本发明专利技术涉及遗传完整性分析引物，具体公开了用于普通野生稻遗传完整性分析的SSR分子标记核心引物及其应用。本发明专利技术以江西普通野生稻为材料，通过大量实验研究，筛选出了一批可用于普通野生稻遗传完整性分析的SSR核心引物，建立了用于普通野生稻遗传完整性分析的引物组合，并基于此，建立了分析方法。本发明专利技术提供的分析方法适用于普通野生稻种质遗传完整性的分析。所筛选的引物组合和最少90个单株的群体量，为准确分析普通野生稻种质保存和繁殖更新过程中遗传完整性检测提供了标准方法。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术设及遗传完整性分析引物，具体地说，设及用于普通野生稻遗传完整性分 析的SSR分子标记核屯、引物。
技术介绍
普通野生稻是栽培稻的近缘祖先种，蕴藏着大量优良基因资源，其亲和性好，杂交 结实率高，是栽培稻育种的珍贵基因资源。普通野生稻是我国野生稻中分布最广的一个种， 然而，近几十年来，由于环境破坏等原因，其分布面积极大退化。普通野生稻种质资源保护 的主要方式包括：原生境保护、种质圃保护和种质库保存种子。其保护保存的目标十分明 确:保持其遗传完整性和多样性。 种质遗传完整性是指种质原始遗传组成状态。种质资源保护和保存需要保证在保 存和繁殖更新过程中群体的遗传结构得到完全的保持，包括基因型频率及等位基因频率等 与原始群体保持一致。因此准确评价种质的遗传完整性具有重要的理论和实践意义。 因此，亟需获得可用于普通野生稻遗传完整性分析的SSR核屯、引物，并建立普通野 生稻遗传完整性分析方法。
技术实现思路
为了解决现有技术中存在的问题，本专利技术的目的是提供一种用于普通野生稻遗传 完整性分析的引物组合及其应用。 为了实现本专利技术目的，本专利技术的技术方案如下： 本专利技术提供一套用于普通野生稻遗传完整性分析的SSR核屯、引物组合与方法，所 述方法是基于SSR分子标记原理，采用经过前期大量筛选工作所获得的25对多态性核屯、引 物，对90~160个单株的普通野生稻基因组DNA进行扩增，利用生物分析软件统计分析群体 的遗传多样性指数，反映群体的遗传完整性保持情况。[000引第一方面，本专利技术提供用于普通野生稻遗传完整性分析的引物组合，其由如下25 个引物对组成： SSR01:正向引物如沈Q ID NO. 1所示;反向引物如沈Q ID NO.2所示； 55302:正向引物如沈9 10^.3所示;反向引物沈9 10^.4所示； SSR03:正向引物如沈Q ID NO.5所示;反向引物如沈Q ID NO.6所示； SSR04:正向引物如沈Q ID NO.7所示;反向引物如沈Q ID NO.8所示； SSR05:正向引物如沈Q ID NO.9所示;反向引物如沈Q ID NO. 10所示； SSR06:正向引物如沈Q ID NO. 11所示;反向引物如沈Q ID NO. 12所示； SSR07:正向引物如沈Q ID NO.13所示;反向引物如沈Q ID NO.14所示； SSR08:正向引物如沈Q ID NO. 15所示;反向引物如沈Q ID NO. 16所示； SSR09:正向引物如沈Q ID NO. 17所示;反向引物如沈Q ID NO. 18所示；[001引 SSR10:正向引物如沈Q ID NO. 19所示;反向引物如沈Q ID NO.20所示； SSRll:正向引物如沈Q ID NO.21所示;反向引物如沈Q ID NO.22所示； SSR12:正向引物如沈Q ID NO.23所示;反向引物如沈Q ID NO.24所示； SSR13:正向引物如沈Q ID NO.25所示;反向引物如沈Q ID NO.26所示； SSR14:正向引物如沈Q ID NO.27所示;反向引物如沈Q ID NO.28所示； SSR15:正向引物如沈Q ID NO.29所示;反向引物如沈Q ID NO.30所示； SSR16:正向引物如沈Q ID NO.31所示;反向引物如沈Q ID NO.32所示。 SSR17:正向引物如沈Q ID NO.33所示;反向引物如沈Q ID NO.34所示。 SSR18:正向引物如沈Q ID NO.35所示;反向引物如沈Q ID NO.36所示。 SSR19:正向引物如沈Q ID NO.37所示;反向引物如沈Q ID NO.38所示。[002引 SSR20:正向引物如沈Q ID NO.39所示;反向引物如沈Q ID NO.40所示。 SSR21:正向引物如沈Q ID NO.41所示;反向引物如沈Q ID NO.42所示。 SSR22:正向引物如沈Q ID NO.43所示;反向引物如沈Q ID NO.44所示。 SSR23:正向引物如沈Q ID NO.45所示;反向引物如沈Q ID NO.46所示。 SSR24:正向引物如沈Q ID NO.47所示;反向引物如沈Q ID NO.48所示。 SSR25:正向引物如沈Q ID NO.49所示;反向引物如沈Q ID NO.50所示。 上述25对核屯、引物是从550对SSR引物中，经筛选获得。引物筛选方法为，W160个 单株的江西东乡普通野生稻DNA为模板，分别用550对SSR引物进行扩增，扩增产物经聚丙締 酷胺凝胶电泳、凝胶银染、统计扩增结果。针对每对引物在160个单株中的扩增结果，剔除不 具备多态性的引物，保留具有多态性的引物，最终筛选获得25对多态性核屯、引物。筛选得到 的引物相对未被选择引物，在体现种质的遗传多样性方面具有明显优势。 第二方面，在上述引物组合存在的前提下，任何含有该引物组合的产品均在本发 明的保护范围内，例如含有上述引物组合的试剂或试剂盒。