【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及驱动细胞命运的转录因子、细胞表面受体及其配体的鉴定以及应用。
技术介绍
1、细胞重编程/细胞疗法已经应用于癌症治疗。目前，已经可以对干细胞进行改造，以更好地保留特异性识别癌细胞的表观遗传记忆。这些干细胞能分化成t细胞或nk细胞从而导入肿瘤。
2、此外，细胞工程技术可用于制造良好的靶向癌细胞的免疫细胞，例如car-t细胞。自从yamanaka过表达四种转录因子(即oct4/klf4/sox2/myc)将真皮成纤维细胞重新编程为诱导的多能干细胞，许多研究已经表明过表达转录因子可引起细胞状态的变化，从而产生不同的细胞类型。研究表明，细胞命运可以经过表达少量转录因子(tf)(1-6个tf)来轻松操控。然而，当涉及2个或更多tf的应用时，目前超过1600个tf可以作为选择目标，这会转化为数百万种组合。即使选择的tf数量较少，但尝试不同tf组合的过程也相当耗时。业界已经开发出一些计算方法，用于预测对驱动细胞命运具有潜在重要性的tf。结合转录组数据库，这些计算方法已能够预测多种细胞类型的驱动tf，加速了新的细胞疗法进展。p>
3、目前，本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种鉴定用于将多能干细胞分化成靶细胞类型的配体的方法，包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中所述基因表达数据至少部分地从至少一个基因表达库获得。
3.如权利要求2所述的方法，其中所述基因表达库通过网络或便携式数据存储器访问，任选地选自以下中的一个或多个：FANTOM5库、GTeX库和人类细胞库(human cell atlas)。
4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述一种或多种靶细胞类型仅包括免疫细胞类型，所述一种或多种参考细胞类型仅包括非免疫细胞类型。
5.如权利要求4所述的方法，其中所述免疫细胞类型...
【技术特征摘要】
1.一种鉴定用于将多能干细胞分化成靶细胞类型的配体的方法，包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中所述基因表达数据至少部分地从至少一个基因表达库获得。
3.如权利要求2所述的方法，其中所述基因表达库通过网络或便携式数据存储器访问，任选地选自以下中的一个或多个：fantom5库、gtex库和人类细胞库(human cell atlas)。
4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述一种或多种靶细胞类型仅包括免疫细胞类型，所述一种或多种参考细胞类型仅包括非免疫细胞类型。
5.如权利要求4所述的方法，其中所述免疫细胞类型选自以下中的一种或多种：巨噬细胞、nk细胞、cd4+t细胞、cd8+t细胞、树突状细胞和浆细胞样树突状细胞(pdc)。
6.如权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述唯一性条件包括可调整的唯一阈值参数。
7.如权利要求1所述的方法，步骤(ii)进一步包括：
8.如权利要求7所述的方法，其中所述唯一性阈值参数确定基因数量，其中所选择的基因的数量不超过所述阈值参数并且代表排序最高的基因。
9.如权利要求7或8所述的方法，其中选择用于排序的基因是满足fdr阈值的基因，优选fdr的阈值小于0.05。
10.如权利要求1至9中任一项所述的方法，其中使用从所述基因表达数据获得的受体基因表达数据鉴定所述受体。
11.如权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述关联条件包括基于每个受体的基因与所述转录因子集的一个或多个基因之间的关联强度对受体进行排序，并基于排序结果选择受体集的受体。
12.如权利要...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘晓东，贺智勇，
申请(专利权)人：苏州艾凯利元生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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