【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】具有同源指导RNA识别位点的可去除植物转基因基因座
参考以电子方式提交的序列表
[0001]包含在名为“10083WO1_ST25.txt”的文件中的序列表，其在
Windows
操作系统中测量为
492,562
字节，于
2021
年7月
17
日创建并于
2021
年7月
26
日通过
EFS
‑
Web
以电子方式提交，其通过引用以其整体并入本文
。
技术介绍
[0002]通过非位点特异性整合置于植物基因组不同位置的转基因可以表现出不同的表达水平
(Weising
等人
,1988,Ann.Rev.Genet.[
遗传学年鉴
]22:421
‑
477)。
这样的转基因插入位点还可以包含外来
DNA
元件的种各不期望的重排，包括缺失和
/
或重复
。
此外，许多转基因插入位点还可以包含可选择的或可评分的标记基因，在某些情况下，一旦选择了含有赋予所期望性状的连锁转基因的转基因植物事件，就不再需要这些标记基因
。
[0003]商业转基因植物通常在宿主植物基因组的特定位置包含一个或多个独立的转基因插入，这些位置已针对包括以下的特征进行了选择：表达一个或多个目的转基因和转基因赋予的一个或多个性状
、
缺失或最小化重排，以及一个或多个性状向后代的正常孟德尔...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】40
‑3‑
2、MON87701、MON87708、MON89788、
或
SYHT0H2
原始转基因基因座的修饰，其中该修饰包含该第一转基因基因座的第二
DNA
连接多核苷酸中的
CgRRS
，并且其中该修饰任选地进一步包含该原始转基因基因座中至少一个可选择标记基因和
/
或非必需
DNA
的缺失
。10.
如权利要求1所述的经编辑的转基因植物基因组，其中该第一经修饰的转基因基因座包含转基因棉花植物基因组中
DAS
‑
21023
‑
5、DAS
‑
24236
‑
5、COT102、LL
棉花
25、MON15985、MON88701
或
MON88913
原始转基因基因座的至少一个修饰，其中该修饰包含该第一转基因基因座的第二
DNA
连接多核苷酸中的
CgRRS
以及任选地该第二经修饰的转基因基因座的第二
DNA
连接多核苷酸中的
CgRRS
，并且其中该修饰任选地进一步包含该原始转基因基因座中至少一个可选择标记基因和
/
或非必需
DNA
的缺失
。11.
如权利要求1所述的经编辑的转基因植物基因组，其中该第一经修饰的转基因基因座包含转基因卡诺拉油菜植物基因组中
GT73、HCN28、MON88302
或
MS8
原始转基因基因座的修饰，其中该修饰包含该第一转基因基因座的第二
DNA
连接多核苷酸中的
CgRRS
，并且其中该修饰任选地进一步包含该原始转基因基因座中至少一个可选择标记基因和
/
或非必需
DNA
的缺失
。12.
如权利要求1至
11
中任一项所述的经编辑的转基因植物基因组，其中该第一和
/
或第二经修饰的转基因基因座缺乏可选择标记转基因，该可选择标记转基因赋予对抗生素的抗性
、
对除草剂的耐受性或在特定碳源上生长的能力，任选地其中该可选择标记转基因存在于该原始转基因基因座中和
/
或其中该特定碳源任选地是甘露糖
。13.
如权利要求1至
11
中任一项所述的经编辑的转基因植物基因组，其中：
(i)
该第一
CgRRS
位于该第一经修饰的转基因基因座的第二
DNA
连接多核苷酸的非转基因植物基因组
DNA
中；或
(ii)
该第一
CgRRS
位于该第一经修饰的转基因基因座的第二
DNA
连接多核苷酸的转基因
DNA
中
。14.
如权利要求
13
所述的经编辑的转基因植物基因组，其中该
CgRRS
位于该非转基因植物基因组
DNA
中并且包含与位于该原始转基因基因座中相同染色体位置处的非转基因植物基因组
DNA
具有
50
％至
70
％序列同一性的序列
。15.
如权利要求1至
11
所述的经编辑的转基因植物基因组，其中该第一和
/
或第二转基因基因座进一步包含第二引入的转基因或任选地其中该第二引入的转基因被整合到该经修饰的转基因基因座中被该原始转基因基因座中的可选择标记转基因占据的位点处
。16.
如权利要求1至
11
中任一项所述的经编辑的转基因植物基因组，其中该基因组进一步包含靶向遗传改变
。17.
一种转基因植物细胞，其包含如权利要求1至
11
中任一项所述的经编辑的转基因植物基因组
。18.
一种转基因植物，其包含如权利要求1至
11
中任一项所述的转基因植物基因组
。19.
一种转基因植物部分，其包含如权利要求1至
11
中任一项所述的经编辑的转基因植物基因组
。20.
如权利要求
19
所述的转基因植物部分，其中该部分是种子
、
叶
、
块茎
、
茎
、
根或圆荚
。21.
