与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记及其应用，涉及与落叶松木质素含量相关的SNP标记及其应用。本发明专利技术提供长白落叶松C3H基因的SNP标记，为建立长白落叶松分子辅助育种技术提供了重要分子标记。该SNP标记位于长白落叶松C3H基因克隆片段如SEQ ID NO：1所示序列的233bp处或256bp处。本发明专利技术的SNP标记在鉴定长白落叶松低木质素优势品种中的应用。本发明专利技术提供的分子遗传标记不受长白落叶松的树龄等限制，可大大加快长白落叶松的育种进程。检测方法准确、简便易操作。本发明专利技术用于长白落叶松育种领域。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及与落叶松木质素含量相关的SNP标记及其应用。
技术介绍
长白落叶松是我国林区主要的速生造林树种之一，树干端直、材质坚韧、耐腐蚀，具有生长快，材质好、适应性强、分布广等特性，被广泛的应用于建筑、桥梁和木纤维工业原料等多个方面，具有重要的生态与经济价值。在优良品种的定向培育中，与造纸有关的材性性状，如纤维素含量、木质素含量等是仅次于生长指标的主要考虑因素，高纤维素、低木质素的木材原料可以在很大程度上降低制成纸浆的成本与消耗。通过分子技术达到调节植物次生代谢过程，提高植物纤维素含量降低植物木质素含量，成为了目前解决这一难题的重要途径。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记及其应用。本专利技术与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记位于长白落叶松C3H基因克隆片段如SEQ ID NO：1所示序列的233bp处，此处碱基为T的长白落叶松的木质素含量显著低于此处为C的长白落叶松。本专利技术还提供用于检测上述与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记的引物，包括正向引物5’-CCTACATTACGCATTACAT-3’和反向引物5’-AGCCACCTATCTTGACATTC-3’。本专利技术另一个与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记位于长白落叶松C3H基因克隆片段如SEQ ID NO：1所示序列的256bp处，此处碱基为C的长白落叶松的木质素含量显著低于此处为T的长白落叶松。本专利技术还提供用于检测上述与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记的引物，包括正向引物5’-CCTACATTACGCATTACAT-3’和反向引物5’-AGCCACCTATCTTGACATTC-3’。本专利技术还提供上述与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记在鉴定长白落叶松低木质素优势品种中的应用，其包括以下步骤：一、以长白落叶松针叶为材料，提取其基因组DNA；二、以提取的基因组DNA为模板，以引物F和R，PCR反应扩增出长白落叶松C3H基因片段；所述引物F为5’-CCTACATTACGCATTACAT-3’和反向引物5’-AGCCACCTATCTTGACATTC-3’；三、检测PCR扩增产物，如果扩增产物序列中233bp处的碱基为T或者扩增产物序列中256bp处的碱基为C，则待测长白落叶松属于木质素含量低的优势品种。本专利技术的有益效果：本专利技术主要筛选对长白落叶松C3H基因中与木质素含量显著相关的SNP位点，利用SNP辅助育种早期选择策略选取木质素含量低的优质变异单株，为长白落叶松高效育种提供更多的功能标记。1、本专利技术提供的分子遗传标记不受长白落叶松的树龄等限制，可大大加快长白落叶松的育种进程。2、本专利技术的检测方法准确。3、本专利技术的检测方法简便易操作。具体实施方式本专利技术技术方案不局限于以下所列举具体实施方式，还包括各具体实施方式间的任意组合。具体实施方式一：本实施方式与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记位于长白落叶松C3H基因克隆片段如SEQ ID NO：1所示序列的233bp处，此处碱基为T的长白落叶松的木质素含量显著低于此处为C的长白落叶松。本实施方式开发了长白落叶松C3H基因的SNP标记，为建立长白落叶松分子辅助育种技术提供了重要分子标记，并探索出低木质素含量的优良单株基因型。本实施方式筛选出与木质素含量显著相关的功能基因标记位点，以此来选育优良针叶纸浆用材树新品系，为在长白落叶松中进行木材纤维品质基因辅助育种以及工业用材林的培育奠定良好的技术和材料基础，同时为根据木质素合成酶的关键SNP位点对长白落叶松苗木的早期选择提供标准和理论依据。本实施方式对长白落叶松C3H基因的SNP位点的筛选和SNP位点与木质素关联分析按以下步骤进行：一、试验材料取自于东北林业大学帽儿山试验林场长白落叶松第二种源试验林，于2013年6月采集当年生嫩叶，立即置于液氮中，-80℃冰箱保存。二、对长白落叶松240株单株利用滤袋技术对木质素(lignin)进行测定，纤维素分析仪为ANKOM A2000i型。三、利用改进的CTAB法进行长白落叶松DNA的提取。根据NCBI上检索到的长白落叶松C3H基因，利用Primer5.0软件设计引物，以实验采集的240个长白落叶松个体的DNA为模板扩增基因片段克隆测序。