【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于基因检测领域，具体涉及一种用于猴痘病毒全基因组扩增的引物组及其应用。
技术介绍
1、猴痘是由猴痘病毒(mpox virus，mpxv)感染所致的一种人兽共患病。猴痘病毒属于痘病毒科正痘病毒属，为基因组全长约197kb的双链dna病毒，1958年首次在猴子中发现该病毒。猴痘病毒分为两个进化分支：(1)分支i，曾称为中非分支或刚果盆地分支；(2)分支ii，曾称为西非分支，进一步分为iia和iib分支。其中引发2022年全球非地方性流行区猴痘暴发疫情的毒株为iib分支。iib分支目前已出现较多亚分支，包括a.1、a.2和b.1等亚分支。
2、为指导各地科学精准做好猴痘防控工作，及时组织开展流行病学调查，分析传播链和传播特征，需要进行猴痘病毒的全基因组分析。
3、中国专利申请cn116987821a公开了一种检测猴痘病毒的荧光定量pcr试剂盒，包括引物组，所述引物组包括靶标基因上游引物和靶标基因下游引物，该申请针对猴痘病毒设计特异性引物探针，并以rnase p作为内标，结合荧光定量pcr技术，使用特异性探针对定量分子进行识别。
4、中国专利申请cn101407850a公开了猴痘病毒的pcr快速检测试剂盒及其检测方法，包括试剂a、b、pcr试剂管、taqdna聚合酶、含有猴痘病毒特异的f3l基因片断的puc57质粒的阳性对照和灭菌的双蒸水阴性对照组成的试剂盒。采用简单快速敏感的pcr检测试剂盒，根据猴痘病毒所特有的一段保守序列设计特异引物并进行扩增比较，在3-4小时即可得知猴痘病毒检测结果
5、目前本领域大多采用荧光定量pcr检测猴痘病毒，虽然可以快速鉴定样本是否存在猴痘病毒，但普遍存在假阳性，检测不够准确，且不能确定猴痘病毒具体的分支，不利于监测猴痘病毒的变异和流行情况。
技术实现思路
1、在病毒全基因组级别的测序技术方案中，目前扩增子测序法仍是应用最广的方法。但猴痘基因组较大，很容易出现扩增不均匀的情况，进而影响最终的测序结果以及鉴定准确性。目前急需出现一个扩增均一、覆盖度良好的猴痘全基因组扩增引物组。
2、有鉴于此，本专利技术特此提供了一种用于猴痘病毒全基因组扩增的引物组。
3、为了实现上述技术目的，本专利技术提供了以下技术方案：
4、本专利技术的目的之一，在于提供一种用于猴痘病毒全基因组扩增的引物组，所述引物组包括：
5、(1)第一引物组，其包括选自如seq id no:1-178所示的序列中的至少两种；和
6、(2)第二引物组，其包括选自如seq id no:179-358所示的序列中的至少两种。
7、在一些实例中，所述第一引物组包括如seq id no:1-178所示的序列。
8、在一些实例中，所述第二引物组包括选自如seq id no:179-358所示的序列。
9、在一些实例中，所述引物组中互为上游引物和下游引物的引物对的扩增产物大于600bp。
10、在一些实例中，所述引物组中互为上游引物和下游引物的引物对的扩增产物在600-2500bp之间。
11、本专利技术的目的之二，在于提供前述任一引物组在制备猴痘病毒全基因组扩增的检测试剂中的应用。
12、本专利技术的目的之三，在于提供一种用于猴痘病毒全基因组扩增的检测试剂，所述检测试剂包括前述任一引物组。
13、在一些实例中，所述检测试剂还包括以下至少一种组分：
14、pcr扩增试剂，例如dna聚合酶，优选高保真酶；反应溶剂，例如无菌水、蒸馏水等；缓冲液等。
15、本专利技术的目的之四，在于提供一种用于猴痘病毒全基因组扩增的试剂盒，所述试剂盒包括前述任一引物组或前述任一检测试剂。
16、在一些实例中，所述试剂盒还包括以下至少一种组分：
17、扩增模板、阳性质控品、阴性质控品等。
18、本专利技术的目的之五，在于提供一种构建猴痘病毒测序文库的方法，所述方法包括：
19、1)从待测样本中分离核酸；
20、2)采用前述任一引物组、检测试剂或试剂盒扩增所述核酸，得到扩增产物；
21、3)纯化步骤2)中所述扩增产物，得到猴痘病毒测序文库。
22、在一些实例中，所述待测样本为包含或疑似包含猴痘病毒的样本。
23、在一些优选的实例中，所述待测样本包括，但不限于皮疹上盖、痂皮、水疱液、脓疱液、抗凝全血和血清至少一种。
24、在一些实例中，步骤3)中纯化包括以下步骤：
