【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】检测胃肿瘤相关申请的交互参照本申请是2016年8月31日提交的美国临时申请No.62/212,221申请的优先权,其全部内容被纳入此处作为参考。
本专利技术提供了一种检测肿瘤的技术,特别是用于检测胃癌等癌前和恶性肿瘤的方法、组合物和相关用途,但并不局限于此。专利技术背景胃癌是世界上第三大最常见的癌症死亡原因(例如参照世界卫生组织的癌症信息发布文件No297.WHO),而且在西方国家仍然很难治愈,主要是因为大多数患者都患具晚期疾病。在美国,胃恶性肿瘤是目前最常见的第十五种癌症(例如参照国家癌症研究所的监测、流行病学和最终结果SEERStat信息发布文件:胃癌)。然而,在大多数发达国家,胃癌发病率在过去半个世纪中急剧下降。胃癌减少的原因是由于广泛使用制冷,其产生了若干有益的影响:增加了新鲜水果和蔬菜的消费量;减少了食盐的摄入量,盐被用作食品防腐剂;以及减少了因未冷藏肉类产品腐烂而产生的致癌化合物对食品的污染。食盐和盐类食物可能会破坏胃粘膜,导致炎症,以及相关的DNA合成和细胞增殖的增加。其他可能导致胃癌发病率下降的因素包括:由于卫生条件和抗生素使用的改善,慢性幽门螺杆菌感染率降低,以及一些国家加强了筛查(例如参照美国癌症协会的“全球癌症事实&数据显示”3rded.)。然而,在西方国家,胃癌仍然很难治愈,这主要是因为大多数患者都患有晚期疾病。即使是处于最有利状态的患者,也经常死于复发性疾病。因此,需要改进胃癌的早期检测方法和技术。
技术实现思路
甲基化DNA作为一种潜在的生物标记,在大多数肿瘤类型的组织中得到了广泛的研究。在许多情况下,DNA甲基转移酶在 ...
【技术保护点】
一种用于表征人类患者的样本的方法,包括:(a)从人类患者的样本中获取DNA;(b)化验DNA甲基化标记的甲基化状态,所述标记包括从表1、2、4或7的DMR 1‑274构成组中选出的差异甲基化区域DMR中的碱基;(c)将所述化验的一个或多个DNA甲基化标记的甲基化状态与无胃肿瘤的人类患者的一个或多个DNA甲基化标记的甲基化水平参考值进行比较。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.08.31 US 62/212,2211.一种用于表征人类患者的样本的方法,包括:(a)从人类患者的样本中获取DNA;(b)化验DNA甲基化标记的甲基化状态,所述标记包括从表1、2、4或7的DMR1-274构成组中选出的差异甲基化区域DMR中的碱基;(c)将所述化验的一个或多个DNA甲基化标记的甲基化状态与无胃肿瘤的人类患者的一个或多个DNA甲基化标记的甲基化水平参考值进行比较。2.根据权利要求1所述的方法,其中,所述样本是粪便样本、组织样本、胃组织样本、血浆样本或尿液样本。3.根据权利要求1所述的方法,其中,所述样本是胃组织样本,且所述DMR选自DMRNos.253,251,254,255,256,249,257,258,259,260,261,262,250,263,1,264,265,196,266,118,267,268,269,270,271,272,46,273,252及237;或其中,所述样本是血浆样本,且所述DMR选自:DMRNos.253,237,252,261,251,196,250,265,256,249及274。4.根据权利要求1所述的方法,包括化验多个DNA甲基化标记。5.根据权利要求1所述的方法,包括化验2-11个DNA甲基化标记。6.根据权利要求1所述的方法,包括化验12-107个DNA甲基化标记。7.根据权利要求1所述的方法,其中,化验所述样本中的所述一个或多个DNA甲基化标记的所述甲基化状态,包括确定一个碱基的所述甲基化状态。8.根据权利要求1所述的方法,其中,化验所述样本中的所述一个或多个DNA甲基化标记的所述甲基化状态,包括确定多个碱基的甲基化程度。9.