【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物医学领域，尤其涉及一种子宫内膜癌坏死性凋亡相关的mirna预后标志物及风险评估模型。
技术介绍
1、子宫内膜癌(endometrial carcinoma,ec)是最常见的妇科恶性肿瘤之一，2020年全球新发病例41722例，死亡病例97000例。近年来，ec的5年生存率，尤其是晚期的5年生存率一直很低。手术、化疗、放射治疗等多种治疗方法已被应用于ec的治疗，但其发病率和疾病相关死亡率仍在逐年上升，这表明根据传统的临床病理分期预测ec是不够的。因此，迫切需要发现ec患者的预后特征。
2、坏死性凋亡是一种程序性溶解性细胞死亡途径，主要由受体相互作用蛋白激酶(ripk1)、ripk3和混合谱系激酶结构域样(mlkl)介导。除了对病毒感染和发展的影响外，坏死性凋亡还在癌症生物学调控中发挥重要作用，包括肿瘤发生、癌症转移和癌症免疫。研究人员已经在癌细胞中证明了坏死性下垂的双重作用。坏死性凋亡的关键介质具有致癌作用，包括肿瘤转移和免疫抑制。也有报道称，当细胞凋亡受损时，坏死性凋亡可以防止肿瘤的发展。在不同类型的癌症中发现了坏死性凋亡信号通路中关键分子的下调，这暗示了坏死性凋亡通路在癌症中的抗肿瘤作用。例如，ripk3低表达在乳腺癌和结直肠癌患者中预示着预后不良。此外，据报道，坏死细胞通过向树突状细胞提供抗原和炎症刺激来启动适应性免疫，反过来，树突状细胞激活cd8-t细胞和抗肿瘤免疫。然而，坏死性凋亡调节因子尤其是mirna在预后中的具体作用和潜在的分子机制尚不清楚。
技术实现思路<
1、为解决
技术介绍
中存在的技术问题，本专利技术提供一种子宫内膜癌坏死性凋亡相关的mirna预后标志物及风险评估模型，建立一个与坏死性凋亡相关的mirna风险评估模型来预测ec患者的预后，并提供ec的潜在的mirna生物标志物。
2、本专利技术的技术解决方案是：本专利技术为一种子宫内膜癌坏死性凋亡相关的mirna预后标志物及风险评估模型，其特殊之处在于：所述风险评估模型包括：
3、1)数据来源：mirna-seq和rna-seq数据来自癌症基因组图谱(tcga)数据库；从mirbase中获得成熟的fasta格式mirna序列，利用进行mirna标注；
4、2)鉴别差异表达和有预后意义的坏死性凋亡相关的mirna：
5、2.1)纳入24个与坏死相关的mirna包括：mir-495-3p、mir-331-3p、mir-15a、mir-148a-3p、mir-7-5p、mir-141-3p、mir-425-5p、mir-200a-5p、mir-210、mir-223-3p、mir-500a-3p、mir-181a-5p、mir-16-5p、mir-26a、mir-92a-1-5p、mir-185-5p、mir-130、mir-155-5p、mir-223-5p、mir-675、mir-124-3p、mir-381-3p、mir-21-5p和mir-29b-3p，
6、2.2)采用r“edge r”技术对mirna在ec样品和正常内膜组织样品中的表达水平进行鉴定，p值<0.05，并用热图显示差异表达的mirna；
7、2.3)使用tcga-ec队列确定坏死性凋亡相关的mirna表达与ec患者总生存期(os)的相关性；
8、3)mirnas靶基因富集分析及功能分析：
9、3.1)使用mirdb、mirtarbase和targetscan预测mirna靶基因；
10、3.2)使用cytoscape生成mirna和靶基因相互作用网络；
11、3.3)使用r软件进行go和kegg富集分析；
12、4)肿瘤微环境分析及免疫浸润细胞分析：
13、4.1)采用estimate算法分析肿瘤免疫和基质细胞浸润水平及肿瘤纯度，并基于tcga数据库评估靶基因表达与免疫和基质评分的相关性；
14、4.2)采用spearman相关分析计算相关性；
15、4.3)采用cibersort算法评价免疫细胞对ec肿瘤微环境的浸润，使用r软件包corplot、vioplot和ggplot2对结果进行可视化；
16、5)子宫内膜癌坏死性凋亡相关的mirna预后标志物及风险评估模型的构建：
17、5.1)通过r“生存”和“森林图”包，进行单因素和多因素cox回归分析，得出与坏死相关的预后mirna特征，并纳入与预后相关的mirna进行进一步评估；
