一种结合宿主去除的纳米孔宏基因组测序方法及其应用技术

本发明专利技术属于基因测序技术领域，具体涉及一种结合宿主去除的Nanopore宏基因组测序方法，及其在猪和猫等动物临床检测中的应用。本发明专利技术使用优化的纳米孔宏基因组测序方法，对猪和猫的各种类型样品进行检测，能够较好的检测样品中存在的细菌及病毒，宿主基因得到了明显降低，配合云端实时分析及本地分析，可快速判断何时应停止测序，组装出相对完整的病毒基因组。本方法适合在中小型动物临床检测实验室应用，为宏基因组测序在兽医临床的普及提供参考。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于基因测序，具体涉及一种结合宿主去除的nanopore宏基因组测序方法，及其在猪和猫等动物临床检测中的应用。

技术介绍

1、宏基因组测序是一种能够对样品中的所有微生物进行无差别检测的测序方法，应用于传染性病原的检测时能够发现样品中存在的细菌、真菌、病毒等，对于非常见病原及新发的传染性病原的检测具有独特的优势。例如，新冠病毒最早就是通过宏基因组测序检测到的；而未知原因引起的人急性脑炎最终也是通过宏基因组测序发现是由感染猪的伪狂犬病毒导致的；尤其是在儿童下呼吸道样品回顾性研究中发现，之前临床诊断为病原微生物阴性的样品通过宏基因组测序发现有一半存在潜在病原体。

2、目前，宏基因组测序已开始应用于动物病原微生物临床检测中，并刚刚开始应用于动物临床诊断中，但受测序设备昂贵、大量宿主基因导致测序时间和成本增加，以及测序准备和数据分析方法复杂等因素的影响，使其应用受到限制。通常情况下，临床样品的宏基因组测序中一个常见的问题是宿主基因占据测序结果的绝大部分(如痰液样品中宿主基因可高达99.999％)，影响病原所占比例较小，有时仅有一到两个测序片段来本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种结合宿主去除的纳米孔宏基因组测序方法，其特征在于，包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述结合宿主去除的纳米孔宏基因组测序方法，其特征在于，所述步骤(1)中，所述宿主基因去除步骤包括：

3.根据权利要求2所述结合宿主去除的纳米孔宏基因组测序方法，其特征在于，所述步骤(1)中，所述核酸酶包括HL-SAN酶和/或Benzonase核酸酶；

4.根据权利要求1-3任一项所述结合宿主去除的纳米孔宏基因组测序方法，其特征在于，所述步骤(2)中，所述PCR随机扩增步骤包括进行RNA反转录合成第二链的步骤，具体包括：

5.根据权利要求1-3任一项所...

【技术特征摘要】

1.一种结合宿主去除的纳米孔宏基因组测序方法，其特征在于，包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述结合宿主去除的纳米孔宏基因组测序方法，其特征在于，所述步骤(1)中，所述宿主基因去除步骤包括：

3.根据权利要求2所述结合宿主去除的纳米孔宏基因组测序方法，其特征在于，所述步骤(1)中，所述核酸酶包括hl-san酶和/或benzonase核酸酶；

4.根据权利要求1-3任一项所述结合宿主去除的纳米孔宏基因组测序方法，其特征在于，所述步骤(2)中，所述pcr随机扩增步骤包括进行rna反转录合成第二链的步骤，具体包括：

5.根据权利要求1-3任一项所述结合宿主去除的纳米孔宏基因组测序方法，其特征在于，所述步骤(2)中，所述pcr随机扩增步骤包括进行dna链两端引物接头的步骤，具体包括：

6.根据权利要求4或5所述结合宿主去除的纳米孔宏基因组测序方法，其特征在于，所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：韩旭，夏兆飞，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：