原因在于，其在应用时利用的是 本专利技术所述引物组合的特殊性，且得到的结果取决于本专利技术所述引物组合的特殊性。 第Ξ方面，本专利技术提供前述引物组合在分析普通野生稻遗传完整性方面的应用。 由于前述引物组合能够针对普通野生稻的遗传多样性进行鉴定，所得结果可用于判断种质 遗传完整性的保持情况。因此，本专利技术提供前述引物组合可用于普通野生稻遗传完整性分 析。 第四方面，本专利技术提供一种分析普通野生稻遗传完整性的方法，W待分析样本的 基因组DNA为模板，利用前述引物组合进行PCR扩增，经聚丙締酷胺凝胶电泳分离扩增产物， 利用生物学软件对电泳结果进行遗传结构分析。 进一步地，所述待分析样本的样本量(群体量)为90~160。原因在于，经实验统计 发现，群体量越小，特异性单株平均频率越低，其标准偏差和变异系数很大，表明采用过小 的群体量，取样误差十分明显。群体量增加至90单株时，特异单株频率逐步稳定趋近10%， 变异系数控制在15% W内，基本可W代表160单株的多样性。因此在进行普通野生稻遗传完 整性分析时，需要保证90株W上的群体量。 作为优选，所述基因组DNA提取自普通野生稻植株叶片，因幼嫩叶片中次生代谢物 质含量低，易于获得高质量DNA，优选幼嫩叶片。 优选地，所述种子来自江西东乡普通野生稻。 作为优选，为了更好的观察扩增结果，可采用6%聚丙締酷氨凝胶电泳分离扩增产 物，电泳结束后采用银染法染色。 更进一步地，所述PCR扩增的反应体系为：10 X PCR缓冲液(含Mgh) 2.0化，2.5mmol/ L dNTP 1.5yL，5UAiL Taq 0.化L，化mol/L SSR引物2.0yL，20ng/yL DM 2.0化，d加 2〇 12.0化。 所述PCR扩增的程序为：94°C预变性5min; 95°C变性30s，60°C退火30s，72°C延伸 lmin，38个循环;72°C延伸lOmin。待溫度降至10°C后，于4°C冰箱内保存备用。 基于上述优选方案，本专利技术提供一个完整具体的实施方式，包括如下步骤： (1)采用CTAB法提取普通野生稻待分析样本叶片的基因组DNA，样本为90~160单 株稻； (2) W步骤(1)本文档来自技高网...
【技术保护点】
用于普通野生稻遗传完整性分析的引物组合，其特征在于，其由如下25个引物对组成：SSR01：正向引物如SEQ ID NO.1所示；反向引物如SEQ ID NO.2所示；SSR02：正向引物如SEQ ID NO.3所示；反向引物SEQ ID NO.4所示；SSR03：正向引物如SEQ ID NO.5所示；反向引物如SEQ ID NO.6所示；SSR04：正向引物如SEQ ID NO.7所示；反向引物如SEQ ID NO.8所示；SSR05：正向引物如SEQ ID NO.9所示；反向引物如SEQ ID NO.10所示；SSR06：正向引物如SEQ ID NO.11所示；反向引物如SEQ ID NO.12所示；SSR07：正向引物如SEQ ID NO.13所示；反向引物如SEQ ID NO.14所示；SSR08：正向引物如SEQ ID NO.15所示；反向引物如SEQ ID NO.16所示；SSR09：正向引物如SEQ ID NO.17所示；反向引物如SEQ ID NO.18所示；SSR10：正向引物如SEQ ID NO.19所示；反向引物如SEQ ID NO.20所示；SSR11：正向引物如SEQ ID NO.21所示；反向引物如SEQ ID NO.22所示；SSR12：正向引物如SEQ ID NO.23所示；反向引物如SEQ ID NO.24所示；SSR13：正向引物如SEQ ID NO.25所示；反向引物如SEQ ID NO.26所示；SSR14：正向引物如SEQ ID NO.27所示；反向引物如SEQ ID NO.28所示；SSR15：正向引物如SEQ ID NO.29所示；反向引物如SEQ ID NO.30所示；SSR16：正向引物如SEQ ID NO.31所示；反向引物如SEQ ID NO.32所示。SSR17：正向引物如SEQ ID NO.33所示；反向引物如SEQ ID NO.34所示。SSR18：正向引物如SEQ ID NO.35所示；反向引物如SEQ ID NO.36所示。SSR19：正向引物如SEQ ID NO.37所示；反向引物如SEQ ID NO.38所示。SSR20：正向引物如SEQ ID NO.39所示；反向引物如SEQ ID NO.40所示。SSR21：正向引物如SEQ ID NO.41所示；反向引物如SEQ ID NO.42所示。SSR22：正向引物如SEQ ID NO.43所示；反向引物如SEQ ID NO.44所示。SSR23：正向引物如SEQ ID NO.45所示；反向引物如SEQ ID NO.46所示。SSR24：正向引物如SEQ ID NO.47所示；反向引物如SEQ ID NO.48所示。SSR25：正向引物如SEQ ID NO.49所示；反向引物如SEQ ID NO.50所示。...
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：黎毛毛，辛霞，吴锦文，尹广鹍，余丽琴，张金梅，李慧，陈晓玲，熊玉珍，卢新雄，
申请(专利权)人：江西省农业科学院水稻研究所，中国农业科学院作物科学研究所，
类型：发明
国别省市：江西;36
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