一种用于检测先天性白内障相关基因的探针组及试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了一种用于检测先天性白内障相关基因的探针组及试剂盒。本发明专利技术的探针组包括分别针对225个先天性白内障发病相关基因的外显子非重复区域的多个探针序列，本发明专利技术还提供包含该探针组的用于区域捕获及二代测序的试剂盒。本发明专利技术的探针组及试剂盒可一次性对先天性白内障已发现的225个相关基因进行全面检测，提高了分子诊断的覆盖率及效率，特异性好，灵敏度高，对先天性白内障产前筛查、早期诊断、精准防治具有重要意义。

A probe set and kit for detecting genes associated with congenital cataract

The invention discloses a probe group and a kit for detecting related genes of congenital cataract. The invention includes a probe group respectively for 225 congenital cataract related gene exon probe sequence of non repeat regions, the invention also provides for a kit containing the probe group and the two generation sequencing of the capture region. Comprehensive detection of 225 related gene probe group and the kit of the invention can be disposable for congenital cataract has been found, improve the coverage and efficiency of molecular diagnosis, good specificity, high sensitivity, prenatal screening of congenital cataract, early diagnosis, accurate prevention and control has important significance.

【技术实现步骤摘要】
一种用于检测先天性白内障相关基因的探针组及试剂盒
本专利技术属于基因检测试剂盒领域，具体涉及一种用于检测先天性白内障相关基因的探针组及试剂盒。
技术介绍
先天性白内障是出生即存在或出生后才逐渐形成的先天遗传或发育障碍引起的晶状体混浊，是导致儿童盲和视力损害的首要疾病，约占儿童盲(最佳矫正视力低于0.05)及中重度视力损害(最佳矫正视力低于0.3，不低于0.05)儿童总数的50％，其有效防治一直是备受关注和亟待解决的国际性难题。先天性白内障约30％患儿有较明显的家族遗传倾向，有三种遗传模式，包括常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传及X连锁遗传。其中，常染色体显性遗传是最常见的遗传形式。基于孤立家系的连锁研究及疾病遗传相关候选基因的测序，据报道至少已鉴定出先天性白内障相关的22个疾病位点和17个致病基因，先天性白内障致病基因的深入全面探索是其发病机制研究中最重要的突破点。近年来随着二代测序技术的发展，已报道的先天性白内障患病基因与日俱增，至少已包括120个基因的250个突变位点，但目前市场上仍没有较为全面的先天性白内障相关基因区域捕获探针组合及试剂盒。
技术实现思路
本专利技术的目的是针对现有技术中没有较为全面的先天性白内障相关基因检测探针组及试剂盒的不足，提供一种用于检测先天性白内障相关基因的探针组及试剂盒，利用其能全面、快速、准确的检测先天性白内障相关基因。一种用于检测先天性白内障相关基因的探针组，包含能特异性识别人类先天性白内障相关基因外显子非重复区域的多个DNA序列；所述的先天性白内障相关基因如下所示：PEX10,PEX14,EPHA2,HSPG2,POMGNT1,FOXE3,RPE65,CRYZ,DNASE2B,ABCD3,COL11A1,GJA8,ADAMTSL4,GPR161,PROX1,RAB3GAP2,GNPAT,PXDN,PEX13,RAB3GAP1,LCT,FIGN,LRP2,AGPS,CRYGD,CRYGC,CRYGB,CRYGA,CYP27A1,CRYBA2,KCNJ13,FYCO1,COL7A1,LAMB2,FLNB,GPX1,PVRL3,CPOX,CASR,CNBP,BFSP2,SOX2,CRYGS,WFS1,HMX1,CC2D2A,SRD5A3,CLOCK,AFF1,ANK2,ETFDH,CTNND2,ERCC8,VCAN,EFNA5,TGFBI,SIL1,SPARC,TFAP2A,GCNT2,GCM2,NEU1,PEX6,LGSN,LCA5,GJA1,