一种获得用于商业种子生产的大量近交种子群体的方法，该方法包括如权利要求
18
所述的转基因植物自交以及从自交作物植物收获种子
。
22.
一种获得杂交作物种子的方法，该方法包括将包含如权利要求
18
所述的转基因植物的第一作物植物与第二作物植物杂交并从杂交中收获种子
。23.
如权利要求
22
所述的方法，其中该第一作物植物和该第二作物植物在不同的杂种优势组中
。24.
如权利要求
22
所述的方法，其中该第一或第二作物植物是已成为雄性不育的花粉受体
。25.
如权利要求
24
所述的方法，其中通过去雄
、
细胞质雄性不育
、
化学杂交剂或系统
、
转基因和
/
或内源植物基因中的突变，使该作物植物成为雄性不育
。26.
如权利要求
22
至
25
中任一项所述的方法，其进一步包括播种该杂交作物种子的步骤
。27.
一种
DNA
分子，其包含同源指导
RNA
识别位点
(CgRRS)
和至少
10bp
的位于该
CgRRS
侧翼的转基因
DNA
或非转基因植物基因组
DNA
，其中该转基因
DNA
或非转基因植物基因组
DNA
包含如权利要求1至
11
中任一项所述的第一经修饰的转基因基因座的第二
DNA
连接多核苷酸的
DNA
序列
。28.
如权利要求
27
所述的
DNA
，其中该经修饰的转基因基因座是
Bt11、DAS
‑
59122
‑
7、DP
‑
4114、GA21、MON810、MON87411、MON87427、MON88017、MON89034、MIR162、MIR604、NK603、SYN
‑
E3272
‑
5、5307、DAS
‑
40278、DP
‑
32138、DP
‑
33121、HCEM485、LY038、MON863、MON87403、MON87403、MON87419、MON87460、MZHG0JG、MZIR098、98140
或
TC1507
转基因基因座
。29.
如权利要求
27
所述的
DNA
，其中该经修饰的转基因基因座是
A5547
‑
127、DAS44406
‑
6、DAS68416
‑
4、DAS81419
‑
2、GTS 40
‑3‑
2、MON87701、MON87708、MON89788、
和
/
或
SYHT0H2
转基因基因座
。30.
如权利要求
27
所述的
DNA
，其中该经修饰的转基因基因座是：
(i)DAS
‑
21023
‑
5、DAS
‑
24236
‑
5、COT102、LL
棉花
25、MON15985、MON88701、
和
/
或
MON88913
转基因基因座并且其中这些修饰任选地进一步包含该原始转基因基因座中至少一个可选择标记基因和
/
或非必需
DNA
的缺失；或
(ii)
其中该经修饰的转基因基因座是
GT73、HCN28、MON88302
或
MS8
转基因基因座
。31.
如权利要求
27
至
30
中任一项所述的
DNA
，其中该
DNA
被纯化或分离
。32.
一种经加工的转基因植物产品，其含有如权利要求
27
至
30
中任一项所述的
DNA。33.
一种生物样品，其包含如权利要求
27
至
30
中任一项所述的
DNA。34.
一种适用于检测基因组
DNA
或其片段的核酸标记，该核酸标记包含在经修饰的转基因基因座的
DNA
连接多核苷酸中
、
与其相邻或可操作地与其连接的同源指导
RNA
识别位点
(CgRRS)。35.
如权利要求
34
所述的核酸标记，其包含长度是至少
18
个核苷酸的多核苷酸，其跨包含该
CgRRS
和在该
CgRRS
的端粒近端和着丝粒近端的侧翼的非转基因植物基因组
DNA
两者的
DNA
序列
。36.
如权利要求
34
所述的核酸标记，其中该标记进一步包含可检测标签
。37.
如权利要求
34
所述的核酸标记，其中该
CgRRS
和非转基因植物基因组
DNA
与经修饰的转基因基因座中的序列相同
。
38.
如权利要求
34
所述的核酸标记，其中该经修饰的转基因基因座是包含该
CgRRS
的
Bt11、DAS
‑
59122
‑
7、DP
‑
4114、GA21、MON810、MON87411、MON87427、MON88017、MIR162、MIR604、NK603、SYN
‑
E3272
‑
5、5307、DAS
‑
40278、DP
‑
32138、DP
‑
33121、HCEM485、LY038、MON863、MON87403、MON87403、MON87419、MON87460、MZHG0JG、MZIR098、98140
或
TC1507
转基因基因座，其中该
CgRRS
位于该经修饰的转基因基因座的
DNA
连接多核苷酸中
、
与其相邻或可操作地与其连接
。39.
如权利要求
34
所述的核酸标记，其中该经修饰的转基因基因座是包含该
CgRRS
的经修饰的
A5547
‑
127、DAS44406
‑
6、DAS68416
‑
4、DAS81419
‑
2、GTS 40
‑3‑
2、MON87701、MON87708、MON89788、
或
SYHT0H2
转基因基因座，其中该
CgRRS
位于该经修饰的转基因基因座的
DNA
连接多核苷酸中
、
与其相邻或可操作地与其连接
。40.