根据权利要求1所述的方法,包括化验正向链的甲基化状态或化验反向链的甲基化状态。10.根据权利要求1所述的方法,其中,所述DNA甲基化标记是100个或更少碱基的区域。11.根据权利要求1所述的方法,其中,所述DNA甲基化标记是500个或更少碱基的区域。12.根据权利要求1所述的方法,其中,所述DNA甲基化标记是1000个或更少碱基的区域。13.根据权利要求1所述的方法,其中,所述DNA甲基化标记是5000个或更少碱基的区域。14.根据权利要求1所述的方法,其中,所述DNA甲基化标记是一个碱基。15.根据权利要求1所述的方法,其中,所述DNA甲基化标记位于高CpG密度启动子中。16.根据权利要求1所述的方法,其中,所述化验包括使用甲基化特异性聚合酶链式反应、核酸测序、质谱、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离或目标捕获。17.根据权利要求1所述的方法,其中,所述化验包括使用甲基化特异性寡核苷酸。18.根据权利要求17所述的方法,其中,所述样本是组织样本,且所述甲基化特异性寡核苷酸从SEQIDNO:1–70构成的组中被选出;或其中,所述样本是血浆样本,且所述甲基化特异性寡核苷酸从SEQIDNO:71-109构成的组中被选出。19.根据权利要求1所述的方法,其中,具有从ARHGEF4,ELMO1,ABCB1,CLEC11A,ST8SIA1,SFMBT2,CD1D,CYP26C1,ZNF569及C13ORF18构成的组中选出的标注的染色体区域包括所述DNA甲基化标记。20.根据权利要求1所述的方法,其中,所述DMR来自表4,并从DMRNo.49,43,196,66,1,237,249,250,251及252构成的组中被选出。21.根据权利要求1所述的方法,其中,具有从ELMO1,ARHGEF4,EMX1,SP9,CLEC11A,ST8SIA1,BMP3,KCNA3,DMRTA2,KCNK12,CD1D,PRKCB,CYP26C1,ZNF568,ABCB1,ELOVL2,PKIA,SFMBT2(893),PCBP3,MATK,GRN2D,NDRG4,DLX4,PPP2R5C,FGF14,ZNF132,CHST2(7890),FLI1,c13orf18及ZNF569构成的组中选出的标注的染色体区域包括所述DNA甲基化标记。22.根据权利要求1所述的方法,其中,所述DMR选自表2并从DMRNo.253,251,254,255,256,249,257,258,259,260,261,262,250,263,1,264,265,196,266,118,267,268,269,270,271,272,46,273,252及237构成的组中被选出。23.根据权利要求1所述的方法,其中,具有从ELMO1,ZNF569,C13orf18,CD1D,ARHGEF4,SFMBT2,PPP25RC,CYP26C1,PKIA,CLEC11A,LRRC4及ST8SIA1构成的组中选出的标注的染色体区域包括所述DNA甲基化标记,其中,所述样本是血浆样本。24.根据权利要求1所述的方法,其中,所述DMR来自表4和表7,并从DMRNo.253,237,252,261,251,196,250,265,256,249及274构成的组中被选出,其中,所述样本是血浆样本。25.一种用于表征从人类患者获得的样本的方法,所述方法包括:(a)确定所述样本中的DNA甲基化标记的甲基化状态,所述样本包括:从表1,2,4和7中的DMR1–274组成的DMR中的一个碱基;(b)将所述患者样本中的所述DNA甲基化标记物的所述甲基化状态与无胃癌的人类对象的正常对照样本中的所述DNA甲基化标记的甲基化状态进行比较;(c)确定所述人类患者和所述正常对照样本中的所述甲基化状态中的置信区间和/或p值差异。26.根据权利要求25所述的方法,其中,所述置信区间为90%,95%,97.5%,98%,99%,99.5%,99.9%或99.99%且所述p值为0.1,0.05,0.025,0.02,0.01,0.005,0.001,或0.0001。