一种检测基因融合的靶向建库方法技术

本申请公开了一种检测基因融合的靶向建库方法，包括如下步骤：逆转录：采用随机引物逆转录目标RNA，得到第一cDNA链；第二链合成：使用所述随机引物扩增所述第一cDNA链，得到第二cDNA链；建库：对第二cDNA链进行PCR得到DNA文库；其中，所述随机引物为含有测序接头片段的随机设计的引物。本申请采用在逆转录和cDNA第二条链的合成中采用了序列相同的带测序接头的随机引物，从而无需额外的链接反应接上测序接头，从而在简化建库的同时，能对已知或未知的基因融合进行检测。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及基因检测，尤其是涉及一种检测基因融合的靶向建库方法。

技术介绍

1、基因融合是由于基因组重排导致两个相距较远的基因连接在一起，形成一个嵌合基因(也叫融合基因)。发生基因融合时，一个基因的启动子及其5’端（上游）的编码序列与另一个基因的3’端(下游)编码序列以及3’utr组合在一起，导致下游基因的表达受其受其上游基因的启动子调控。

2、基因融合在肿瘤细胞中经常发生导致很多原本不表达或低表达的基因在异位启动子的调控下高表达，反之亦然。很多由于融合导致的异常基因表达可以作为药物的靶点。例如，在非小细胞肺癌中，alk发生基因融合后的异常表达可指导阿来替尼的用药；而ros1发生融合后的异常表达可指导克里佐替尼的用药。因此，确定是否存在特定的基因融合事件对肿瘤的靶向治疗具有重要的指导意义。

3、目前，在二代测序水平上，用于检测基因融合的方法可分为两类。一种是基于dna的，衍生的方法包括全基因组测序（wgs）和靶向二代测序（ngs）。两者都是通过在测序后，寻找基因融合点两侧的read作为证据来识别融合的。另一种是基于rna的，相应的方法本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种检测基因融合的靶向建库方法，其特征在于，包括如下步骤：

2. 根据权利要求1所述的一种检测基因融合的靶向建库方法，其特征在于，所述随机引物的序列为SEQ ID No.1。

3.根据权利要求1所述的一种检测基因融合的靶向建库方法，其特征在于，所述随机引物序列中至少2个碱基T被替换或修饰为高保真DNA聚合酶无法识别的碱基序列。

4.根据权利要求3所述的一种检测基因融合的靶向建库方法，其特征在于，所述随机引物序列中至少2个碱基T被替换为碱基U。

5.一种检测基因融合的建库检测方法，包含使用权利要求1-4任一项所述的检测基因融合的靶向建库方...

【技术特征摘要】

1.一种检测基因融合的靶向建库方法，其特征在于，包括如下步骤：

2. 根据权利要求1所述的一种检测基因融合的靶向建库方法，其特征在于，所述随机引物的序列为seq id no.1。

3.根据权利要求1所述的一种检测基因融合的靶向建库方法，其特征在于，所述随机引物序列中至少2个碱基t被替换或修饰为高保真dna聚合酶无法识别的碱基序列。

4.根据权利要求3所述的一种检测基因融合的靶向建库方法，其特征在于，所述随机引物序列中至少2个碱基t被替换为碱基u。

5.一种检测基因融合的建库检测方法，...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈敬臣，梁颖欣，覃庆玲，蔡兴盛，李梦真，邓泱泱，杨冬成，
申请(专利权)人：广州迈景基因医学科技有限公司，
类型：发明
国别省市：