25、(ⅰ)使结合有捕获介质的固相支持物与步骤2)中所述扩增产物在杂交条件下接触，以使捕获介质与扩增产物杂交，得到杂交产物；
26、(ⅱ)从所述杂交产物中分离固相支持物，得到纯化的扩增产物。
27、在一些实例中，所述固相支持物包括，但不限于磁珠。
28、在一些实例中，所述步骤3)还包括将纯化的扩增产物片段化。
29、本专利技术的目的之六，在于提供一种确定猴痘病毒序列的方法，所述方法包括：
30、(ⅰ)对前述任一构建猴痘病毒测序文库的方法所得的猴痘病毒测序文库进行测序，得到测序结果；
31、(ⅱ)分析所述测序结果，以确定猴痘病毒序列。
32、在一些实例中，步骤(ⅰ)中所述测序为基因组测序，优选二代测序或三代测序。
33、本专利技术针对猴痘病毒提供的引物组，可以实现猴痘病毒全基因组扩增，基因覆盖度在30×以上的片段占比在99.9％以上，且测序深度最高可达90000×。同时本专利技术提供的引物组灵敏度较佳，在以ct值为32的模板进行扩增测序时，测序深度在30×以上的覆盖度依然可达99.0％。
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1.一种用于猴痘病毒全基因组扩增的引物组，其特征在于，所述引物组包括：
2.根据权利要求1所述的引物组，其特征在于，所述第一引物组包括如SEQ ID NO:1-178所示的序列。
3.根据权利要求1或2所述的引物组，其特征在于，所述第二引物组包括如SEQ ID NO:179-358所示的序列。
4.根据权利要求1-3中任一所述的引物组在制备用于猴痘病毒全基因组扩增的检测试剂中的应用。
5.一种用于猴痘病毒全基因组扩增的检测试剂，其特征在于，所述检测试剂包括权利要求1-3中任一所述的引物组。
6.根据权利要求5所述的检测试剂，其特征在于，所述检测试剂还包括以下至少一种组分：
7.一种用于猴痘病毒全基因组扩增的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1-3中任一所述的引物组或权利要求5-6中任一所述的检测试剂。
8.根据权利要求7所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括以下至少一种组分：
9.一种构建猴痘病毒测序文库的方法，其特征在于，所述方法包括：
10.根据权利要求9所
11.根据权利要求9或10所述的方法，其特征在于，所述待测样本包括皮疹上盖、痂皮、水疱液、脓疱液、抗凝全血和血清至少一种。
12.根据权利要求11所述的方法，其特征在于，步骤3)中纯化包括以下步骤：
13.根据权利要求12所述的方法，其特征在于，所述固相支持物包括磁珠。
14.根据权利要求13所述的方法，其特征在于，所述步骤3)还包括将纯化的扩增产物片段化。
15.一种确定猴痘病毒序列的方法，其特征在于，所述方法包括：
16.根据权利要求15所述的方法，其特征在于，步骤(Ⅰ)中所述测序为基因组测序，优选二代测序或三代测序。
...【技术特征摘要】
1.一种用于猴痘病毒全基因组扩增的引物组，其特征在于，所述引物组包括：
2.根据权利要求1所述的引物组，其特征在于，所述第一引物组包括如seq id no:1-178所示的序列。
3.根据权利要求1或2所述的引物组，其特征在于，所述第二引物组包括如seq id no:179-358所示的序列。
4.根据权利要求1-3中任一所述的引物组在制备用于猴痘病毒全基因组扩增的检测试剂中的应用。
5.一种用于猴痘病毒全基因组扩增的检测试剂，其特征在于，所述检测试剂包括权利要求1-3中任一所述的引物组。
6.根据权利要求5所述的检测试剂，其特征在于，所述检测试剂还包括以下至少一种组分：
7.一种用于猴痘病毒全基因组扩增的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1-3中任一所述的引物组或权利要求5-6中任一所述的检测试剂。
8.根据权利要求7所述的试剂...
【专利技术属性】
技术研发人员：宋玉凤，刘燕霞，田谷，王雷，张志强，
申请(专利权)人：北京卓诚惠生生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
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