【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物，尤其涉及一种山羊14号染色体上与生长性状相关的snp分子标记rs645505906的应用。
技术介绍
1、山羊作为我国古代最早驯化的家畜之一，为人们的生活提供了肉、奶、毛等多种畜产品。目前，我国每年需要从新西兰和澳大利亚进口大量冻带骨绵羊肉和冻整头绵羊肉等羊肉制品，并且自2012年起成为世界上最大羊肉进口国。东宝黑头羊是地方品种改良的肉用山羊，其肉质鲜美，膻味轻，同时保持了母本麻城黑山羊的高繁殖力水平，但年产肉量有待提高。山羊的生长性状包括体重、体尺、日增重和料肉比等方面，这些性状对于山羊的产肉能力具有重要影响。
2、单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,snp)指的是由个体间基因组中同一位置单个核苷酸(a、t、c和g)发生变异所引起的dna序列的多态性，主要包括碱基的转换、颠换、插入或缺失等四种形式。snp具有数量多、分布广、杂合率低、遗传稳定性好、适用于高通量自动化检测等特点。因此，snp可作为分子育种、基因定位、群体进化等研究的首选工具。借助现代选择育种技术，通过将具有显著效应的分子标记加入到分子标记辅助选择(marker associated selection,mas)、基因组选择(genomic selection,gs)中，能显著提高山羊生长性状的遗传改良进展，进而提高后代山羊产肉量，推动我国山羊产业的高效发展。全基因组关联分析(genome-wide association studies,gwas)技术有助于高效筛选出对表型具有显著影响的分子标
3、目前已经报道的与山羊生长性状相关的snp位点包括山羊nfat5基因中c.*454c>g位点、山羊rsad2基因中c.*1103g>a位点、山羊zbp1基因中g.7919g>a位点。筛选新的与山羊生长性状相关的snp位点，为山羊的分子标记辅助选择提供了新分子标记资源，加快种羊育种改良的进程。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于筛选出一种与山羊生长性状相关联的分子标记rs645505906，利用该分子标记在山羊生长性状检测或山羊育种中的应用。
2、本专利技术的技术方案如下：
3、本专利技术的目的在于，提供一种山羊snp分子标记在山羊生长性状检测或山羊育种中的应用，所述snp分子标记为山羊14号染色体上的rs645505906，该snp位点上下游50bp的核苷酸序列如下所示(seq id no:1)：
4、atatacatacataaaatattcagcgtggtgcccaaatcaatcacgta tatn(c/a)atttcttcaagaatcattttttgggtgttgtttctgggctaa gtactaag。
5、上述序列的第51位碱基处的n为一个c51-a51的等位基因突变，该突变使seq idno:1序列产生了核苷酸多态性。该分子标记可以作为检测与山羊生长性状相关的分子标记，且当seq id no:1所示序列上的第51位核苷酸为a时，有利于山羊拥有较高的12月龄体重。
6、本专利技术对山羊的品种不做限定，可选的为东宝黑头羊、麻城黑山羊、波尔山羊、宜昌白山羊和马头山羊等山羊品种。
7、本专利技术的另一个目的在于，提供一种试剂或试剂盒，包括检测上述snp分子标记的引物。本领域技术人员可根据引物设计原则设计可扩增seq id no:1所示序列的引物，以检测本专利技术与山羊生长性状相关的snp标记基因型，从而预测山羊生长性状，尤其是12月龄体重。
8、本专利技术的上述试剂或试剂盒能够用于在山羊生长性状检测或山羊育种中的应用。所述山羊生长性状为山羊12月龄体重。
9、本专利技术的另一个目的在于，提供一种检测山羊生长性状的方法，检测山羊的上述seq id no:1序列中，n标记的单核苷酸是c还是a。所述山羊生长性状为山羊12月龄体重。
10、作为一种实施方式，利用扩增seq id no:1所示序列的引物对待测山羊的材料进行基因分型，aa型山羊的12月龄体重优于cc型山羊。优选的，用上述试剂或试剂盒进行检测。
11、本专利技术的另一个目的在于，还提供了一种筛选上述snp分子标记的方法，包括以下步骤：
12、①提取山羊基因组dna，进行全基因组低深度和高深度重测序，得到原始测序数据；
