普通小麦抗病序列的全基因组SSR特异分子标记及开发方法技术

本发明专利技术涉及植物分子标记引物设计方法，具体为基于普通小麦抗病序列的全基因组SSR特异分子标记开发方法，解决目前现有的小麦抗病育种SSR标记存在点位多、与目的基因距离较远的问题，操作步骤为：1）、下载全基因组数据，建立本地数据库；2）、用抗病类基因家族的隐马尔可夫模型检测数据库，所得序列经筛选得包含目标抗病结构的蛋白序列，再检索本地数据库，得到相应的基因组序列片段scaffold；3）、检测每条scaffold序列中的简单重复序列位点，在SSR位点两侧设计引物，合成；4）、特异标记筛选；5）、标记多态性检测。SSR特异分子标记的核苷酸序列为：SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.78所示的序列。优点：1、位置明确、特异性强；2、与抗病候选基因距离极其紧密。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术设及植物分子标记引物设计方法，尤其设及小麦分子标记引物设计方法， 具体为普通小麦抗病序列的全基因组SSR特异分子标记及开发方法。
技术介绍
小麦作为我国传统的主粮作物，其生产关乎国家粮食安全和人民生活水平，然而 由病原菌入侵引起的白粉病、诱病等小麦病害在我国各大麦区均常年发生，导致小麦严重 减产。W白粉病为例，1990年和1991年全国白粉病大爆发造成当年1.44亿吨和0.77亿 吨小麦产量的损失。小麦抗病分子育种可大大缩短育种年限，使育成种能尽快用于生产 减少损失，是防治小麦病害最经济、安全和有效的方法。育种过程中用于抗病基因定位和 辅助选择的分子标记主要是SSR(SimpleSequenceRepeats)标记，该类标记为第二代 分子标记，变异丰富而且成本低廉。在小麦测序草图未公布之前，有专利技术（申请号 201310579379. 1)利用现有SSR标记引物比对小麦片段重叠群来扩充标记数量，从而加密 遗传图谱。但由于小麦具有庞大的基因组(为水稻的40倍，玉米的6. 6倍)和高度重复的序 列（80%W上)，使得利用序列片段开发的SSR标记常存在多位点现象，本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于普通小麦抗病序列的全基因组SSR特异分子标记开发方法，其特征为包括以下操作步骤：1）、本地数据库构建：下载普通小麦品种蛋白数据和全基因数据，建立本地数据库；2）、目的序列获得及检测：利用已克隆抗病类家族基因得到的隐马尔可夫模型文件检索小麦蛋白数据，所得序列经结构域检测筛选出包含目标抗病结构的完整编码蛋白序列，根据小麦蛋白序列的染色体分布图选出位于某一染色体上的序列，将这些序列检索本地全基因组数据库得到相应的基因组序列片段scaffold；3）、SSR位点确定及标记开发：检测每条scaffold序列上的简单重复序列位点，在SSR位点两侧设计引物，合成核苷酸序列，得到相应的SSR分子标记。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：乔麟轶，畅志坚，张晓军，常建忠，郑军，李欣，詹海仙，郭慧娟，高建刚，张文萍，
申请(专利权)人：山西省农业科学院作物科学研究所，
类型：发明
国别省市：山西;14