本发明专利技术涉及检测IL28B(rs8099917)和ITPA(rs1127354)的突变的方法，还涉及用于该目的的核酸探针和试剂盒。具体地，本发明专利技术提供一种多态性检测用探针，其是用于检测IL28B基因的多态性的探针，其特征在于包含下述P1或P1’的荧光标记寡核苷酸，(P1)寡核苷酸，其具有包含序列编号1所示的碱基序列中的第301～307位的碱基的碱基长为7～28的碱基序列或与之同源的序列，且与第307位的碱基对应的碱基为胞嘧啶并经荧光染料标记；(P1’)寡核苷酸，其具有在严格条件下与包含序列编号1所示的碱基序列中的第301～307位的碱基的碱基长为7～28的碱基序列的互补链杂交的序列，且与第307位的碱基对应的碱基为胞嘧啶并经荧光染料标记。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及检测IL28B(rs8099917)和ITPA(rsl 127354)的突变方法以及用于该目的的核酸探针和试剂盒。
技术介绍
丙型肝炎是通过感染丙型肝炎病毒(HCV)而导致发病的一种病毒性肝炎。日本国HCV患者数达到约200万人，HCV患者中6 8成转变为慢性肝炎。不对其进行治疗的话，慢性肝炎的状态经过10 30年，3 4成转变为肝硬化/肝癌。干扰素疗法作为排除HCV的抗病毒疗法，通过与利巴韦林(” ^ ^ )的联用/干扰素的PEG化,改善了治疗成绩。 报道称，针对PEG干扰素+利巴韦林的联用疗法有效的日本人患者和无效患者314人，分析了人基因中有个体差异的大约90万处，结果，作为干扰素(IFN)的一种的IL28B基因及其基因周围存在的SNP与治疗效果有关联(Nature Genetics 41，1105-1109 (2009))。此外，报道称，预测与PEG干扰素+利巴韦林联用疗法的效果相关的6个SNP内，rs8099917是对治疗效果最有影响的(PLoS One. 20100ct 29 ；5(10) :el3771.)。利巴韦林诱发性贫血是抗丙型肝炎病毒(HCV)疗法治疗中断及减量的主要原因之一 (Hepatol Res. 2010Nov ；40(11) :1063-1071.)。报道称，以接受PEG干扰素(PEG-1FN)/利巴韦林联用疗法的日本人丙型肝炎患者为对象，评价了 ITPA基因突变带来的临床意义，结果发现，rsll27354 (其是ITPA外显子内功能性SNP)是利巴韦林诱发性贫血的有用的预测因子(Gastroenterology. 20100ct ；139(4) :1190-7. Epub 2010Jul 14·)。PLoS One. 20100ct 29 ；5(10) el3771.中报道IL28B(rs8099917)的突变与对丙型肝炎患者的PEG干扰素+利巴韦林疗法强烈相关，是否有IL28B (rs8099917)的突变使用测序分析来检测。HePAT0L0GY，Vol. 53，Issue 2，P. 415-421,2011 中报道，ITPA (rsl 127354)的突变与使用PEG干扰素/利巴韦林疗法时的贫血强烈相关，ITPA(rsl 127354)的突变使用测序分析来检测。但是，如PLoSOne. 20100ct 29 ；5(10) el3771.和HePATOLOGY，Vol. 53，Issue 2，P. 415-421,2011所述，为调查丙型肝炎患者的SNP突变而进行的从全血提取基因组，在实际的临床现场非常需要人力和成本。因此预计很需要从全血直接自动测定是否有突变的技术。此外，因为使用PEG干扰素+利巴韦林疗法时，IL28B(rs8099917)和ITPA (rsl 127354)与效果相关，临床领域非常可能很需要同时测定IL28B(rs8099917)和ITPA (rsl 127354)是否有突变的技术。但 PLoS One. 20100ct 29 ；5(10) el3771.和 HePATOLOGY, Vol. 53, Issue2,P. 415-421,2011 由于是进行测序分析，来发现 IL28B (rs8099917)和 ITPA(rsl 127354)有无突变，因此无法同时检测两种突变的有无。特开2002-119291号公报中记载了使用经荧光染料标记的核酸探针、使其与靶标核酸杂交、测定荧光染料发光的减少量的方法。但是，使用经荧光染料标记的核酸探针、使其与靶标核酸杂交、测定荧光染料发光的减少量的过程实施时，并不能对任何任意序列均可实施,必须针对每种突变找到适当的序列。
技术实现思路
