本发明一般地涉及鲁棒的断裂内含肽。本文中所描述的断裂内含肽在大的温度范围(包括低至0℃的温度)、在宽的pH范围中以及在离液盐存在下有活性。所述断裂内含肽还显示出对融合的异源性多肽中序列变异性的高度耐受性，并因此可用于蛋白质纯化和改造技术。