位点rs679106的特异性扩增引物序列为SEQIDNo.13和SEQIDNo.14；所述的SNP位点rs1429372的特异性扩增引物序列为SEQIDNo.16和SEQIDNo.17；所述的SNP位点rs2069852的特异性扩增引物序列为SEQIDNo.19和SEQIDNo.20。15.根据权利要求14所述的一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，在所述的含有的特异性延伸引物中：所述的SNP位点rs9319408的特异性延伸引物序列为SEQIDNo.12；所述的SNP位点rs679106的特异性延伸引物序列为SEQIDNo.15；所述的SNP位点rs1429372的特异性延伸引物序列为SEQIDNo.18；所述的SNP位点rs2069852的特异性延伸引物序列为SEQIDNo.21。16.根据权利要求15所述的一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，该试剂盒还用于检测与抗结核药物肝毒性反应相关的NAT2基因位点rs1495741和/或rs1041983。17.根据权利要求16所述的一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒含有特异于如权利要求16所述的SNP标志物的特异性扩增引物和/或特异于如权利要求16所述的SNP标志物的特异性延伸引物。18.根据权利要求17所述的一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，在所述的含有的特异性扩增引物中：所述的SNP位点rs1041983的特异性扩增引物序列为SEQIDNo.31和SEQIDNo.32；所述的SNP位点rs1495741的特异性扩增引物序列为SEQIDNo.34和SEQIDNo.35。19.根据权利要求18所述的一种评估抗结核药物肝毒性反应风险的试剂盒，其特征在于，在所述的含有的特...

【专利技术属性】
技术研发人员：晋家骧，曹诗琴，贺兆辉，王纯刚，
申请(专利权)人：北京光大隆泰科技有限责任公司，
类型：发明
国别省市：北京,11