STR分型标准物质的制备方法技术

本发明专利技术公开了一种STR分型标准物质的制备方法。该制备方法包括如下步骤：将如下1)-31)的31个DNA片段混合得到DNA混合物。本发明专利技术围绕目前法医分子遗传学中业已发现的STR基因座位点，调查研究中国人群在上述位点中存在的全部等位基因，并利用生物统计技术研究每个等位基因的基因频率分布。在此基础上综合利用分子遗传学、分子生物学、细胞生物学、基因工程等实验技术，首次研发建立等位基因DNA信息库，包含STR基因座位点全部等位基因DNA片段，进而建立我国自主研发的法医DNA标准参照物体系，形成特有的人工合成的STR标准物质。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及法医DNA检验分析领域中一种STR分型标准物质的制备方法。
技术介绍
短串联重复序列(short tandem repeat, STR)又称为简单重复序列(simple sequence repeats, SSRs)，是人类基因组中分布较为广泛的一类遗传标记，其核心序列一般由2 6个碱基组成，核心序列的重复单位数目不同导致同一基因座中存在不同的等位基因。STR序列绝大多数分布于基因组非编码区，核心重复序列呈串联排列，扩增片段一般在400bp以下，目前在法医个人识别及亲子鉴定中得到了广泛应用。随着法医DNA检验分析技术的发展，其检验技术经历了限制性片段长度多态性 (RFLP)、短串联重复序列(STR)和单核苷酸多态性(SNP)等三个主要阶段。与此同时，检验过程中所用到的法医DNA标准物质也在不断发展。法医DNA标准物质不仅可以用来进行仪器的检验和校准、评价DNA检验结果的准确性和有效性、研究新的DNA检验方法，而且在实验室认可以及实验技术人员的培训及能力考核中也发挥着重要作用。美国国家标准与技术研究所(NationalInstitute of Standards and Technology,NIST)作为美国的商业部门，负责开发国家及国际标准物质。在NIST提供的标准物质中，有多种标准物质用于法医DNA的分型检测。NIST在1992年即推出了基于RFLP 分型技术的SRM2390，以后随着检验技术的发展，NIST又于1995年推出了基于VNTR分型的 SRM2391。自此以后，法医DNA检验技术的发展突飞猛进，尤其是STR基因座广泛应用于个体识别中，能够实现数字化记录检验结果，检验灵敏度大大提高。另外结合利用用复合扩增技术对基因座进行扩增，大大节省了实验时间，提高了个体识别率，因而STR技术迅速取代原来的VNTR技术，成为法医DNA检验中最重要的技术手段。与此同时，针对STR技术的法医DNA标准物质也成为研究重点，原来的SRM2391只有四个STR (ΤΗ01, F13A01，vffA和FES/ FPS)基因座的信息，这远远不能满足法医DNA检验中对STR基因座的信息要求，法医DNA检验要求SRM2391应包括所提供的全部DNA样本的STR信息，这些STR信息至少应包括FBI 实验室CODIS中的13个核心基因座。1998年6月NIST对SRM2391各个组分的25个基因座分型信息重新进行了分型检测，基因座包括FBI实验室CODIS中的13个核心基因座以及其它8个STR基因座，分别为 CSF1P0、D2S1338、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D19S433、 D21S11、F13A01、F13B、FES/FPS、FGA、LPL、Penta D、Penta Ε、THOl、TPOX, vWA、HLA-DQAU PolyMarker、DlS80和Amelogenin基因座。经过分型检测之后，NIST发布了 SRM2391的STR 基因分型值，新推出了针对STR检测的DNA标准物质SRM2391b，SRM2391b包括SRM2391的细胞组分和基因组DNA组分，而去除了扩增产物、D1S80等位基因分型混合物和DNA Marker。 只含有点样于直径6mm滤纸上的9947A和9948细胞，以及分别从9947A和9948两种细胞系和其它八个个体所提取的基因组DNA。目前在STR分型检验过程中，SRM2391b使用最为频繁。在日常法医DNA检验过程中，一般使用9947A或9948的基因组DNA作为阳性对照来进行质量控制，每次扩增检测结果可以首先参考阳性对照检测结果，以此判断检测过程和结果分析是否准确可靠。在实验室认可以及实验室技术人员能力考核过程中也大量使用该标准物质中的组分进行操作考核，这些应用使SRM2391b成为目前最为常用的法医DNA检验标准物质之一。同时，法医DNA分型标准物质的研发是DNA检验标准化与规范化过程中必不可少的环节，美国在法医DNA标准物质的研究方面保持国际领先，其发展是随着DNA检测技术和检验方法的不断创新而不断深入的，NIST提供的法医DNA标准物质用于法医各种分析技术的质量控制，例如线粒体DNA检测所用的SRM2392和SRM2392-I、用于Y染色体DNA分型所用的SRM2395等。然而，对于我国法医学领域常使用9947A和9948基因组DNA作为标准物质，然而上述两种基因组皆源自特定匿名供体的细胞所建立细胞系，通过后续的基因组DNA 提取及定量，最后完成定值并作为标准物质而使用的。上述标准物质具有一些不足之处，一是基因型为自然人所具有；二是需进行细胞系的建立，获取难度大，工作量大，程序复杂，成本高。本专利技术所提供一种人工合成的标准物质，基因型组合不一定为自然人所具有，可按照一定的原则设计出特有的基因型组合，具有独特的基因组合，可用作多种商业试剂盒所使用的标准物质。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种作为STR分型标准物质的DNA混合物的制备方法。上述制备方法包括如下步骤将如下1) -31)的31个DNA片段混合得到DNA混合物1)核苷酸序列至少为序列表中序列1的第271-318位所示的DNA片段、2)核苷酸序列至少为序列表中序列2第190-261所示的DNA片段、3)核苷酸序列至少为序列表中序列3第190-265所示的DNA片段、4)核苷酸序列至少为序列表中序列4第65-1 所示的 DNA片段、5)核苷酸序列至少为序列表中序列5第65-132所示的DNA片段、6)核苷酸序列至少为序列表中序列6第96-139所示的DNA片段、7)核苷酸序列至少为序列表中序列7第 44-103所示的DNA片段、8)核苷酸序列至少为序列表中序列8第44-115所示的DNA片段、 9)核苷酸序列至少为序列表中序列9第216-255所示的DNA片段、10)核苷酸序列至少为序列表中序列10第196-259所示的DNA片段、11)核苷酸序列至少为序列表中序列11第 105-144所示的DNA片段、12)核苷酸序列至少为序列表中序列12第105-148所示的DNA 片段、13)核苷酸序列至少为序列表中序列13第232-275所示的DNA片段、14)核苷酸序列至少为序列表中序列14第232-279所示的DNA片段、15)核苷酸序列至少为序列表中序列 15第230-285所示的DNA片段、16)核苷酸序列至少为序列表中序列16第230-281所示的 DNA片段、17)核苷酸序列至少为序列表中序列17第89-140所示的DNA片段、18)核苷酸序列至少为序列表中序列18第89-144所示的DNA片段、19)核苷酸序列至少为序列表中序列19第74-208所示的DNA片段、20)核苷酸序列至少为序列表中序列20第240-311所示的DNA片段、21)核苷酸序列至少为序列表中序列21第240-323所示的DNA片段、22)核苷酸序列至少为序列表中序列22第91-155所示的DNA片段、23)核苷酸序列至少为序列表中序列23第91-135所示的DNA片段、24)核苷酸序列至少为序列表中序列M第321-380所示的DNA片段、本文档来自技高网...

