【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子标记，具体地说，涉及一种snp分子标记及其在鉴定猪耐冷热性中的应用。
技术介绍
1、猪(sus scrofa)是重要的农业经济动物之一。其起源于东南亚热带雨林，在相对较短的时间内迅速适应了多种新环境，包括青藏高原，欧亚北部在内的高低海拔地区、近东和北非的温暖气候以及欧洲大陆的温带气候。环境温度在猪的驯化过程中是重要的推动作用之一。
2、热应激是指高温环境对生猪生产造成的不利影响，当环境温度超过猪的舒适温度区间上限时，猪就会出现热应激。热应激对猪的生理影响是全身性的，其两个典型表现是能繁母猪群体的生殖能力下降以及生长/育肥猪的生长速度减缓，从而导致生猪养殖成本升高。理解和减轻热应激对猪的生理影响是过去十年里的一个关键研究课题。
3、三磷酸腺苷结合盒转运体a1(atp binding cassette subfamily amember 1,abca1)是由abca1基因编码的一类膜整合蛋白，属于三磷酸腺苷结合盒转运体(abc)超家族成员之一。目前已发现7个abc亚家族共48个成员，abca亚家族共有12个成员。当前有关abca1的研究主要集中在胆固醇、动脉粥样硬化、冠心病、青光眼等的研究上面。abca1主要参与胆固醇运输，并在新生的高密度脂蛋白形成中与载脂蛋白a-i(apoa-i)结合，通过促进细胞内游离胆固醇和磷脂的流出，参与体内胆固醇逆转运(rct)和高密度脂蛋白的形成过程。kyriakou等人发现，abca1基因启动子区的565c>t多态性不仅与abca1表达的变化有关，而且与
技术实现思路
1、本专利技术的目的之一在于提供一种鉴别猪耐冷热性的新方法。
2、为了实现该目的，本专利技术的技术方案如下：
3、第一方面，本专利技术提供与猪耐冷热性相关的snp分子标记，其具有如seq id no.1所示序列第124位的多态性为g/a的核苷酸序列。
4、本专利技术所述snp分子标记具有所述多态性的位点的基因型为gg，对应于猪耐冷性强；基因型为aa，对应于猪耐热性强。
5、第二方面，本专利技术提供用于扩增上述snp分子标记的引物，其具有如seq id no.2-3所示的核苷酸序列。
6、第三方面，本专利技术提供含有上述引物的试剂或试剂盒。
7、第四方面，本专利技术提供上述snp分子标记或引物或试剂或试剂盒的以下任一应用：
8、(1)用于耐高/低温猪品种的鉴定及改良；
9、(2)用于猪耐高/低温性状早期预测；
10、(3)用于与猪耐冷热性相关的分子标记辅助育种。
11、第五方面，本专利技术提供鉴定猪耐冷热性表型的方法，其包括：
12、1)提取待测猪的基因组dna；
13、2)以待测猪的基因组dna为模板，利用seq id no.2-3所示的引物进行pcr扩增反应；
14、3)分析pcr扩增产物中上述snp分子标记的多态性位点的基因型，根据所述基因型判断待鉴定猪的耐冷热性。
15、本专利技术方法的步骤3)中所述判断待鉴定猪的耐冷热性的方法如下：
16、若所述snp分子标记的多态性位点的基因型为gg，则待鉴定猪猪耐冷性强，所述耐冷性强指猪可长期生活于年均温小于10℃以下地区，且能保持良好生产性状；若基因型为aa，则待鉴定猪耐热性强，所述耐热性强指猪可长期生活于年均温大于20℃以上地区，且能保持良好生产性状。
17、本专利技术中，良好生产性状是指，猪产肉性状，繁殖性状均处于正常水平，并未受到当地环境温度影响。
18、本领域技术人员可根据本领域常识确定不同地区家猪的正常水平，正常水平一般指生长速度快(各期体重达到或超过标准)；饲料转化率好，料重比(饲料量/体重增量)较低；产仔数≥标准；疾病发生率低；存活率高。
19、本专利技术的有益效果至少在于：
20、本专利技术通过调查abca1基因在中国炎热地区和寒冷地区猪种之间的表达差异，确定了可用于分析abca1基因与炎热适应性状关联的变异位点，为改良生猪适应能力以及抗逆性强的猪种提供了新的分子标记。
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1.与猪耐冷热性相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记具有如SEQ IDNO.1所示序列第124位的多态性为G/A的核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记具有所述多态性的位点的基因型为GG，对应于猪耐冷性强；基因型为AA，对应于猪耐热性强。
3.用于扩增权利要求1或2所述的SNP分子标记的引物，具有如SEQ ID NO.2-3所示的核苷酸序列。
4.含有权利要求3所述的引物的试剂或试剂盒。
5.权利要求1或2所述的SNP分子标记或权利要求3所述的引物或权利要求4所述的试剂或试剂盒的以下任一应用：
6.鉴定猪耐冷热性表型的方法，其特征在于，包括：
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤3)中所述判断待鉴定猪的耐冷热性的方法如下：
【技术特征摘要】
1.与猪耐冷热性相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记具有如seq idno.1所示序列第124位的多态性为g/a的核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记具有所述多态性的位点的基因型为gg，对应于猪耐冷性强；基因型为aa，对应于猪耐热性强。
3.用于扩增权利要求1或2所述的snp分子标记的引物，具有如s...
【专利技术属性】
技术研发人员：易国强，王震，宋邦敏，李兴正，
申请(专利权)人：中国农业科学院农业基因组研究所，
类型：发明
国别省市：
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