【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及植物生物技术和植物分子育种，具体涉及一种花生40k液相snp芯片“peanutgbts40k”及其应用。
技术介绍
1、花生是世界范围内广泛栽培的油料与经济作物，也是人们重要的植物油脂和植物蛋白质来源之一。随着花生基因组测序的完成，基于现代生物技术和分子遗传改良技术成为未来分子设计育种的有力工具，而高密度、低成本的分子标记技术的设计与开发是开展分子设计育种的前提。
2、传统技术中的分子标记，例如限制性片段长度多态性(rflp)和简单序列重复(ssr)等已然在作物分子标记辅助育种领域发挥着重要作用。但是，这些分子标记在基因组分布数量少、通量低、操作技术繁琐、大规模分型成本高，导致难以大规模商业化应用。随着基因组从头测序和大规模重测序的发展，单核苷酸多态性(snp)标记成为现代分子育种的最重要标记。单核苷酸多态性主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性。snp是由单个碱基的转换或颠换所引起，也可由碱基的插入或缺失所致，既可能在基因序列内，也可能在基因以外的非编码序列上。snp在动植物基因组中分布广泛，具有密度高、遗传稳定和易于自动化分型等特点，已发展成为动物遗传变异研究中常见的分子标记。
3、目前，现有技术中用于snp位点分型的基因芯片技术主要包括固相芯片和液相芯片。固相芯片一般基于探针与dna序列的互补杂交，通过标记物的荧光显色信号进行分型，主流芯片检测包括illumina snp芯片、affymetrix snp芯片和agilent芯片等。在动物研究中，牛90k芯片、
4、为了克服上述缺陷，研究者开发了液相芯片。液相芯片是一种基于靶向测序基因型检测(gbts)的技术体系，广泛应用于不同物种的分子和基因型检测。根据所涉及的标记数量，gbts液相芯片由2个技术体系组成：genoplexs和genobaits，前者基于多重pcr的捕获测序技术，后者基于液相探针杂交的捕获测试技术。液相芯片技术具有便携式、自动化、高通量、智能化、低成本、高精准度、高灵敏度、对检测平台要求较低等优点。目前，已在黄瓜、辣椒、玉米、小麦、水稻、西兰花等作物种开发了多款液相芯片，应用于遗传作图、全基因组关联分分析、全基因组选择育种等领域。然而，在花生上，目前尚未有液相芯片的开发报道，处于空白状态。
5、为此，本专利技术旨在基于gbts技术体系的genobaits技术，开发了花生第一款高密度液相芯片“peanutgbts40k”，可应用于花生基因型检测、品种鉴定、基因遗传定位、全基因组关联分析、全基因组选择育种等领域，以解决上述现有技术中的问题。
技术实现思路
1、本专利技术的目的是为了解决上述问题，提供一种花生40k液相snp芯片“peanutgbts40k”及其应用，本专利技术的方案中该peanutgbts40k芯片能够用于花生基因型检测、品种鉴定、基因遗传定位、全基因组关联分析以及全基因组选择育种。
2、为了达到上述目的，本专利技术的技术方案如下：
3、本专利技术提供了一种花生40k液相snp芯片peanutgbts40k，所述花生40k液相snp芯片peanutgbts40k的基因分型位点包括40990个snp位点，且定位于花生参考基因组“伏花生”20条染色体和9条scaffold上。
4、进一步地，所述花生40k液相snp芯片peanutgbts40k含有一套用于检测与花生农艺性状相关的snp位点组合的核苷酸探针。
5、本专利技术还提供了一种分子标记检测方法，该分子标记检测方法基于上述所述的一种花生40k液相snp芯片peanutgbts40k实现，所述方法为基于液相芯片的snp位点分型方法。
6、本专利技术还提供了一种花生40k液相snp芯片peanutgbts40k的应用，所述花生40k液相snp芯片peanutgbts40k在制备花生品种的基因型检测、品种鉴定、基因遗传定位、全基因组关联分析、全基因组选择的产品中的应用。
7、与现有技术相比，本方案的有益效果：
8、1、本专利技术的peanutgbts40k液相芯片从大规模花生基因组重测序数据中筛选获得，其总共有40990个snp位点，包含了花生产量、品质、抗性等主要农艺性状的关联位点，在花生育种多个领域具有广阔的应用前景；
9、2、本专利技术的peanutgbts40k液相芯片是花生上第一款高密度液相芯片；基于靶向捕获测序技术可对目标位点进行分型，同时对目标位点侧翼序列的snp也可准确分型，可得到比标记位点更多的snp分型信息；可以对芯片位点进行灵活增删，位点选择的灵活性高，突破固相芯片的技术局限；液相芯片可利用二代测序平台，分型成本低、通量高。
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1.一种花生40K液相SNP芯片PeanutGBTS40K，其特征是：所述花生40K液相SNP芯片PeanutGBTS40K的基因分型位点包括40990个SNP位点，且定位于花生参考基因组“伏花生”20条染色体和9条Scaffold上。
2.如权利要求1所述的一种花生40K液相SNP芯片PeanutGBTS40K，其特征是：所述花生40K液相SNP芯片PeanutGBTS40K含有一套用于检测与花生农艺性状相关的SNP位点组合的核苷酸探针。
3.一种分子标记检测方法，其特征是：所述方法基于权利要求1-2任一项所述的一种花生40K液相SNP芯片PeanutGBTS40K实现，其特征是：所述方法为基于液相芯片的SNP位点分型方法。
4.如权利要求1-2任意一项所述的一种花生40K液相SNP芯片PeanutGBTS40K的应用，其特征是：所述花生40K液相SNP芯片PeanutGBTS40K在制备花生品种的基因型检测、品种鉴定、基因遗传定位、全基因组关联分析、全基因组选择的产品中的应用。
【技术特征摘要】
1.一种花生40k液相snp芯片peanutgbts40k，其特征是：所述花生40k液相snp芯片peanutgbts40k的基因分型位点包括40990个snp位点，且定位于花生参考基因组“伏花生”20条染色体和9条scaffold上。
2.如权利要求1所述的一种花生40k液相snp芯片peanutgbts40k，其特征是：所述花生40k液相snp芯片peanutgbts40k含有一套用于检测与花生农艺性状相关的snp位点组合的核苷酸探针。
<...【专利技术属性】
技术研发人员：鲁清，陈小平，洪彦彬，李少雄，刘浩，
申请(专利权)人：广东省农业科学院作物研究所，
类型：发明
国别省市：
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