【技术保护点】
１．一种作为ＳＴＲ分型标准物质的ＤＮＡ混合物的制备方法，包括如下步骤：将如下１）－３１）的３１个ＤＮＡ片段混合得到ＤＮＡ混合物：１）核苷酸序列至少为序列表中序列１的第２７１－３１８位所示的ＤＮＡ片段、２）核苷酸序列至少为序列表中序列２第１９０－２６１所示的ＤＮＡ片段、３）核苷酸序列至少为序列表中序列３第１９０－２６５所示的ＤＮＡ片段、４）核苷酸序列至少为序列表中序列４第６５－１２４所示的ＤＮＡ片段、５）核苷酸序列至少为序列表中序列５第６５－１３２所示的ＤＮＡ片段、６）核苷酸序列至少为序列表中序列６第９６－１３９所示的ＤＮＡ片段、７）核苷酸序列至少为序列表中序列７第４４－１０３所示的ＤＮＡ片段、８）核苷酸序列至少为序列表中序列８第４４－１１５所示的ＤＮＡ片段、９）核苷酸序列至少为序列表中序列９第２１６－２５５所示的ＤＮＡ片段、１０）核苷酸序列至少为序列表中序列１０第１９６－２５９所示的ＤＮＡ片段、１１）核苷酸序列至少为序列表中序列１１第１０５－１４４所示的ＤＮＡ片段、１２）核苷酸序列至少为序列表中序列１２第１０５－１４８所示的ＤＮＡ片段、１３）核苷酸序列至少为序列表中序列１３第２３２－２７５所示的ＤＮＡ片段、１４）核苷酸序列至少为序列表中序列１４第２３２－２７９所示的ＤＮＡ片段、１５）核苷酸序列至少为序列表中序列１５第２３０－２８５所示的ＤＮＡ片段、１６）核苷酸序列至少为序列表中序列１６第２３０－２８１所示的ＤＮＡ片段、１７）核苷酸序列至少为序列表中序列１７第８９－１４０所示的ＤＮＡ片段、１８）核苷酸序列至少为序列表中序列１８第８９－１４４所示的ＤＮＡ片段、１９）核苷酸序列至少为序列表中序列１９第７４－２０８所示的ＤＮＡ片段、２０）核苷酸序列至少为序列表中序列２０第２４０－３１１所示的ＤＮＡ片段、２１）核苷酸序列至少为序列表中序列２１第２４０－３２３所示的ＤＮＡ片段、２２）核苷酸序列至少为序列表中序列２２第９１－１５５所示的ＤＮＡ片段、２３）核苷酸序列至少为序列表中序列２３第９１－１３５所示的ＤＮＡ片段、２４）核苷酸序列至少为序列表中序列２４第３２１－３８０所示的ＤＮＡ片段、２５）核苷酸序列至少为序列表中序列２５第３２１－４１０所示的ＤＮＡ片段、２６）核苷酸序列至少为列表中序列２６第１７０－１９７所示的ＤＮＡ片段、２７）核苷酸序列至少为序列表中序列２７第１７０－２０１所示的ＤＮＡ片段、２８）核苷酸序列至少为序列表中序列２８第１４３－２１４所示的ＤＮＡ片段、２９）核苷酸序列至少为序列表中序列２９第１４３－１９８所示的ＤＮＡ片段、３０）核苷酸序列至少为序列表中序列３０第２６３－２９４所示的ＤＮＡ片段和３１）核苷酸序列至少为序列表中序列３１第２２－１９１所示的ＤＮＡ片段。...

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：赵兴春，叶健，
申请(专利权)人：公安部物证鉴定中心，
类型：发明
国别省市：11