四、将测序结果和测序峰值图利用序列分析软件比对检测SNP位点，频率超过10％确定为常见SNP，确定SNP在基因序列中的位置，是否引起氨基酸的非同义突变，进而影响蛋白质序列的改变。五、根据筛选出的SNP位点，利用SPSS13.0软件进行单因素方差分析(ANOVA)找到与木质素含量显著关联的SNP标记，筛选低木质素含量的基因型的长白落叶松优良单株。具体实施方式二：本实施方式与具体实施方式一不同的是：用于检测与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记的引物，包括正向引物5’-CCTACATTACGCATTACAT-3’和反向引物5’-AGCCACCTATCTTGACATTC-3’。其它与具体实施方式一相同。具体实施方式三：本实施方式与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记位于长白落叶松C3H基因克隆片段如SEQ ID NO：1所示序列的256bp处，此处碱基为C的长白落叶松的木质素含量显著低于此处为T的长白落叶松。本实施方式筛选出与木质素含量显著相关的功能基因标记位点，以此来选育优良针叶纸浆用材树新品系，为在长白落叶松中进行木材纤维品质基因辅助育种以及工业用材林的培育奠定良好的技术和材料基础，同时为根据木质素合成酶的关键SNP位点对长白落叶松苗木的早期选择提供标准和理论依据。具体实施方式四：本实施方式与具体实施方式三不同的是：用于检测与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记的引物，包括正向引物5’-CCTACATTACGCATTACAT-3’和反向引物5’-AGCCACCTATCTTGACATTC-3’。其它与具体实施方式三相同。具体实施方式五：本实施方式与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记在鉴定长白落叶松低木质素优势品种中的应用，包括以下步骤：一、以长白落叶松针叶为材料，提取其基因组DNA；二、以长白落叶松叶片组织基因组DNA为模板，以引物F和R，PCR反应扩增出长白落叶松C3H基因片段；所述引物F为5’-CCTACATTACGCATTACAT-3’和反向引物5’-AGCCACCTATCTTGACATTC-3’。三、检测PCR扩增产物，如果扩增产物序列中233bp处的碱基为T或者扩增产物序列中256bp处的碱基为C，则待测长白落叶属于木质素含量低的优势品种。具体实施方式六：本实施方式与具体实施方式五不同的是：步骤二中PCR反应体系为50μl，具体如下：。其它与具体实施方式五相同。具体实施方式七：本实施方式与具体实施方式五不同的是：步骤二中PCR反应程序为：。其它与具体实施方式五相同。为验证本专利技术的有益效果，进行以下实验：1、植物材料本试验材料取自于东北林业大学帽儿山试验林场长白落叶松第二种源试验林，采用完全随机区组设计，重复五次。1980年于和龙、露水河、小北湖等10个地点(种源)采种，第二年育苗，第三年进行造林，小区内每个种源60株，双行排列，共计3000株。1995年进行隔行去行间伐，2001年进行隔一株去2株间伐。现从五个区组中选取Ⅰ、II本文档来自技高网...
【技术保护点】
与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记，其特征在于该SNP标记位于长白落叶松C3H基因克隆片段如SEQ ID NO：1所示序列的233bp处，此处碱基为T的长白落叶松的木质素含量显著低于此处为C的长白落叶松。
【技术特征摘要】
1.与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记，其特征在于该SNP标记位于长白落叶松C3H基因克隆片段如SEQ ID NO：1所示序列的233bp处，此处碱基为T的长白落叶松的木质素含量显著低于此处为C的长白落叶松。2.用于检测权利要求1所述的与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记引物，其特征在于包括正向引物5’-CCTACATTACGCATTACAT-3’和反向引物5’-AGCCACCTATCTTGACATTC-3’。3.与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记，其特征在于该SNP标记位于长白落叶松C3H基因克隆片段如SEQ ID NO：1所示序列的256bp处，此处碱基为C的长白落叶松的木质素含量显著低于此处为T的长白落叶松。4.用于检测权利要求3所述的与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记引物，其特征在于包括正向引物5’-CCTACATTACGCATTACAT-3’和反向引物5’-AGCCACCTATCTTGACATTC-3’。5.权利要求1所述与长白落叶松木质素含量相关的SNP标记在鉴定长白落叶松低木质素优势品种中的应用，其特征在于包括以下步骤：一、以长白落叶松针叶为材料，提取其基因组DNA；二、以提取的基因组DNA为模板，以引物F和R，PCR反应扩增出长白落叶松C3H基因片段；所述引物F为5’-CCTACATTACGCATTACAT-3’和反向引物5’-AGCCACCTATCTTGACA...
【专利技术属性】
技术研发人员：张含国，张磊，赵佳丽，
申请(专利权)人：东北林业大学，
类型：发明
国别省市：黑龙江;23
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