【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因育种，尤其涉及一种番茄隐性核雄性不育基因及indel分子标记和应用。
技术介绍
1、dna分子标记是指能反映生物个体或种群间基因组遗传差异的特异dna片段。传统的植物育种主要依赖于育种家对植株表现型的选择。环境条件、基因间互作、基因型与环境互作等多种因素均会影响植株表型选择准确性从而降低育种效率。一个优良品种的培育往往需花费7～8年甚至十几年时间。如何提高选择效率，是育种工作的关键。近年来，随着分子生物学和基因组学的快速发展，分子选择育种应运而生，利用已掌握的植物表型与基因型相关信息，研究人员可以直接利用基因型数据对表型进行选择。分子选择育种包括前景选择和背景选择，前景选择建立在基因定位和qtl作图的基础之上，前景选择的可靠性取决于标记与目标基因之间的连锁程度，标记与目标基因连锁越紧密，则标记辅助育种的准确率越高；而背景选择主要指遗传背景的恢复，育种材料间遗传距离、亲缘关系分析等。
2、雄性不育株系的选育是解决番茄杂种优势利用问题的根本途径，同时也是保证品种纯度的有效措施。然而，将雄性不育性状导入所需要的亲本材料中形成新的不育系需要多次回交，借助分子标记对目标性状基因型进行选择。分子标记辅助育种缩短了育种年限，加快了育种进程，提高了育种效率，克服了很多常规育种方法中的困难。因此，针对基因中引起功能变异的碱基序列，设计与隐性核雄性不育、雌性可育表型完全一致且操作简便、分型快速、使用灵活、费用低廉的分子标记，将成为广大育种者不可或缺的辅助育种工具。
3、目前有关番茄隐性核雄性不育基因的研究开
技术实现思路
1、为解决上述技术问题，本专利技术提供了一种番茄隐性核雄性不育基因及indel分子标记和应用。
2、第一方面，本专利技术提供了一种番茄隐性核雄性不育基因，所述番茄隐性核雄性不育基因的核苷酸序列如seq id no.4所示。
3、第二方面，本专利技术提供了一种与番茄育性相关的indel分子标记基因片段，所述indel分子标记基因片段的多态性为插入/缺失序列，所述插入序列通过序列如seq idno.5和seq id no.7所示的特异性引物对扩增得到；所述缺失序列通过序列如seq id no.6和seq id no.7所示的特异性引物对扩增得到。
4、优选地，所述插入序列的长度为105bp，所述缺失序列的长度为98bp。
5、第三方面，本专利技术提供了一种用于鉴定番茄育性的特异性引物组合物，所述特异性引物组合物包括序列如seq id no.5、seq id no.6和seq id no.7所示的引物。
6、第四方面，本专利技术提供了用于鉴定番茄育性的试剂或试剂盒，所述试剂或试剂盒包括所述特异性引物组合物。
7、第五方面，本专利技术提供了所述番茄隐性核雄性不育基因，或者所述indel分子标记基因片段，或者所述特异性引物组合物，或者所述试剂或试剂盒在番茄育种、制种或鉴定番茄育性中的应用；
8、优选地，所述应用包括以下所示方式中的至少一种：
9、(1)鉴定或选育番茄普通核雄性不育种质资源；
10、(2)番茄杂交育种和制种；
11、(3)番茄不育系的种质资源改良；
12、(4)番茄育性检测鉴定。
13、第六方面，本专利技术提供了一种检测番茄slfac基因型的方法，以番茄基因组dna为模板，使用序列如seq id no.5、seq id no.6和seq id no.7所示的引物进行pcr扩增，根据扩增产物的电泳带型判断番茄的slfac基因型。
14、优选地，所述判断方法包括：
15、若只出现105bp条带，则判断待测样品为纯合野生型基因型；
16、若只出现98bp条带，则判断待测样品为纯合突变型基因型；
17、若同时出现105bp和98bp条带，则判断待测样品为杂合基因型。
18、第七方面，本专利技术提供了一种检测番茄育性的方法，以番茄基因组dna为模板，使用序列如seq id no.5、seq id no.6和seq id no.7所示的引物进行pcr扩增，根据扩增产物的电泳带型判断番茄的育性。
19、优选地，所述判断方法包括：
20、若只出现105bp条带，或者同时出现105bp和98bp条带，则判断待测样品的育性正常；
21、若只出现98bp条带，则判断待测样品为雄性不育。
22、有益效果：
23、本专利技术提供了番茄隐性核雄性不育基因及indel分子标记和应用。利用本专利技术提供的分子标记检测slfac突变体，碱基突变的番茄品系表现出隐性雄性核不育性状。可将本专利技术的分子标记用于鉴定或选育雄性不育番茄种质资源，还可用于番茄基因slfac分型以及番茄分子标记辅助育种。
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1.番茄隐性核雄性不育基因，其特征在于，所述番茄隐性核雄性不育基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。
2.与番茄育性相关的InDel分子标记基因片段，其特征在于，所述InDel分子标记基因片段的多态性为插入/缺失序列，所述插入序列通过序列如SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.7所示的特异性引物对扩增得到；所述缺失序列通过序列如SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.7所示的特异性引物对扩增得到。
3.根据权利要求2所述InDel分子标记基因片段，其特征在于，所述插入序列的长度为105bp，所述缺失序列的长度为98bp。
4.用于鉴定番茄育性的特异性引物组合物，其特征在于，所述特异性引物组合物包括序列如SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.7所示的引物。
5.用于鉴定番茄育性的试剂或试剂盒，其特征在于，包括权利要求4所述特异性引物组合物。
6.权利要求1所述番茄隐性核雄性不育基因，或者权利要求2或3所述InDel分子标记基因片段，或者权利要求4所述特异性引物组合物，或者权利
7.检测番茄SlFAC基因型的方法，其特征在于，以番茄基因组DNA为模板，使用序列如SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.7所示的引物进行PCR扩增，根据扩增产物的电泳带型判断番茄的SlFAC基因型。
8.根据权利要求7所述检测番茄SlFAC基因型的方法，其特征在于，所述判断方法包括：
9.检测番茄育性的方法，其特征在于，以番茄基因组DNA为模板，使用序列如SEQ IDNO.5、SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.7所示的引物进行PCR扩增，根据扩增产物的电泳带型判断番茄的育性。
10.根据权利要求9所述检测番茄育性的方法，其特征在于，所述判断方法包括：
...【技术特征摘要】
1.番茄隐性核雄性不育基因，其特征在于，所述番茄隐性核雄性不育基因的核苷酸序列如seq id no.4所示。
2.与番茄育性相关的indel分子标记基因片段，其特征在于，所述indel分子标记基因片段的多态性为插入/缺失序列，所述插入序列通过序列如seq id no.5和seq id no.7所示的特异性引物对扩增得到；所述缺失序列通过序列如seq id no.6和seq id no.7所示的特异性引物对扩增得到。
3.根据权利要求2所述indel分子标记基因片段，其特征在于，所述插入序列的长度为105bp，所述缺失序列的长度为98bp。
4.用于鉴定番茄育性的特异性引物组合物，其特征在于，所述特异性引物组合物包括序列如seq id no.5、seq id no.6和seq id no.7所示的引物。
5.用于鉴定番茄育性的试剂或试剂盒，其特征在于，包括权利要求4所述特异性引物组合物。
...【专利技术属性】
技术研发人员：唐杰，李新鹏，刘昊，吴春瑜，安保光，韩晓斌，
申请(专利权)人：海南波莲科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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