如权利要求
34
所述的核酸标记，其中该经修饰的转基因基因座是包含该
CgRRS
的
DAS
‑
21023
‑
5、DAS
‑
24236
‑
5、COT102、LL
棉花
25、MON15985、MON88701
和
/
或
MON88913
转基因基因座，其中该
CgRRS
位于该经修饰的转基因基因座的
DNA
连接多核苷酸中
、
与其相邻或可操作地与其连接
。41.
如权利要求
34
所述的核酸标记，其中该经修饰的转基因基因座是包含该
CgRRS
的
GT73、HCN28、MON88302
或
MS8
转基因基因座，其中该
CgRRS
位于该经修饰的转基因基因座的
DNA
连接多核苷酸中
、
与其相邻或可操作地与其连接
。42.
从如权利要求
19
或
20
所述的转基因植物部分获得的经加工的转基因植物产品，其中该经加工的植物产品含有多核苷酸，该多核苷酸包含同源指导
RNA
识别位点
(CgRRS)
和至少
10bp
的位于该
CgRRS
侧翼的转基因
DNA
或非转基因植物基因组
DNA
，其中该转基因
DNA
或非转基因植物基因组
DNA
包含该第一经修饰的转基因基因座的第二
DNA
连接多核苷酸的转基因或非转基因植物基因组
DNA
序列
。43.
一种从如权利要求
17
所述的转基因植物细胞
、
如权利要求
18
所述的转基因植物或如权利要求
19
或
20
所述的转基因植物部分获得的生物样品，其中该生物样品含有一个或多个多核苷酸，该一个或多个多核苷酸包含同源指导
RNA
识别位点
(CgRRS)
和至少
10bp
的位于该
CgRRS
侧翼的转基因
DNA
或非转基因植物基因组
DNA
，其中该转基因
DNA
或非转基因植物基因组
DNA
包含该第一经修饰的转基因基因座的第二
DNA
连接多核苷酸的转基因或非转基因植物基因组
DNA
序列
。44.
一种检测如权利要求1至
11
中任一项所述的经编辑的转基因植物基因组的方法，该方法包括检测包含一个或多个所述
CgRRS
的多核苷酸的存在的步骤
。45.
如权利要求
44
所述的方法，其中通过检测存在于该经修饰的转基因基因座中但不存在于该原始转基因基因座中的
CgRRS
中的单核苷酸多态性
(SNP)
来检测该多核苷酸
。46.
如权利要求
44
所述的方法，其中在转基因植物细胞
、
转基因植物部分
、
转基因植物
、
经加工的转基因植物产品或生物样品中检测该经编辑的转基因植物基因组
。47.
一种获得包含经修饰的转基因基因座的经编辑的转基因植物基因组的方法，该方法包括在原始转基因基因座的
DNA
连接多核苷酸中引入同源指导
RNA
识别位点
(CgRRS)
的步骤，其中该
CgRRS
在该经修饰的转基因基因座的
DNA
连接多核苷酸中
、
与其相邻或可操作地与其连接
。48.
如权利要求
47
所述的方法，其中该
CgRRS
位于该经修饰的转基因基因座的
DNA
连接
多核苷酸的非转基因植物基因组
DNA
中，并且任选地其中该
CgRRS
包含与位于该原始转基因基因座中相同染色体位置处的非转基因植物基因组
DNA
具有
50
％至
70
％序列同一性的序列
。49.
如权利要求
47
所述的方法，其中该
CgRRS
通过以下引入：
(a)
将该原始转基因基因座与以下接触：
(i)RNA
依赖性
DNA
核酸内切酶
(RdDe)
或
RdDe
切口酶；以及指导
RNA
，其包含位于紧邻原始
PAM
位点的
5'
或
3'
的
DNA
的
RNA
等同物，该原始
PAM
位点位于该原始转基因基因座的
DNA
连接多核苷酸内；或
(ii)
指导
RNA
，其包含位于紧邻原始
PAM
位点的
5'
或
3'
的
DNA
的
RNA
等同物，该原始
PAM
位点位于该原始转基因基因座的
DNA
连接多核苷酸内；以及
(iii)
跨该
DNA
连接多核苷酸中的双链
DNA
断裂位点的供体
DNA
模板，其中该供体
DNA
模板包含该
CgRRS
的指导
RNA
杂交位点，任选地该
CgRRS
的
PAM
位点，和任选地位于该双链
DNA
断裂位点侧翼的
DNA
连接多核苷酸的
DNA
序列；并且
(b)
选择包含该
CgRRS
的转基因植物细胞
...
【专利技术属性】
技术研发人员：迈克尔，
申请(专利权)人：伊纳瑞农业技术有限公司，
类型：发明
国别省市：
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