【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及医学和生物，尤其涉及一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法。
技术介绍
1、儿童急性上呼吸道感染是儿科常见疾病之一，包括感冒、流感、鼻炎、扁桃体炎等。儿童急性上呼吸道感染的症状相似，但病原体不同。因此，快速的确定感染病原体，有助于医生针对特定病原体进行治疗。根据不同病原体的检测结果，医生可以选择合适的治疗方案。例如，对于病毒性感染，主要采取对症治疗和支持性治疗；而对于细菌感染，可能需要使用抗生素，避免不必要的抗生素使用。
2、目前，用于病原检测的方法有细菌培养鉴定法、免疫病原检测法及核酸病原检测等几种方式。其中细菌培养鉴定法时间长、受样本和环境的影响大，不能快速准确的检测致病病原；免疫病原检测法检测病原体速度快，但其检测的准确性和灵敏度堪忧。
3、核酸病原检测是目前最适合病原体检测的方法，核酸检测的方法一般分为等温扩增和变温扩增。变温扩增的代表方法为pcr(聚合酶链式反应)；等温扩增则以lamp、rpa、rca等方法学为代表。
4、等温扩增的优点是检测灵敏度高，检测速度快，一般30分钟内即可完成1000拷贝/ml以下的病原微生物检测，而变温扩增完成检测需要90分钟甚至更长的时间；因此，等温扩增与儿童呼吸道病原的快速检测需求非常契合。而现实中，等温扩增应用的广泛性远低于变温扩增，究其根本原因为目前等温扩增对单碱基突变的区分度不高。
5、因此，如何增加等温扩增的单碱基区分能力是使得等温扩增得到更广泛应用的关键。
技术实现思路>
1、为了解决现有技术中存在的问题，本专利技术提供了如下技术方案，一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，针对环介导等温扩增(lamp)的单碱基分辨能力进行优化，使环介导等温扩增的单碱基区分能力有质的飞跃。
2、lamp扩增具有快速、灵敏的特征，被广泛应用于各种分子相关的检测领域，但由于lamp扩增由多组引物进行相互置换扩增，其对单碱基突变有很强的抗性，因此lamp扩增对单碱基突变(snp)识别效率低，难以有效区分单碱基变异。
3、如图1所示，lamp法的特征是针对靶基因上的六个区域设计四条引物，利用链置换型dna聚合酶在恒温条件下进行扩增反应，可在15-60分钟内实现109-1010倍的扩增；但也正是由于引物的区域过多，参与反应的引物数量过多，容易引起lamp的非特异扩增。lamp扩增一般包含三对引物分别为：f3、b3；fip、bip；lf、lb；其中fip、bip为主要的扩增引物，其性能的好坏直接导致lamp的扩增是否成功。
4、本专利技术一方面提供了一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，包括所述恒温扩增中fip、bip引物对的变更，包括：
5、s1，将fip、bip引物对序列的第一羟基进行封闭；
6、s2，在fip、bip引物对序列的单碱基突变的位点的特定位置碱基进行缺失设计，以产生缺碱基位点。
7、优选的，所述第一羧基为3’羟基。
8、优选的，所述单碱基突变的位点的特定位置为单碱基突变位点的左右相邻碱基。
9、优选的，所述单碱基突变的位点的特定位置为单碱基突变位点的左右1-2碱基处。
10、优选的，所述单碱基突变的位点的特定位置为单碱基突变位点的下游。
11、优选的，所述单碱基突变的位点的特定位置为单碱基突变位点的右侧。
12、优选的，所述fip、bip引物对序列的单碱基突变的位点与3’端第一碱基相隔4个以上的碱基。
13、本专利技术的第二方面在于提供一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计系统，包括所述恒温扩增中fip、bip引物对的变更，包括：
14、封闭模块(101)，用于将fip、bip引物对序列的第一羟基进行封闭；
15、缺失模块(102)，用于在fip、bip引物对序列的单碱基突变的位点的特定位置碱基进行缺失设计，以产生缺碱基位点。
16、本专利技术的第三方面提供了一种单碱基突变检测引物，其中所述单碱基突变检测引物由第一方面所述的单碱基突变检测引物设计方法形成。
17、本专利技术的第四方面提供了一种第三方面所述的单碱基突变检测引物在恒温扩增中的应用。
18、本专利技术的有益效果：
19、按照本专利技术设计的fip、bip引物参与lamp反应，显著提升了lamp扩增的单碱基突变能力。
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1.一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，其特征在于，包括所述恒温扩增中FIP、BIP引物对的变更，包括：
2.根据权利要求1所述的一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，其特征在于，所述第一羧基为3’羟基。
3.根据权利要求2所述的一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，其特征在于，所述单碱基突变的位点的特定位置为单碱基突变位点的左右相邻碱基。
4.根据权利要求3所述的一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，其特征在于，所述单碱基突变的位点的特定位置为单碱基突变位点的左右1-2碱基处。
5.根据权利要求3-4任一所述的一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，其特征在于，所述单碱基突变的位点的特定位置为单碱基突变位点的下游。
6.根据权利要求3-4任一所述的一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，其特征在于，所述单碱基突变的位点的特定位置为单碱基突变位点的右侧。
7.根据权利要求6所述的一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，其特征在于，所述FIP、BIP引物对序列
8.一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计系统，用于实施权利要求1-7任一所述的方法，其特征在于，包括所述恒温扩增中FIP、BIP引物对的变更，包括：
9.一种单碱基突变检测引物，其中所述单碱基突变检测引物由权利要求1-7任一所述的单碱基突变检测引物设计方法形成。
10.一种权利要求9所述的单碱基突变检测引物在恒温扩增中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，其特征在于，包括所述恒温扩增中fip、bip引物对的变更，包括：
2.根据权利要求1所述的一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，其特征在于，所述第一羧基为3’羟基。
3.根据权利要求2所述的一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，其特征在于，所述单碱基突变的位点的特定位置为单碱基突变位点的左右相邻碱基。
4.根据权利要求3所述的一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，其特征在于，所述单碱基突变的位点的特定位置为单碱基突变位点的左右1-2碱基处。
5.根据权利要求3-4任一所述的一种用于恒温扩增的单碱基突变检测引物设计方法，其特征在于，所述单碱基突变的位点的特定位置为单碱基突变位点的下游...
【专利技术属性】
技术研发人员：倪鑫，王磊，李金芝，
申请(专利权)人：首都医科大学附属北京儿童医院，
类型：发明
国别省市：
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