本发明专利技术公开了与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记。还公开了与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记的获得方法，包括：步骤一、获得苎麻种质SSR标记基因型；步骤二、分析SSR标记基因型计算出K矩阵图；步骤三、利用SSR标记基因型生成Q值矩阵；步骤四、以K矩阵图和Q值矩阵作为协方差，将分子标记数据和纤维强度数量性状数据进行检验，输出P及R2数据；步骤五、以PCA矩阵和K矩阵图作为协方差，将分子标记数据和纤维强度数量性状数据进行检验，输出P及R2数据；步骤六、选取P＜0.05和0.09＜R2＜0.27的SSR位点，得到与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记。公开了分子标记用于苎麻品种选育及苎麻纤维强度提高中的用途。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记，及与苎麻纤维强度紧密连锁的 分子标记的获得方法和与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记用于苎麻品种选育及苎麻纤 维强度提高中的用途。
技术介绍
关联分析是基于自然变异群体、利用连锁不平衡规律来研究遗传变异与目标性状 相关关系的研究方法（Mackay et al.，2007)。与传统的QTL相比，关联分析不需要构建作 图群体、广度大、精度高、能检测到同一位点多个等位基因 （Meuwissen et al.，2000 ;Khush et al.，2001)。2001年，Thornsberry等（2001)首次成功地将关联分析应用于植物，发现 dwarfS基因不但与赤霉素新陈代谢有关，而且可以影响玉米株高。这个结果说明基于LD的 关联分析可以用来进行基因功能的验证，也可以进行基因挖掘，用于研究植物的数量遗传 性状有一定的可行性。 纤维细度和强度是衡量苎麻纤维质量好坏的重要指标，纤维越细、强度越大，纺织 出来的成品耐磨和抗压性越好。如何培育出细度大、强度高，可适合生产生活使用的苎麻新 品种是目前苎麻育种迫切需要解决的问题。改良新品种的方法之一就是从分子水平上改变 苎麻老品种的遗传结构，使之产生对生产有利的遗传变异。但是目前，有关于苎麻纤维强度 发育相关基因的研究仍然很少。
技术实现思路
本专利技术的一个目的是解决至少上述问题和/或缺陷，并提供至少后面将说明的优 点。 本专利技术还有一个目的是提供一种与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记SSR标记 RAM0200〇 本专利技术再有一个目的是提供一种与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记SSR标记 RAMO186〇 本专利技术再有一个目的是提供一种与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记SSR标记 c07〇 本专利技术再有一个目的是提供一种与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记SSR标记 RAM0571〇 本专利技术再有一个目的是提供与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记的获得方法。 本专利技术又一目的是提供与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记及所述分子标记用 于苎麻品种选育及苎麻纤维强度提高中的用途。 为此，本专利技术提供的技术方案为： 一种与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记，所述分子标记为SSR标记RAM0200。 -种与芒麻纤维强度紧密连锁的分子标记，所述分子标记为SSR标记RAM0186。 -种与芒麻纤维强度紧密连锁的分子标记，所述分子标记为SSR标记RAM0571。 -种与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记，所述分子标记为SSR标记c07。 -种与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记的获得方法，包括如下步骤： 步骤一、利用93对SSR标记引物，对多份苎麻种质进行检测以得到该多份苎麻种 质的93个SSR标记的基因型； 步骤二、利用Tassel软件的连锁不平衡分析程序，分析步骤一中得到的该多份苎 麻种质的SSR标记的基因型，计算出连锁不平衡配对检测的K矩阵图； 步骤三、利用Structure软件和该多份芒麻种质的93个SSR标记的基因型对所述 多份苎麻种质进行群体结构分析生成Q值矩阵； 步骤四、利用Tassel软件的MLM程序，以步骤二中得到的K矩阵图和步骤三中得 到的Q值矩阵作为协方差，在显著性水平P < 〇. 05下，将分子标记数据和所述多份苎麻种 质纤维强度的数量性状数据进行Q值矩阵、K矩阵图和MLM程序混合线性模型的逻辑回归 率检验，输出各SSR位点的显著性水平P及其对表型变异的解释率R 2数据； 步骤五、首先利用GenALEx软件分析该多份芒麻种质的93个SSR标记的基因型输 出PCA矩阵，再利用Tassel软件的MLM程序，以该PCA矩阵和步骤二中得到的K矩阵图作 为协方差，在显著性水平P < 〇. 05下，将分子标记数据和所述多份苎麻种质的纤维强度的 数量性状数据进行PCA矩阵、K矩阵图和MLM程序混合线性模型的逻辑回归率检验，也输出 各SSR位点的显著性水平P及其对表型变异的解释率R 2数据；以及， 步骤六、选取步骤四和步骤五中显著性水平P < 0. 