27.一种用于表征从人类对象获得的样本的方法,所述方法包括:将含有DMR的核酸与重亚硫酸盐试剂反应,生成重亚硫酸盐反应核酸;将所述重亚硫酸盐反应核酸测序,提供所述重亚硫酸盐反应核酸的核苷酸序列;将所述重亚硫酸盐反应核酸的所述核苷酸序列与含有无胃癌的对象的所述DMR的核酸的核苷酸序列进行比较,来鉴别两个所述序列中的差异。28.一种用于表征从人类对象获得的样本的系统,所述系统包括:分析元件,被配置来确定样本的甲基化状态;软件元件,被配置来将所述样本的所述甲基化状态与记录在数据库中的对照样本或参考样本的甲基化状态进行比较;警报元件,被配置来基于甲基化状态的组合确定单个值,并告知用户有关胃癌的甲基化状态。29.根据权利要求28所述的系统,其中,所述样本包括:含有DMR的核酸。30.根据权利要求28所述的系统,进一步包括用于分离核酸的元件。31.根据权利要求28所述的系统,进一步包括用于收集样本的元件。32.根据权利要求28所述的系统,其中,所述样本是粪便样本、组织样本、胃组织样本、血浆样本或尿液样本。33.根据权利要求28所述的系统,其中,所述数据库包括:含有DMR的核酸序列。34.根据权利要求28所述的系统,其中,所述数据库包括:无胃癌的对象的核酸序列。35.一种在从对象获得的样本中筛查肿瘤的方法,所述方法包括:(1)化验从对象获得的样本中的标记的甲基化状态;以及(2)当所述标记的所述甲基化状态不同于没有肿瘤的对象中化验的所述标记的甲基化状态时,将所述对象识别为肿瘤,其中,所述标记包括:从表1、2、4或7的DMR1-274构成的组中选出的差异甲基化区域DMR中的碱基。36.根据权利要求35所述的方法,其中,所述肿瘤为胃肿瘤。37.根据权利要求35所述的方法,其中,所述肿瘤是胃癌。38.根据权利要求35所述的方法,其中,所述肿瘤是癌前病变。39.根据权利要求35所述的方法,包括化验多个标记。40.根据权利要求35所述的方法,包括化验2-11个标记。41.根据权利要求35所述的方法,包括化验12-107个标记。42.根据权利要求35所述的方法,其中,化验所述样本中的所述标记的所述甲基化状态包括确定一个碱基的所述甲基化状态。43.根据权利要求35所述的方法,其中,化验所述样本中的所述标记的所述甲基化状态包括确定多个碱基处的甲基化范围。44.根据权利要求35所述的方法,其中,所述标记的所述甲基化状态包括:相对于所述标记的正常甲基化状态的所述标记的甲基化增加或降低。45.根据权利要求35所述的方法,其中,所述标记的所述甲基化状态包括:相对于所述标记的正常甲基化状态的所述标记的甲基化的不同模式。46.根据权利要求35所述的方法,包括:化验正向链的甲基化状态或化验反向链的甲基化状态。47.根据权利要求35所述的方法,其中,所述标记是100个或更少碱基的区域。48.根据权利要求35所述的方法,其中,所述标记是500个或更少碱基的区域。49.根据权利要求35所述的方法,其中,所述标记是1000个或更少碱基的区域。50.根据权利要求35所述的方法,其中,所述标记是5000个或更少的碱基的区域。51.根据权利要求35所述的方法,其中,所述标记是一个碱基。52.根据权利要求35所述的方法,其中,所述标记位于高CpG密度启动子中。53.根据权利要求35所述的方法,其中,所述样本是粪便样本、组织样本、胃组织样本、血浆样本或尿液样本。54.根据权利要求35所述的方法,其中,所述化验包括使用甲基化特异性聚合酶链式反应、核酸测序、质谱、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离或目标捕获。55.根据权利要求35所述的方法,其中,所述分化验包括甲基化特异性寡核苷酸的使用。56.一种寡核苷酸,包括从SEQIDNO:1–109构成的组中选出的序列。57.