在人PI3KCA (PIK3CA)基因中检测突变的方法和组合物技术

本发明专利技术涉及在人PI3KCA(PIK3CA)基因中检测突变的方法和组合物。本发明专利技术包括用于在人PI3KCA(PIK3CA)基因中检测癌症相关突变和基于其评估患者的试剂和方法。

Methods and compositions for detecting mutations in human PI3KCA (PIK3CA) genes

The invention relates to methods and compositions for detecting mutations in human PI3KCA (PIK3CA) genes. The invention includes a reagent and method for detecting cancer related mutations in human PI3KCA (PIK3CA) genes and evaluating patients based on them.

【技术实现步骤摘要】
在人PI3KCA(PIK3CA)基因中检测突变的方法和组合物本申请是申请日为2014年3月12日的中国专利申请201480013282.7“在人PI3KCA(PIK3CA)基因中检测突变的方法和组合物”的分案申请。
本专利技术涉及癌症诊断学和用于癌症治疗的伴随诊断学。特别地，本专利技术涉及用于突变检测的方法和组合物，其可用于诊断和预后，以及预期癌症治疗的效力。
技术介绍
磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）是胞内脂质激酶，其调节控制细胞增殖和生存、黏着和运动性的信号传递通路（Vivanco和Sawyers,(2002)Thephosphatidylinositol3-KinaseAKTpathwayinhumancancer,NatureRev.Cancer2:489）。PI3KCA(PIK3CA)是PI3K基因家族的成员，其编码激酶p110α的催化亚基。该基因对瘤形成具有独特的相关性：在全部测试的PI3K基因中，只有PI3KCA被发现在多种癌症中突变。在一个研究中，在32%的结肠癌、27%的成胶质细胞瘤、25%的胃癌、8%的乳腺癌和4%的肺癌中发现了PI3KCA基因中的体细胞突变(Samuels等人(2004)HighfrequencyofmutationsinthePI3KCAgeneinhumancancers,Science304:554)。随后的研究报告突变还在子宫癌（24%）、卵巢癌（10%）和宫颈癌（10%）中（Brana和Sui,(2012)Clinicaldevelopmentofphosphatidylinositol3-kinaseinhibitorsforcancertreatment,BMCMedicine2012,10:161）。PI3K通过特异激活Akt蛋白质将胞内Akt/mTOR通路激活。遗传方法显示通过突变体PI3KCA的该通路的组成性激活（constitutiveactivation）促成了对EGFR靶向治疗的抗性（Berns等人(2007)AfunctionalgeneticapproachidentifiesthePI3Kpathwayasamajordeterminantoftrastuzumabresistanceinbreastcancer,CancerCell12:395）。同时，证明完整的（非突变的）PI3KCA活性可以通过特异的抑制剂进行抑制，从而克服了通路中去调节的(disregulated)上游元件的效果（例如EGFR），并且最近，已经开发了靶向PI3KCA(p110α)自身的治疗剂（在Weickhardt等人(2010)StrategiesforOvercomingInherentandAcquiredResistancetoEGFRInhibitorsbyTargetingDownstreamEffectorsintheRAS/PI3KPathway,CurrentCancerDrugTargets,10:824；和Brana和Sui,(2012)Clinicaldevelopmentofphosphatidylinositol3-kinaseinhibitorsforcancertreatment,BMCMedicine2012,10:161中综述）。总之，这些研究证明了对于检测PI3KCA基因中体细胞突变以向寻求靶向癌症治疗的患者进行个人化医疗保健的方法和工具的需求。至今，已鉴定了PI3KCA基因中超过30个体细胞突变（美国专利号8,026,053）。大多数突变聚集在外显子9和20中。然而，许多临床显著的突变已被报告也在外显子1、4和7中。诊断测定应当靶向尽可能多的这些突变。此外，精确的辨别（高特异性）是需要的，因为测定的结果将决定患者的癌症治疗过程。
技术实现思路
本专利技术包括用于检测人PIK3CA基因中每个突变H1047L、H1047R、H1047Y、N345K、E542K、E545A、E545G、E545K、G1049R、M1043I、Q546E、Q546L和Q546K的寡核苷酸，所述寡核苷酸与以下：SEQIDNO:2、18、39、61、84、100、127、148、170、185、197、208和219中的一个至少90%相同并且具有其3'-端核苷酸。在另一个实施方案中，本专利技术是测定样品的人PIK3CA基因中一个或多个突变H1047L、H1047R、H1047Y、N345K、E542K、E545A、E545G、E545K、G1049R、M1043I、Q546E、Q546L和Q546K的存在的方法，其包括将样品与每个突变的一个等位基因特异性核苷酸寡核苷酸接触，所述寡核苷酸与选自SEQIDNO:2、18、39、61、84、100、127、148、170、185、197、208、219的寡核苷酸具有至少90%同一性并且具有与其相同的3-端核苷酸。在该实施方案的变化中，寡核苷酸选自SEQIDNO:8、21、46、78、93、113、141、166、170、194、199、217和228。在还另一个实施方案中，本专利技术是用于检测在PIK3CA基因中一个或多个突变H1047L、H1047R、H1047Y、N345K、E542K、E545A、E545G、E545K、G1049R、M1043I、Q546E、Q546L和Q546K突变的一组寡核苷酸，其包含与SEQIDNO:2、18、39、61、84、100、127、148、170、185、197、208和219具有至少90%同一性并且具有与其相同的3-端核苷酸的两个或多个寡核苷酸的组合。在该实施方案的变化中，寡核苷酸选自SEQIDNO:8、21、46、78、93、113、141、166、170、194、199、217和228。在还另一个实施方案中，本专利技术是用于检测在PIK3CA基因中一个或多个突变H1047L、H1047R、H1047Y、N345K、E542K、E545A、E545G、E545K、G1049R、M1043I、Q546E、Q546L和Q546K的反应混合物，其包含对每个突变的一个等位基因特异性寡核苷酸，所述寡核苷酸与选自SEQIDNO:2、18、39、61、84、100、127、148、170、185、197、208、219的寡核苷酸具有至少90%同一性并且具有与其相同的3-端核苷酸。在该实施方案的变化中，反应混合物包含以下中的一个或多个：SEQIDNO:8、21、46、78、93、113、141、166、170、194、199、217和228。在还另一个实施方案中，本专利技术是在患者中评估癌症的方法，其通过使用对每个突变的一个等位基因特异性寡核苷酸在患者样品中检测PIK3CA基因中的一个或多个突变H1047L、H1047R、H1047Y、N345K、E542K、E545A、E545G、E545K、G1049R、M1043I、Q546E、Q546L和Q546K，所述寡核苷酸与选自SEQIDNO:2、18、39、61、84、100、127、148、170、185、197、208、219的寡核苷酸具有至少90%同一性并且具有与其相同的3-端核苷酸。在该实施方案的变化中，一个或多个寡核苷酸选自：SEQI本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于检测在PIK3CA基因中的突变H1047Y的寡核苷酸，所述寡核苷酸与SEQ ID NO: 39至少90%相同并且具有其3'‑端核苷酸，所述寡核苷酸包含3个或更少的错配，排除所述3'‑端核苷酸，其中至少一个错配或至少一个经修饰的核苷酸在3'‑端倒数第二的5个核苷酸中。