13、②对原始测序数据质控，比对到山羊参考基因组，采用sentieon+beagle策略对样本的所有常染色体进行遗传变异检测和基因型填充，获得高质量snp位点数据；
14、③通过rmvp软件使用farmcpu模型将snp位点与山羊12月龄体重进行gwas分析，得到所述山羊生长性状相关的snp分子标记。
15、作为一种实施方式，所述低深度为1-2x，所述高深度为15-20x；优选低深度数量要高于高深度，以较少的高深度测序结果对较多的低深度测序结果进行基因型填充，降低测序成本。
16、本专利技术的另一个目的在于，提供一种提高山羊生长性状的遗传育种方法，确定山羊核心群中种羊的上述snp分子标记，并根据山羊snp分子标记做出相应的选择：种羊的继代选育挑选snp标记中第51位碱基为ca型和/或aa型的个体，淘汰cc型个体，以逐代提高该位点基因a的频率，从而提高后代山羊的12月龄体重性能。
17、本专利技术的有益效果：
18、本专利技术通过低深度重测序与基因型填充结合，并利用gwas分析策略筛选到了影响山羊生长性状的显著snp分子标记，将其用于分子标记辅助选择和基因组选择中，选择对提高山羊生长性状有利的基因型进行留种，从而逐代提高优势等位基因的基因频率，则能加快种羊育种改良的进程，为山羊养殖带来巨大经济效益。
19、本专利技术验证了该snp分子标记对山羊12月龄体重的影响效应，可将其应用于种羊提高12月龄体重的遗传改良中，从而提高后代12月龄体重，进而增加养殖企业市场竞争力。
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1.一种山羊SNP分子标记在山羊生长性状检测或山羊育种中的应用，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，该序列中的N为C或A的等位基因突变。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述山羊生长性状为12月龄体重。
3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述山羊为东宝黑头羊、麻城黑山羊、波尔山羊、宜昌白山羊或马头山羊。
4.一种试剂或试剂盒，其特征在于，包括检测权利要求1所述SNP分子标记的引物。
5.权利要求4所述试剂或试剂盒在山羊生长性状检测或山羊育种中的应用。
6.一种检测山羊生长性状的方法，其特征在于，检测山羊的SEQ ID NO:1所示序列中，N标记的单核苷酸是C还是A。
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，利用扩增序列SEQ ID NO:1的引物对待测山羊的材料进行基因分型，AA型山羊的12月龄体重优于CC型山羊。
8.根据权利要求6或7所述的方法，其特征在于，用权利要求4所述的试剂或试剂盒进行检测。
9.一种筛选权利要求1所述S
10.一种提高山羊生长性状的遗传育种方法，其特征在于，确定山羊核心群中种羊的权利要求1中所述的SNP分子标记，并根据山羊SNP分子标记做出相应的选择：种羊的继代选育挑选SNP标记中第51位碱基为CA型和/或AA型的个体，淘汰CC型个体，以逐代提高该位点基因A的频率，从而提高后代山羊的12月龄体重性能。
...【技术特征摘要】
1.一种山羊snp分子标记在山羊生长性状检测或山羊育种中的应用，其特征在于，所述snp分子标记的核苷酸序列如seq id no:1所示，该序列中的n为c或a的等位基因突变。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述山羊生长性状为12月龄体重。
3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述山羊为东宝黑头羊、麻城黑山羊、波尔山羊、宜昌白山羊或马头山羊。
4.一种试剂或试剂盒，其特征在于，包括检测权利要求1所述snp分子标记的引物。
5.权利要求4所述试剂或试剂盒在山羊生长性状检测或山羊育种中的应用。
6.一种检测山羊生长性状的方法，其特征在于，检测山羊的seq id no:1所示序列中，n标记的单核苷酸是c...
【专利技术属性】
技术研发人员：熊琪，上官爱哨，邓钊，陶虎，张年，张凤，索效军，杨前平，李晓锋，
申请(专利权)人：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：
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