附接有识别化合物的整料、该些整料的阵列及用途制造技术

本文提供了整料，其附接了选择性地和配体结合的识别化合物；并提供了制备这样的整料的方法、这样的整料的阵列及用途。例如，本文提供的整料可用被于整料的柱和阵列中。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】根据35U.S.C.§119(e)，本申请从美国临时申请61/932,747号和62/006,845号(其申请日分别为2014年1月28日和2014年6月2日)要求优先权，并在此将该两申请的全部内容通过引用纳入本申请中。
本文提供了整料，其附接有识别化合物，该些识别化合物选择性地和配体(ligands)结合；并提供了制备这样的整料的方法、这样的整料的阵列以及这样的整料的用途。例如，本文提供的整料可被用于整料的柱和阵列中。
技术介绍
交联聚合物支撑体于催化、分离和固相合成方面是有用的。最初是以均质的多孔颗粒的形式提供交联聚合物支撑体，这样的多孔颗粒一般用于连续流动的工序，包括但不限于层析。但是使用颗粒状吸附剂具有多个重要问题：对流中的流体和与实心的支撑体结合之间的交换缓慢，导致解析度欠佳；装并的颗粒之间中空的容积庞大；回压高，动态结合能力低(特别是对于高分子)。以上限制限制了均质的多孔颗粒的用途至只是作为官能化支撑体，其附接有能与各种配体结合的识别分子。在较近期，多孔整料性物料被开发了(Arrua等著的Materials(2009)22429-2466、J.ofChromatographyLibrary第67卷中Svec等著的MonolithMaterials、Svec等编辑、Wu等著的J.ChromatographyA(2008)369-392)。这些异质的、大孔的聚合物具有刚性的多孔结构，其于制备期间形成并一般在任何溶剂中或于干燥状态中皆维持，并为整料赋予海棉般的特质。重要的是，大的中空容积(即高渗透性)、高分子交换速率低(即其物质转移速度缓慢)、解析度低和回压高这些问题在这些整料物料中被解决了，在这些整料物料中流体是穿过整料的孔隙流动的。现在，整料主要用于层析式分离，对于备制以附接有用于与配体结合的识别分子(尤其是DNA)而官能化的整料，以及将其例如用于阵列中，这些应用相对地不受注重。因此，现在需要的是附接有识别化合物的整料，以及这样的整料的阵列。这些整料和其阵列将具多方面的用处，包括但不限于与配体结合。
技术实现思路
本专利技术提供整料，其以识别化合物官能化；以及这样的整料的阵列及这样的整料的用途。在壹方面，提供了附接有识别化合物的整料。该些识别化合物选择性地和配体结合。在某些实施例中，该些识别化合物是寡核苷酸、单链RNA、单链DNA、DNA结合蛋白、RNA结合蛋白、肽核酸、肽、缩酚酸肽、多肽、抗体、拟肽、聚合物、聚硅氧烷、分子量大于50道尔顿的无机化合物、分子量处于约3000道尔顿和约50道尔顿之间的有机化合物，或以上的组合。在另一些实施例中，配体是寡核苷酸、单链RNA、单链DNA、DNA结合蛋白、RNA结合蛋白、肽核酸、肽、缩肽、多肽、抗体、拟肽、聚合物、聚硅氧烷、分子量大于50道尔顿的无机化合物、分子量处于约3000道尔顿和约50道尔顿之间的有机化合物，或以上的组合。在某些实施例中，提供了壳体，其包括整料，整料涵盖附接至其上的、选择性地和配体结合的识别化合物。在另一些实施例中，该壳体选择性地与化合物文库的成员结合，该些化合物文库可通过噬菌体展示，RNA展示或核酸可编程组合化学提供。在某些实施例中，提供了阵列。该阵列涵盖两个或更多个壳体，其各包括整料，整料包括附接至其上的、选择性地和配体结合的识别化合物。在另一些实施例中，该阵列包括块件，块件涵盖两个或更多个井，井包含壳体。壳体包括整料，整料涵盖附接至其上的、选择性地和配体结合的识别化合物。在又另一方面，提供了整料媒体。该整料性媒体包括凝集的颗粒，其具有附接至其上的、选择性地和配体结合的识别化合物。在又另一方面，提供了阵列，阵列包括两个或更多个离子交换壳体。该些离子交换壳体包括具可离子化的团的整料。在某些实施例中，该阵列包括过滤板或任何其它类型的微孔板或装置，其允许移动的相态穿过它而流动；以及块件，其涵盖两个或更多个井，井包含离子交换物料。该离子交换物料涵盖整料，整料包括可离子化的团。在再另一方面，提供了备制化合物的核酸编程文库的方法。方法涵盖的步骤包括以阵列接触多种核酸分子的混合物，阵列包括块件，块件具有两个或更多个可被寻址的井。每个井包括整料，整料具有壹种或更多种附接至其上的识别化合物，其选择性地与单链核酸结合，从而将该些核酸分子分成亚群。可选地可将核酸分子的亚群从该些识别化合物分离，例如通过采用提升的温度、离子强度的改变或pH值的改变分离，而分离的核酸分子被转移至分开的容器中。随后将被分开了的核酸分子亚群与不同的化学亚基进行反应，其中该些核酸分子包括至少壹个结合序列和壹个化学反应位点。当可选地将该些核酸分子亚群转移了至分开的容器时，该些井(其包括整料，整料具有附接至其上的、选择性地与核酸结合的识别化合物)与该些分开的容器以可被寻址的形式被排列。在又另一方面，提供了备制化合物的核酸编程文库的方法。该方法涵盖的步骤包括以阵列接触多种核酸分子的混合物，阵列包括块件，块件具有两个或更多个可被寻址的井。每个井包括整料，整料具有壹个或更多个附接至其上的识别化合物，其选择性地与单链核酸结合，从而将核酸分子分成亚群。该些核酸分子亚群被转移至第二个阵列，第二个阵列包括滤板或任何其它类型的微孔板或装置，允许在移动的相态穿过它而流动；以及块件，其包含两个或更多个可被寻址的井。可将该些核酸分子的亚群从该些识别化合物分离，例如通过采用提升的温度、离子强度的改变或pH值的改变分离。该第二阵列的井包括阴离子交换物料，其非特定地将该些核酸分子亚群固定。将该些被固定了的核酸分子亚群与不同的化学亚基进行反应。将该些井(其包括整料，整料具壹个或多个附接至其上的、选择性地与核酸结合的识别化合物)以可被寻址的形式与该些包括阴离子交换物料的井排列。该些核酸分子包括至少壹个结合序列和壹个化学反应位点。在某些实施例中，该阴离子交换物料包括具阴离子交换基团的整料。在又另一方面，提供了一装置。该装置涵盖两个阵列，其包括分开的块件。第一阵列的块件涵盖两个或更多个可被寻址的井，井包括整料，整料具有与其附接的、选择性地和配体结合的识别化合物。第二阵列的块件包括过滤板或任何其它类型的微孔板或装置，其允许在移动的相态穿过它而流动；以及两个或更多个可被寻址的井，其包括离子交换物料。将该些井(其包括整料，整料具与其附接的、选择性地和配体结合的识别化合物)与该些包括离子交换物料的井排列。在某些实施例中，该离子交换物料包括具离子交换基团的整料。附图说明图1示出示例性的、DNA主导的将一片段文库分裂的情况。在这例子中，简并的核酸标签家族是由成链的20个碱基对核苷酸序列构成的，其可为恒定的(C1-C5)或可变的(a1-j4)。DNA片段的可变区中的字母a1至j4标示独特的具20个核苷酸的序列，其具有正交(orthogonal)的杂交属性。要执行第一次分裂，将简并的片段家族掠过一组十个不同的亲和树脂，其示出的序列为a1c-j1c，其为与第一可变区域中的序列a1-j1相应的(该圆圈代表了一示例性的亲和树脂)。这产生原本的片段家族的十个子集。随后将每个核酸标签子集与独特的化学单体进行反应，以允许该独特的化学单体耦合至每个核酸标签的化学反应位点。然后将该些子集重新集合，然后基于a2-j2这序列将该文库分裂成本文档来自技高网...