18、5.2)根据预后mirna定义风险评分；
19、5.3)采用r“生存”、“rocr”和“时间roc”包对3年和5年的os进行分析；
20、5.4)采用cox回归分析对临床参数：如年龄、分期，与风险评分进行分析。
21、进一步的，步骤5)之后还包括步骤6)ec中差异表达的坏死性凋亡相关mirna的鉴定：
22、通过比较ec组织和正常组织中24种坏死相关的mirna的表达水平，发现hsa-mir-141-3p、hsa-mir-200a-5p、hsa-29b-3p、hsa-mir-425-5p、hsa-mir-381-3p、hsa-mir-495-3p、hsa-mir-124-3p、hsa-mir-7-5p共8种mirna的表达有差异(p<0.001)，对这8种坏死相关mirna的单因素回归分析显示，其中4个：hsa-mir-124-3p、hsa-mir-381-3p、hsa-mir-425-5p和hsa-mir-7-5p，与ec患者的不良os显著相关，对这四种mirnas的多变量cox回归分析显示，hsa-mir-124-3p仍然与ec患者的不良os显著相关，分析8种坏死相关mirna的表达与患者生存之间的相关性，结果发现hsa-mir-124-3p和hsa-mir-425-5p的表达升高与不良os显著相关。
23、进一步的，步骤6)之后还包括步骤7)mirna-target基因分析：
24、由于hsa-mir-124-3p和hsa-mir-425-5p的表达升高与不良os之间存在显著关系，使用targetscan、mirdb和mirtarbase数据库预测hsa-mir-124-3p和hsa-mir-425-5p的靶基因，并进一步分析不同数据库中基因重叠的情况；使用cytoscape测定了mirna与靶基因之间的相关性；对383个靶基因进行富集分析，发现它们在多种生物过程中富集，包括细胞迁移、粘附和细胞连接组装；分子功能包括磷脂结合、钙粘蛋白结合和分子接头活性；以及包含粘附、细胞-底物连接和细胞-细胞连接的局灶细胞成分等；对靶基因进行kegg通路富集分析发现，其中靶基因富集于人巨细胞病毒感染、pi3k-akt信号通路、mapk信号通路中。
25、进一步的，步骤7)之后还包括步骤8)靶基因与预后相关性的评估：
26、对ec和正本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种子宫内膜癌坏死性凋亡相关的miRNA预后标志物及风险评估模型，其特征在于：所述风险评估模型包括：
2.根据权利要求1所述的子宫内膜癌坏死性凋亡相关的miRNA预后标志物及风险评估模型，其特征在于：步骤5)之后还包括步骤6)EC中差异表达的坏死性凋亡相关miRNA的鉴定：
3.根据权利要求2所述的子宫内膜癌坏死性凋亡相关的miRNA预后标志物及风险评估模型，其特征在于：步骤6)之后还包括步骤7)miRNA-Target基因分析：
4.根据权利要求3所述的子宫内膜癌坏死性凋亡相关的miRNA预后标志物及风险评估模型，其特征在于：步骤7)之后还包括步骤8)靶基因与预后相关性的评估：
5.根据权利要求4所述的子宫内膜癌坏死性凋亡相关的miRNA预后标志物及风险评估模型，其特征在于：步骤8)之后还包括步骤9)靶基因和免疫浸润在EC中的联系：
6.根据权利要求5所述的子宫内膜癌坏死性凋亡相关的miRNA预后标志物及风险评估模型，其特征在于：步骤9)之后还包括步骤10)EC中坏死性凋亡相关的miRNA预后风险评估模型的构建：<...
【技术特征摘要】
1.一种子宫内膜癌坏死性凋亡相关的mirna预后标志物及风险评估模型，其特征在于：所述风险评估模型包括：
2.根据权利要求1所述的子宫内膜癌坏死性凋亡相关的mirna预后标志物及风险评估模型，其特征在于：步骤5)之后还包括步骤6)ec中差异表达的坏死性凋亡相关mirna的鉴定：
3.根据权利要求2所述的子宫内膜癌坏死性凋亡相关的mirna预后标志物及风险评估模型，其特征在于：步骤6)之后还包括步骤7)mirna-target基因分析：
4.根据权利要求3所...
【专利技术属性】
技术研发人员：拓晓倩，王帆，黄剑峰，金雯，甘露，王雯智，
申请(专利权)人：陕西省人民医院陕西省临床医学研究院，
类型：发明
国别省市：
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