【技术特征摘要】
2013.03.13 US 61/7800171.用于检测在PIK3CA基因中的突变H1047Y的寡核苷酸，所述寡核苷酸与SEQIDNO:39至少90%相同并且具有其3'-端核苷酸，所述寡核苷酸包含3个或更少的错配，排除所述3'-端核苷酸，其中至少一个错配或至少一个经修饰的核苷酸在3'-端倒数第二的5个核苷酸中。2.测定样品的人PIK3CA基因中的突变H1047Y的存在的方法，其包括将样品与一个等位基因特异性核苷酸寡核苷酸接触，所述寡核苷酸与包含SEQIDNO:39的寡核苷酸具有至少90%同一性并且具有与其相同的3-端核苷酸，所述寡核苷酸包含3个或更少的错配，排除所述3'-端核苷酸，其中至少一个错配或至少一个经修饰的核苷酸在3'-端倒数第二的5个核苷酸中。3.权利要求2所述的方法，其中所述寡核苷酸为SEQIDNO:46。4.权利要求2或3所述的方法，其进一步包括除H1047Y之外的每个突变的至少一个等位基因特异性寡核苷酸，所述寡核苷酸与选自SEQIDNO:2、18、61、84、100、127、148、170、185、197、208和219的寡核苷酸具有至少90%的同一性并且具有与其相同的3'-端核苷酸。5.权利要求4所述的方法，其中所述寡核苷酸选自SEQIDNO:8、21、78、93、113、141、166、170、194、199、217和228。6.用于检测PIK3CA基因中的突变H1047Y和一个或多个突变H1047L、H1047R、N345K、E542K、E545A、E545G、E545K、G1049R、M1043I、Q546E、Q546L和Q546K的一组寡核苷酸，其包含两个或多个寡核苷酸的组合，其中一个寡核苷酸与权利要求1的寡核苷酸相同并且除H1047Y之外的每个突变的至少一个等位基因特异性寡核苷酸与选自SEQIDNO:2、18、61、84、100、127、148、170、185、197、208和219的寡核苷酸具有至少90%同一性并且具有与其相同的3-端核苷酸。7.权利要求6所述的组，其中所述寡核苷酸为SEQIDNO:46和/或所述等位基因特异性寡核苷酸选自SEQIDNO:8、21、78、9...

【专利技术属性】
技术研发人员：A詹，
申请(专利权)人：豪夫迈·罗氏有限公司，
类型：发明
国别省市：瑞士,CH