专利技术要解决的问题本专利技术以提供下述方法及用于其的试剂盒作为要解决的问题，所述方法用于指定能有效检测IL28B基因多态性的rs8099917和ITPA基因多态性的rsl 127354的探针、检测IL28B基因多态性的rs8099917和ITPA基因多态性的rsl 127354。用于解决问题的手段 本专利技术的专利技术人发现，通过基于包含IL28B基因多态性的rs8099917的特定区域以及包含ITPA基因多态性的rsll27354的特定区域来设计探针，使用该探针，来通过检测基于与靶标核酸形成杂交体和/或杂交体解离的信号，可检测所述的突变，从而实现本专利技术。SP，本专利技术如下所述。(I) 一种多态性检测用探针，其是用于检测IL28B基因的多态性的探针，其特征在于包含下述Pl或ΡΓ的荧光标记寡核苷酸，(Pl)寡核苷酸，其具有包含序列编号I所示的碱基序列中的第301 307位的碱基的喊基长为7 28的喊基序列或与之同源的序列，且与第307位的喊基对应的喊基为胞嘧啶并用荧光染料标记；(Pr )寡核苷酸，其具有在严格条件下与包含序列编号I所示的碱基序列中的第301 307位的碱基的碱基长为7 28的碱基序列的互补链杂交的序列，且与第307位的碱基对应的碱基为胞嘧啶并用荧光染料标记。(2) 一种多态性检测用探针，其是用于检测TIPA基因的多态性的探针，其特征在于包含选自下述P2 P3 ’中的至少一种的荧光标记寡核苷酸，(P2)寡核苷酸，其具有与包含序列编号2所示的碱基序列中的第239 251位的碱基的碱基长为13 28的碱基序列互补的序列或与之同源的序列，且与第239位的碱基对应(即，互补)的碱基为胞嘧啶并用荧光染料标记；(P2’ )寡核苷酸，其具有在严格条件下与包含序列编号2所示的碱基序列中的第239 251位的碱基的碱基长为13 28的碱基序列杂交的序列，且与第239位的碱基对应(即，互补)的碱基为胞嘧啶并用荧光染料标记；(P3)寡核苷酸，其具有包含序列编号2所示的碱基序列中的第251 256位的碱基的碱基长为6 42的碱基序列或与之同源的序列，且第256位的碱基对应的碱基为胞嘧啶，(P3’ )经荧光染料标记的寡核苷酸，其具有在严格条件下与包含序列编号2所示的碱基序列中的第251 256位的碱基的碱基长为6 42的碱基序列的互补链杂交的序列，且第256位的碱基对应的碱基为胞嘧啶。(3) (I)或(2)记载的探针，其中，Pl和ΡΓ的寡核苷酸在从3’末端起数第I位 第3位具有经荧光染料标记的第307位碱基对应(即，互补)的碱基，P2和P2’的寡核苷酸在从3’末端起数第I位 第3位中的任何的位置具有经荧光染料标记的第239位碱基对应的碱基，P3和P3’的寡核苷酸在从3’末端起数第I位 第3位中的任何的位置具有经荧光染料标记的第256位碱基对应的碱基。(4) (I)或⑵记载的探针，其中，Pl和ΡΓ的寡核苷酸在3’末端具有经荧光染料标记的第307位碱基对应的碱基，P2和P2’的寡核苷酸在3’末端具有经荧光染料标记的第239位碱基对应(即，互补)的碱基，P3和P3’的寡核苷酸在3’末端具有经荧光染料标记的第256位碱基对应的碱基，(5) (I) (4)中任意一项记载的探针，所述荧光标记寡核苷酸在不与靶标序列杂 交的时候发出突光，并且与祀标序列杂交的时候突光强度减少或增加。(6) (5)记载的探针，所述荧光标记寡核苷酸在不与靶标序列杂交的时候发出荧光，并且在与IE标序列杂交的时候突光强度减少。(本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种多态性检测用探针，其是用于检测IL28B基因的多态性的探针，其特征在于包含下述P1或P1’的荧光标记寡核苷酸，(P1)寡核苷酸，其具有包含序列编号1所示的碱基序列中的第301～307位的碱基的碱基长为7～28的碱基序列或与之同源的序列，且与第307位的碱基对应的碱基为胞嘧啶并用荧光染料标记；(P1’)寡核苷酸，其具有在严格条件下与包含序列编号1所示的碱基序列中的第301～307位的碱基的碱基长为7～28的碱基序列的互补链杂交的序列，且与第307位的碱基对应的碱基为胞嘧啶并用荧光染料标记。
【技术特征摘要】
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【专利技术属性】
技术研发人员：黑濑薰，细见敏也，
申请(专利权)人：爱科来株式会社，
类型：发明
国别省市：
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