用于籼稻地方品种遗传完整性分析的引物组合及其应用制造技术

本发明专利技术涉及遗传完整性分析引物，具体公开了用于籼稻地方品种遗传完整性分析的SSR分子标记核心引物及其应用。本发明专利技术以云南地方稻种为材料，通过大量实验研究，筛选出了一批可用于籼稻地方品种遗传完整性分析的SSR核心引物，建立了用于籼稻地方品种遗传完整性分析的引物组合，并基于此，建立了分析方法。本发明专利技术提供的分析方法适用于籼稻地方品种种质遗传完整性的分析。所筛选的引物组合和最少150个单株的群体量，为准确分析籼稻地方品种种质保存和繁殖更新过程中遗传完整性检测提供了标准方法。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及遗传完整性分析引物，具体地说，涉及用于籼稻地方品种遗传完整性分析的SSR分子标记核心引物。
技术介绍
种质是指亲代通过生殖细胞或体细胞传递给子代的遗传物质。种质库保存的种质材料一般可分为两类：遗传上同质种质(geneticallyhomogeneousaccessions)，指在一份种质内，其个体之间基本上具有相同的遗传结构，如自花授粉作物育成品种、异花授粉作物自交系等；遗传上异质种质(geneticallyheterogeneousaccession)，指在一份种质内，其个体之间不具有相同的遗传结构，如野生种、原始地方品种、异花授粉的栽培品种等。遗传完整性是指群体的遗传结构得到完全的保持，包括基因型频率分布及等位基因频率分布和其原始群体一样，保持不变。维持种质的遗传完整性就是在繁殖过程中要有最大的遗传相似性，在保存过程中表现最低程度的遗传变异。水稻地方品种蕴藏着丰富的抗逆、抗病虫等优异基因，在水稻育种中具有重要的作用。云南是公认的亚洲栽培稻的遗传多样性中心，部分云南地方品种稻种资源已经在育种和生产中得到应用，并取得一定成效。准确评价地方品种稻种资源的遗传多样性和完整性，对于其在育种、生产中的应用具有重要的作用。传统方法是采用表型多样性鉴定法，即通过调查多项农艺性状，反映种质的遗传多样性和完整性。但是该方法容易受气候、人为等因素影响。近年来分子标记技术在种质遗传多样性和完整性研究中得到越来越广泛的应用。分子标记技术中有多项技术参数会影响评价结果的可靠性和准确性。以SSR分子标记为例，其关键的技术瓶颈包括引物的筛选、群体量的大小等。因此，亟需获得可用于籼稻地方品种遗传完整性分析的SSR核心引物，并建立籼稻地方品种遗传完整性分析方法。
技术实现思路
为了解决现有技术中存在的问题，本专利技术的目的是提供一种用于籼稻地方品种遗传完整性分析的引物组合及其应用。为了实现本专利技术目的，本专利技术的技术方案如下：本专利技术提供一套用于籼稻地方品种遗传完整性分析的SSR核心引物组合与方法，所述方法是基于SSR分子标记原理，采用经过前期大量筛选工作所获得的16对多态性核心引物，对150～200个单株的籼稻地方品种基因组DNA进行扩增，利用生物分析软件统计分析群体的遗传多样性指数，反映群体的遗传完整性保持情况。第一方面，本专利技术提供用于籼稻地方品种遗传完整性分析的引物组合，其由如下16个引物对组成：SSR01：正向引物如SEQIDNO.1所示；反向引物如SEQIDNO.2所示；SSR02：正向引物如SEQIDNO.3所示；反向引物SEQIDNO.4所示；SSR03：正向引物如SEQIDNO.5所示；反向引物如SEQIDNO.6所示；SSR04：正向引物如SEQIDNO.7所示；反向引物如SEQIDNO.8所示；SSR05：正向引物如SEQIDNO.9所示；反向引物如SEQIDNO.10所示；SSR06：正向引物如SEQIDNO.11所示；反向引物如SEQIDNO.12所示；SSR07：正向引物如SEQIDNO.13所示；反向引物如SEQIDNO.14所示；SSR08：正向引物如SEQIDNO.15所示；反向引物如SEQIDNO.16所示；SSR09：正向引物如SEQIDNO.17所示；反向引物如SEQIDNO.18所示；SSR10：正向引物如SEQIDNO.19所示；反向引物如SEQIDNO.20所示；SSR11：正向引物如SEQIDNO.21所示；反向引物如SEQIDNO.22所示；SSR12：正向引物如SEQIDNO.23所示；反向引物如SEQIDNO.24所示；SSR13：正向引物如SEQIDNO.25所示；反向引物如SEQIDNO.26所示；SSR14：正向引物如SEQIDNO.27所示；反向引物如SEQIDNO.28所示；SSR15：正向引物如SEQIDNO.29所示；反向引物如SEQIDNO.30所示；SSR16：正向引物如SEQIDNO.31所示；反向引物如SEQIDNO.32所示。上述16对核心引物是从550对SSR引物中，经筛选获得。引物筛选方法为，以200个单株的籼稻地方品种“香谷”DNA为模板，分别用550对SSR引物进行扩增，扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳、凝胶银染、统计扩增结果。针对每对引物在200个单株中的扩增结果，剔除不具备多态性的引物，保留具有多态性的引物，最终筛选获得16对多态性核心引物。筛选得到的引物相对未被选择引物，在体现种质的遗传多样性方面具有明显优势。第二方面，在上述引物组合存在的前提下，任何含有该引物组合的产品均在本专利技术的保护范围内，例如含有上述引物组合的试剂或试剂盒。原因在于，其在应用时利用的是本专利技术所述引物组合的特殊性，且得到的结果取决于本专利技术所述引物组合的特殊性。第三方面，本专利技术提供前述引物组合在分析籼稻地方品种遗传完整性方面的应用。由于前述引物组合能够针对籼稻地方品种的遗传多样性进行鉴定，所得结果可用于判断种质遗传完整性的保持情况。因此，本专利技术提供前述引物组合可用于籼稻地方品种遗传完整性分析。第四方面，本专利技术提供一种分析籼稻地方品种遗传完整性的方法，以待分析样本的基因组DNA为模板，利用前述引物组合进行PCR扩增，经聚丙烯酰胺凝胶电泳分离扩增产物，利用生物学软件对电泳结果进行遗传结构分析。进一步地，所述待分析样本的样本量(群体量)为150～200。原因在于，经实验统计发现，群体量越小，特异性单株平均频率越低，其标准偏差和变异系数很大，表明采用过小的群体量，取样误差十分明显。群体量增加至150单株时，特异单株频率逐步稳定趋近10％，变异系数控制在15％以内，基本可以代表200单株的多样性。因此在进行籼稻地方品种遗传完整性分析时，需要保证150株以上的群体量。作为优选，所述基因组DNA提取自籼稻叶片，因幼嫩叶片中次生代谢物质含量低，易于获得高质量DNA，优选幼嫩叶片。优选地，所述种子来自云南籼稻地方品种。作为优选，为了更好的观察扩增结果，可采用6％聚丙烯酰氨凝胶电泳分离扩增产物，电泳结束后采用银染法染色。更进一步地，所述PCR扩增的反应体系为：10×PCR缓冲液(含Mg2+)2.0μL，2.5mmol/LdNTP1.5μL，5U/μLTaq0.5μL，本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于籼稻地方品种遗传完整性分析的引物组合，其特征在于，其由如下16个引物对组成：SSR01：正向引物如SEQ ID NO.1所示；反向引物如SEQ ID NO.2所示；SSR02：正向引物如SEQ ID NO.3所示；反向引物SEQ ID NO.4所示；SSR03：正向引物如SEQ ID NO.5所示；反向引物如SEQ ID NO.6所示；SSR04：正向引物如SEQ ID NO.7所示；反向引物如SEQ ID NO.8所示；SSR05：正向引物如SEQ ID NO.9所示；反向引物如SEQ ID NO.10所示；SSR06：正向引物如SEQ ID NO.11所示；反向引物如SEQ ID NO.12所示；SSR07：正向引物如SEQ ID NO.13所示；反向引物如SEQ ID NO.14所示；SSR08：正向引物如SEQ ID NO.15所示；反向引物如SEQ ID NO.16所示；SSR09：正向引物如SEQ ID NO.17所示；反向引物如SEQ ID NO.18所示；SSR10：正向引物如SEQ ID NO.19所示；反向引物如SEQ ID NO.20所示；SSR11：正向引物如SEQ ID NO.21所示；反向引物如SEQ ID NO.22所示；SSR12：正向引物如SEQ ID NO.23所示；反向引物如SEQ ID NO.24所示；SSR13：正向引物如SEQ ID NO.25所示；反向引物如SEQ ID NO.26所示；SSR14：正向引物如SEQ ID NO.27所示；反向引物如SEQ ID NO.28所示；SSR15：正向引物如SEQ ID NO.29所示；反向引物如SEQ ID NO.30所示；SSR16：正向引物如SEQ ID NO.31所示；反向引物如SEQ ID NO.32所示。...

