【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子生物学领域，具体涉及一种鉴定湘妍和湘韵樱花杂交f1代的indel标记引物组合及检测方法。
技术介绍
1、樱花是蔷薇科rosaceae李属prunus樱亚属subg.cerasus植物的统称，因其具有极佳的观赏价值，在园林造景和城市美化方面得以广泛应用。樱属植物主要分布于北半球的温带与亚热带地区，全世界樱属植物150余种，中国有52种及变种，三分之一以上的樱属植物原产于中国。我国樱属植物不仅种类多，变异类型也十分丰富，具有广阔的开发利用前景。山樱花(prunus serrulata)、高盆樱桃(p.cerasoides)、尾叶樱桃(p.dielsiana)和钟花樱桃(p.campanulata)等野生樱花资源观赏性好，适应性强，遗传多样性丰富，是优异樱花种质创制和新品种培育的珍贵材料。
2、近百年来，人们通过自然变异筛选和杂交培育等方式获得了800多个樱花园艺品种。针对这些园艺品种，分类学家根据树形、花、果、叶、冬芽等形态特性提出三级、五级分类标准及花期、花色分类标准。由于不同学者对形态性状的判断标准存在差异，品种间性状交叉、重叠及在不同环境中具有很强的可塑性等，造成形态学鉴定的困难，从而造成品种名混淆，同物异名、异物同名等现象时常发生；且多数樱花先花后叶，花叶不同期，易于杂交，形态变异丰富多样，生活史长、花期相对较短，缺乏快速准确的鉴定方法。
3、‘湘妍’和‘湘韵’是分别从钟花樱和尾叶樱自然变异个体中选育的樱花新品种，其花色艳丽，树体高大，具有较高的园林观赏价值和广阔的应用前景，同时也是
技术实现思路
1、为了解决上述技术问题，本方案基于基因组重测序技术，挖掘适用于樱花基因型分析和杂交f1代鉴定的插入缺失突变(indel)位点，筛选可用于鉴定湘妍和湘韵杂交后代的indel标记，然后利用湘妍、湘韵及其杂交f1代的基因组dna对候选标记进行验证，获得特异性好、分辨率高的标记，从而达到快速、准确、高效鉴定f1代的目的。
2、为达到上述目的，本方案首先提供了一种鉴定湘妍和湘韵樱花杂交f1代的indel标记引物组合，所述indel标记引物组合包括idc10标记引物组和idg8标记引物组；
3、所述idc10标记引物组的核苷酸序列如seq id no.1～seq id no.2所示；
4、所述idg8标记引物组的核苷酸序列如seq id no.3～seq id no.4所示。
5、基于一个总的专利技术构思，本方案还提供了一种indel标记引物组合在鉴定湘妍和湘韵樱花杂交f1代真实性的检测方法，包括以下步骤：
6、s1、采用改良ctab法提取湘妍、湘韵和待测f1代样本叶片的总dna；
7、s2、以s1步骤的总dna为扩增模板，以idc10标记引物组和idg8标记引物组作为扩增引物，进行pcr扩增；
8、s3、对s2步骤的扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测，如果待测f1代样本在idc10标记或idg8标记的扩增产物中具有父本的特异性条带，则待测f1代样本是真正的湘妍、湘韵杂交后代；
9、所述s1步骤中湘妍为父本，湘韵为母本。
10、作为优选，所述s2步骤中pcr的反应体系为：2×taq master mix 12.5μl，10μmol/l的上、下游引物各1μl，ddh2o 9.5μl，50ng/μl的湘妍、湘韵或待测f1代材料的dna 1μl，反应体系共25μl。
11、作为优选，所述s2步骤中pcr的反应程序为：idc10标记的pcr反应程序：98℃预变性3min；94℃变性15s，57.6℃退火15s，72℃延伸30s，35次循环；72℃延伸3min，4℃保存；idg8标记的pcr反应程序：98℃预变性3min；94℃变性15s，57℃退火15s，72℃延伸30s，35次循环；72℃延伸3min，4℃保存。
12、与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：
13、(1)本专利技术所开发的indel分子标记引物组，通过pcr扩增、琼脂糖凝胶电泳检测，解决了通过形态无法完全鉴定杂交f1代真实性的问题，克服了周期较长，且受时间和植物生长发育阶段的限制的缺陷，能够快速、准确鉴定杂交f1代的需求，真实f1代植株能够扩增出父本带型，容易鉴定f1代的真实性。
14、(2)应用本专利技术中的2个indel标记对79个湘妍和湘韵的杂交f1代进行了检测，通过pcr产物电泳分析，结合idc10和idg82标记可以鉴定68个杂交f1代，鉴定率为86.08％，准确率可达到100％。
15、(3)总之，利用本专利技术indel标记方法鉴定湘妍和湘韵杂交f1代真实性，indel标记的稳定性好、特异性强、操作简便，且不受植物发育时期、生长阶段和环境影响，在仪器设备齐全的前提下，仅需3小时左右便可得到检测结果，且检测过程对仪器设备要求不高，常规pcr、琼脂糖凝胶电泳便可完成，操作步骤简单，结果准确可靠。
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1.一种鉴定湘妍和湘韵樱花杂交F1代的InDel标记引物组合，其特征在于，所述InDel标记引物组合包括IDC10标记引物组和IDG8标记引物组；
2.一种如权利要求1所述的InDel标记引物组合在鉴定湘妍和湘韵樱花杂交F1代真实性的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
3.根据权利要求2所述的检测方法，其特征在于，所述S2步骤中PCR的反应体系为：2×Taq Master Mix 12.5μL，10μmol/L的上、下游引物各1μL，ddH2O 9.5μL，50ng/μL的湘妍、湘韵或待测F1代材料的DNA 1μL，反应体系共25μL。
4.根据权利要求2所述的检测方法，其特征在于，所述S2步骤中PCR的反应程序为：IDC10标记的PCR反应程序：98℃预变性3min；94℃变性15s，57.6℃退火15s，72℃延伸30s，35次循环；72℃延伸3min，4℃保存；IDG8标记的PCR反应程序：98℃预变性3min；94℃变性15s，57℃退火15s，72℃延伸30s，35次循环；72℃延伸3min，4℃保存。
【技术特征摘要】
1.一种鉴定湘妍和湘韵樱花杂交f1代的indel标记引物组合，其特征在于，所述indel标记引物组合包括idc10标记引物组和idg8标记引物组；
2.一种如权利要求1所述的indel标记引物组合在鉴定湘妍和湘韵樱花杂交f1代真实性的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
3.根据权利要求2所述的检测方法，其特征在于，所述s2步骤中pcr的反应体系为：2×taq master mix 12.5μl，10μmol/l的上、下游引物各1μl，ddh2o 9.5...
【专利技术属性】
技术研发人员：严佳文，李建挥，舒东膂，禹霖，郑硕理，王思瑶，杨扬，阳秀玫，陈白冰，胡景堃，王华胜，
申请(专利权)人：湖南省植物园，
类型：发明
国别省市：
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