【技术保护点】
柱，其包含整料，整料包括附接于其上的寡核苷酸，其选择性地与操作地键合至化学反应位点或配体的互补的寡核苷酸结合。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.01.28 US 61/932,747;2014.06.02 US 62/006,8451.柱，其包含整料，整料包括附接于其上的寡核苷酸，其选择性地与操作地键合至化学反应位点或配体的互补的寡核苷酸结合。2.如权利要求1所述的柱，其中该些寡核苷酸包含约10个至约50个之间的核酸亚基。3.如权利要求1所述的柱，其中结合到互补的寡核苷酸的速率常数为约1x102M-1s-1和约1x106M-1s-1之间。4.如权利要求1所述的柱，其中该互补的寡核苷酸是操作地键合至包括化学反应位点的配体，其中该配体是肽、拟肽、分子量小于2000道尔顿的有机化合物。5.如权利要求1所述的柱，其中该整料的可渗透性为约8.9x102达西和约8.9x104达西之间。6.如权利要求1所述的柱，其中该柱预备性地与该互补的寡核苷酸结合。7.如权利要求1所述的柱，其中该柱结合约0.5fmol/μl至约0.4nmol/μl之间的该互补的寡核苷酸。8.阵列，其包含两个或更多个如权利要求1所述的柱，其中每条柱附接的寡核苷酸选择性地和操作地键合至化学反应位点或配体的互补的寡核苷酸结合，其中该互补的寡核苷酸是某混合物中的组分。9.如权利要求8所述的阵列，其中该混合物包括操作地键合至不同的化学反应位点或配体的不同的寡核苷酸。10.如权利要求8所述的阵列，其包含块件，块件包括两个或更多个井，其中每个井包括不同的柱。11.如权利要求8所述的阵列，其中该些柱是附接至井的表面。12.如权利要求8所述的阵列，其中是通过形成酰胺、酯、脲、氨基甲酸乙酯、碳-硅、碳-氮、碳-碳、醚、硫醚、或二硫键或通过环化加成，将该些柱共价地附接至该些井的表面。13.如权利要求8所述的阵列，其中该块件包含钛、铝、不锈钢、被掺杂的金属、玻璃、石英、聚碳酸酯、熔融二氧化硅、聚...

【专利技术属性】
技术研发人员：P·哈布雷，M·佩邓加特，R·普林斯，
申请(专利权)人：帝测分子SV有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US