PEX7,IFNGR1,PEX3,EZR,FAM126A,GTF2IRD1,HIP1,NRCAM,AGK,FDFT1,BIN3,DOCK5,ESCO2,WRN,ADAM9,EYA1,CNGB3,NBN,RECQL4,VLDLR,CDKN2A,GALT,ALDH1A1,PTCH1,TDRD7,LMX1B,POMT1,VIM,ITGB1,ERCC6,ATOH7,PCBD1,PTEN,SLC16A12,ALDH18A1,PITX3,OAT,HRAS,USH1C,LGR4,PAX6,CAT,PEX16,DHCR7,BEST1,LRP5,MYO7A,FZD4,MMP1,ATM,CRYAB,APOA1,JAM3,PEX5,COL2A1,MIP,MVK,GJA3,GJB6,B3GALTL,SLC25A15,ITM2B,COL4A1,SEC23A,OTX2,SIX6,VSX2,TGFB3,POMT2,DICER1,BUB1B,SORD,FBN1,NR2E3,LOXL1,MIR184,POLG,GFER,TMEM114,NOD2,HSF4,ADAMTS18,MAF,YWHAE+,GUCY2D,CRYBA1,UNC45B,PEX12,WNT3,NOG,GALK1,PYCR1,EPG5,CTDP1,ADAMTS10,SMARCA4,MAN2B1,SIPA1L3,OPA3,SIX5,DMPK,FKRP,FTL,LIM2,TBC1D20,BFSP1,PHARC,CHMP4B,NCOA6,SALL4,GNAS,CRYAA,COL18A1,LSS,PEX26,CRYBB3,CRYBB2,CRYBB1,CRYBA4,NF2,LARGE,ARSE,HCCS,NHS,BCOR,NDP,RP2,PORCN,PQBP1,EBP,GLA,COL4A6,COL4A5,LAMP2,OCRL,ABCD1+,IKBKG,AKR1E2,CYP51A1,FOXC1,MFSD6L,MYH9,PEX1,PEX2,PEX19,PITX2,RAB18,RNLS,SOX2,TMEM70,TMEM114,CBS,ERCC2,ERCC3,FKTN,FOXD3,PEX5L,PEX11β,SLC2A1。所述的探针组，其每个DNA序列长度为78bp。每个DNA序列所匹配的先天性白内障相关基因外显子非重复区域的区段分别如表1所示。所述的用于检测先天性白内障相关基因的探针组在检测先天性白内障相关基因中的应用。一种用于检测先天性白内障相关基因的试剂盒，包括所述的用于检测先天性白内障相关基因的探针组。所述的用于检测先天性白内障相关基因的试剂盒在检测先天性白内障相关基因中的应用。本专利技术的有益效果在于：本专利技术的探针组及试剂盒可一次性对先天性白内障已发现的225个相关基因进行检测，提高了分子诊断的覆盖率及效率，特异性好，灵敏度高，对先天性白内障产前筛查、早期诊断、精准防治具有重要意义。具体实施方式以下实施例是对本专利技术的进一步说明，而不是对本专利技术的限制。实施例1：用于检测先天性白内障相关基因的探针组1、先天性白内障相关基因的筛选确定以“congenitalcataract”，“inheritedcataract”，“pediatriccataract”，“infantilecataract”，“childhoodcataract”等为检索词，在PubMed，OnlineMendelianInheritanceinMan(OMIM)及NationalCenterforBiotechnologyInformation(NCBI)相关子网站中搜索已报导的，通过家族连锁分析、人群关联分析、散发病例基因检测及动物实验发现的不同证据等级的先天性白内障相关基因。通过进一步对临床表型及遗传背景的筛选，最终纳入225个先天性白内障相关基因，进行产品设计及检测。筛选的先天性白内障相关基因如下所示：PEX10(5192),PEX14(5195),EPHA2(1969),HSPG2(3339),POMGNT1(55624),FOXE3(2301),RPE65(6121),CRYZ(1429),DNASE2B(58511),ABCD3(5825),COL11A1(1301),GJA8(2703),ADAMTSL4(54507),GPR161(23432),PROX1(5629),RAB3GAP2(25782),GNPAT(8443),PXDN(7837),PEX13(5194),RAB3GAP1(22930),LCT(3938),FIGN(55137),LRP2(4036),AGPS(8540),CRYGD(1421),CRYGC(142本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于检测先天性白内障相关基因的探针组，其特征在于，包含能特异性识别人类先天性白内障相关基因外显子非重复区域的多个DNA序列；所述的先天性白内障相关基因如下所示：PEX10,PEX14,EPHA2,HSPG2,POMGNT1,FOXE3,RPE65,CRYZ,DNASE2B,ABCD3,COL11A1,GJA8,ADAMTSL4,GPR161,PROX1,RAB3GAP2,GNPAT,PXDN,PEX13,RAB3GAP1,LCT,FIGN,LRP2,AGPS,CRYGD,CRYGC,CRYGB,CRYGA,CYP27A1,CRYBA2,KCNJ13,FYCO1,COL7A1,LAMB2,FLNB,GPX1,PVRL3,CPOX,CASR,CNBP,BFSP2,SOX2,CRYGS,WFS1,HMX1,CC2D2A,SRD5A3,CLOCK,AFF1,ANK2,ETFDH,CTNND2,ERCC8,VCAN,EFNA5,TGFBI,SIL1,SPARC,TFAP2A,GCNT2,GCM2,NEU1,PEX6,LGSN,LCA5,GJA1,PEX7,IFNGR1,PEX3,EZR,FAM126A,GTF2IRD1,HIP1,NRCAM,AGK,FDFT1,BIN3,DOCK5,ESCO2,WRN,ADAM9,EYA1,CNGB3,NBN,RECQL4,VLDLR,CDKN2A,GALT,ALDH1A1,PTCH1,TDRD7,LMX1B,POMT1,VIM,ITGB1,ERCC6,ATOH7,PCBD1,PTEN,SLC16A12,ALDH18A1,PITX3,OAT,HRAS,USH1C,LGR4,PAX6,CAT,PEX16,DHCR7,BEST1,LRP5,MYO7A,FZD4,MMP1,ATM,CRYAB,APOA1,JAM3,PEX5,COL2A1,MIP,MVK,GJA3,GJB6,B3GALTL,SLC25A15,ITM2B,COL4A1,SEC23A,OTX2,SIX6,VSX2,TGFB3,POMT2,DICER1,BUB1B,SORD,FBN1,NR2E3,LOXL1,MIR184,POLG,GFER,TMEM114,NOD2,HSF4,ADAMTS18,MAF,YWHAE+,GUCY2D,CRYBA1,UNC45B,PEX12,WNT3,NOG,GALK1,PYCR1,EPG5,CTDP1,ADAMTS10,SMARCA4,MAN2B1,SIPA1L3,OPA3,SIX5,DMPK,FKRP,FTL,LIM2,TBC1D20,BFSP1,PHARC,CHMP4B,NCOA6,SALL4,GNAS,CRYAA,COL18A1,LSS,PEX26,CRYBB3,CRYBB2,CRYBB1,CRYBA4,NF2,LARGE,ARSE,HCCS,NHS,BCOR,NDP,RP2,PORCN,PQBP1,EBP,GLA,COL4A6,COL4A5,LAMP2,OCRL,ABCD1+,IKBKG,AKR1E2,CYP51A1,FOXC1,MFSD6L,MYH9,PEX1,PEX2,PEX19,PITX2,RAB18,RNLS,SOX2,TMEM70,TMEM114,CBS,ERCC2,ERCC3,FKTN,FOXD3,PEX5L,PEX11β,SLC2A1。...

【技术特征摘要】
1.一种用于检测先天性白内障相关基因的探针组，其特征在于，包含能特异性识别人类先天性白内障相关基因外显子非重复区域的多个DNA序列；所述的先天性白内障相关基因如下所示：PEX10,PEX14,EPHA2,HSPG2,POMGNT1,FOXE3,RPE65,CRYZ,DNASE2B,ABCD3,COL11A1,GJA8,ADAMTSL4,GPR161,PROX1,RAB3GAP2,GNPAT,PXDN,PEX13,RAB3GAP1,LCT,FIGN,LRP2,AGPS,CRYGD,CRYGC,CRYGB,CRYGA,CYP27A1,CRYBA2,KCNJ13,FYCO1,COL7A1,LAMB2,FLNB,GPX1,PVRL3,CPOX,CASR,CNBP,BFSP2,SOX2,CRYGS,WFS1,HMX1,CC2D2A,SRD5A3,CLOCK,AFF1,ANK2,ETFDH,CTNND2,ERCC8,VCAN,EFNA5,TGFBI,SIL1,SPARC,TFAP2A,GCNT2,GCM2,NEU1,PEX6,LGSN,LCA5,GJA1,PEX7,IFNGR1,PEX3,EZR,FAM126A,GTF2IRD1,HIP1,NRCAM,AGK,FDFT1,BIN3,DOCK5,ESCO2,WRN,ADAM9,EYA1,CNGB3,NBN,RECQL4,VLDLR,CDKN2A,GALT,ALDH1A1,PTCH1,TDRD7,LMX1B,POMT1,VIM,ITGB1,ERCC6,ATOH7,PCBD1,PTEN,SLC16A12,ALDH18A1,PITX3,OAT,HRAS,USH1C,LGR4,PAX6,CAT,PEX16,DHCR7,BEST1,LRP5,MYO7A,FZD4,MMP1,ATM,CRYAB,APOA1,JAM3,PEX5,COL2A1,MIP,MVK,GJA3,GJB6,B3GALTL,SLC25A1...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘奕志，林浩添，吴晓航，陈伟蓉，
申请(专利权)人：中山大学中山眼科中心，
类型：发明
国别省市：广东,44