【技术特征摘要】
1.用于籼稻地方品种遗传完整性分析的引物组合，其特征在
于，其由如下16个引物对组成：
SSR01：正向引物如SEQIDNO.1所示；反向引物如SEQIDNO.2
所示；
SSR02：正向引物如SEQIDNO.3所示；反向引物SEQIDNO.4
所示；
SSR03：正向引物如SEQIDNO.5所示；反向引物如SEQIDNO.6
所示；
SSR04：正向引物如SEQIDNO.7所示；反向引物如SEQIDNO.8
所示；
SSR05：正向引物如SEQIDNO.9所示；反向引物如SEQIDNO.10
所示；
SSR06：正向引物如SEQIDNO.11所示；反向引物如SEQID
NO.12所示；
SSR07：正向引物如SEQIDNO.13所示；反向引物如SEQID
NO.14所示；
SSR08：正向引物如SEQIDNO.15所示；反向引物如SEQID
NO.16所示；
SSR09：正向引物如SEQIDNO.17所示；反向引物如SEQID
NO.18所示；
SSR10：正向引物如SEQIDNO.19所示；反向引物如SEQID
NO.20所示；
SSR11：正向引物如SEQIDNO.21所示；反向引物如SEQID
NO.22所示；
SSR12：正向引物如SEQIDNO.23所示；反向引物如SEQID
NO.24所示；
SSR13：正向引物如SEQIDNO.25所示；反向引物如SEQID
NO.26所示；
SSR14：正向引物如SEQIDNO.27所示；反向引物如SEQID
NO.28所示；
SSR15：正向引物如SEQIDNO.29所示；反向引物如SEQID
NO.30所示；
SSR16：正向引物如SEQIDNO.31所示；反向引物如SEQID
NO.32所示。

【专利技术属性】
技术研发人员：辛霞，吴锦文，尹广鹍，余丽琴，张金梅，黎毛毛，陈晓玲，熊玉珍，卢新雄，李慧，
申请(专利权)人：中国农业科学院作物科学研究所，江西省农业科学院水稻研究所，
类型：发明
国别省市：北京;11