05和表型变异解释率0. 09 < R2 < 0. 27的SSR位点，以得到与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记。 优选的是，所述的与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记的获得方法中，所述步 骤三中，利用Structure软件进行群体结构分析时，设定亚群数目k = 2或k = 6,使用 Clummpp软件合并亚群数目k = 2或k = 6时的各自3个运行的结果生成两个Q值矩阵； 所述步骤四中，利用Tassel软件的MLM程序分别采用该两个Q值矩阵作为协方差 进行两次PCA矩阵、K矩阵图和MLM程序混合线性模型的逻辑回归率检验，输出两组各SSR 位点的显著性水平P及其对表型变异的解释率R2数据。 优选的是，所述的与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记的获得方法中，所述步骤 一中，所述93对SSR标记引物的核苷酸序列依次分别为SEQ ID NO :1~186所示； 所述多份苎麻种质为104份苎麻种质。 优选的是，所述的与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记的获得方法中，所述步骤 五中，所述多份苎麻种质的纤维强度的数量性状数据为各个苎麻品种的单纤维支数数据。 优选的是，所述的与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记的获得方法中，所述步骤 二中，计算连锁不平衡配对检测的K矩阵图前，首先过滤掉该多份苎麻种质的SSR标记的基 因型中基因频率小于5%的基因型。 与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记及所述分子标记用于苎麻品种选育及苎麻 纤维强度提高中的用途，所述分子标记为SSR标记RAM0200、RAM0186、RAM0571、和/或c07。 本专利技术至少包括以下有益效果： 本专利技术利用93对多态性SSR引物对104份苎麻核心种质进行全基因组多态性位 点扫描，在其纤维强度得到精确测量的基础上，对苎麻的群体结构进行分析，同时利用关联 分析的方法，获得了与纤维强度显著关联的位点，为今后筛选优良种质、基因定位和克隆以 及分子标记辅助育种打下基础。本专利技术的与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记对于现阶段 我国苎麻的育种和生产具有重要意义。同时，本专利技术也为分子标记育种提供了有益的借鉴。 本专利技术的其它优点、目标和特征将部分通过下面的说明体现，部分还将通过对本专利技术的研 究和实践而为本领域的技术人员所理解。【附图说明】 图1为本专利技术93对SSR引物的变性聚丙烯酰氨凝胶垂直电泳条带图的部分结果。 图2本专利技术中全基因组连锁不平衡直观图的部分结果。 图3为本专利技术群体结构分析中对数似然值随亚群个数的变化的结果图。 图4为本专利技术群体结构分析中ΔΚ值随亚群个数变化的结果图。【具体实施方式】 下面结合附图对本专利技术做进一步的详细说明，以令本领域技术人员参照说明书文 字能够据以实施。 本专利技术利用2012年104份核心种质三季麻混合样的纤维强度数据，结合采用93 对SSR引物对核心种质分析所得的亲缘关系和群体结构的分析结果，将纤维强度相关性状 数据与分子多态性标记进行关联分析，寻找与纤维强度发育相关基因产生紧密连锁的分子 标记，用来为苎麻分子标记辅助选择、设计育种、相关基因分离等后续研究以及实现苎麻纤 维强度遗传改良提供依据。 本专利技术提供一种与苎麻纤维强度紧密连锁的分本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种与苎麻纤维强度紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记为SSR标记RAM0200。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：王晓飞，陈建华，栾明宝，刘晨晨，许英，孙志民，
申请(专利权)人：中国农业科学院麻类研究所，
类型：发明
国别省市：湖南;43
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