根据权利要求35所述的方法,其中,具有从ARHGEF4,ELMO1,ABCB1,CLEC11A,ST8SIA1,SFMBT2,CD1D,CYP26C1,ZNF569及C13ORF18构成的组中选出的标注的染色体区域包括所述标记。58.根据权利要求35所述的方法,其中,所述DMR来自表4,并从DMRNo.49,43,196,66,1,237,249,250,251及252构成的组中被选出。59.根据权利要求35所述的方法,其中,具有从ELMO1,ARHGEF4,EMX1,SP9,CLEC11A,ST8SIA1,BMP3,KCNA3,DMRTA2,KCNK12,CD1D,PRKCB,CYP26C1,ZNF568,ABCB1,ELOVL2,PKIA,SFMBT2(893),PCBP3,MATK,GRN2D,NDRG4,DLX4,PPP2R5C,FGF14,ZNF132,CHST2(7890),FLI1,c13orf18及ZNF569构成的组中选出的标注的染色体区域包括所述标记。60.根据权利要求35所述的方法,其中,所述DMR来自表2并选自DMRNo.253,251,254,255,256,249,257,258,259,260,261,262,250,263,1,264,265,196,266,118,267,268,269,270,271,272,46,273,252及237。61.根据权利要求35所述的方法,其中,具有从ELMO1,ZNF569,C13orf18,CD1D,ARHGEF4,SFMBT2,PPP25RC,CYP26C1,PKIA,CLEC11A,LRRC4及ST8SIA1构成的组中选出的标注的染色体区域包括所述标记。62.根据权利要求35所述的方法,其中,所述DMR来自表1、2、4和7,并从DMRNo.253,237,252,261,251,196,250,265,256,249及274构成的组中被选出。63.根据权利要求35所述的方法,包括确定两个标记的所述甲基化状态。64.根据权利要求35所述的方法,包括确定表1、2、4或7中提供的一对标记的所述甲基化状态。65.一种试剂盒,包括:(1)亚硫酸氢钠试剂;和(2)对照核酸,包括从表1、2、4和7的DMR1-274构成的组中选出的DMR的序列,并具有与无癌症对象相关的甲基化状态。66.一种试剂盒,包括根据权利要求56的亚硫酸亚铁试剂和寡核苷酸。67.一种试剂盒,包括:用于从对象获取样本的样本收集器;用于从样本中分离核酸的试剂;重亚硫酸盐试剂;和根据权利要求56的寡核苷酸。68.根据权利要求65所述的试剂盒,其中,所述样本是粪便样本、组织样本、胃组织样本、血浆样本或尿液样本。69.一种组合物,包括:含有DMR的核酸和重亚硫酸盐试剂。70.一种组合物,包括:含有DMR的核酸和根据权利要求56的寡核苷酸。71.一种组合物,包括:含有DMR的核酸和甲基化敏感性限制酶。72.一种组合物,包括:含有DMR的核酸和聚合酶。73.一种在从对象获得的样本中筛查胃肿瘤的方法,所述方法包括:(a)确定所述样本中的标记的甲基化状态,所述样本包括从表1、2、4和7的DMR1-274构成的组中被选出的DMR中的碱基;(b)将所述对象样本的所述标记的所述甲基化状态与无胃癌的正常对照样本的所述标记的甲基化状态进行比较;(c)确定所述对象样本和所述正常对照样本的所述甲基化状态中的置信区间和/或p值差异。74.根据权利要求75所述的方法,其中,所述置信区间为90%,95%,97.5%,98%,99%,99.5%,99.9%或99.99%且所述p值为0.1,0.05,0.025,0.02,0.01,0.005,0.0...
【专利技术属性】
技术研发人员:哈提姆·T·阿拉维,大卫·A·阿尔奎斯特,威廉·R·泰勒,约翰·B·基谢尔,特雷西·C·亚伯,道格拉斯·W·马奥尼,
申请(专利权)人:梅约医药教育及研究基金会,精密科学发展公司,
类型:发明
国别省市:美国,US
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