DNA制造技术

本发明专利技术公开了一种

【技术实现步骤摘要】
DNA聚合酶的扩增保真度的检测方法及试剂盒


[0001]本申请涉及
DNA
测序
，特别是涉及
DNA
聚合酶的扩增保真度的检测方法及试剂盒
。

技术介绍

[0002]现有
DNA
测序技术在进行测序时，需要对样本进行扩增，以增加测序的深度；同时需要对样本的两端增加接头，以便标记
DNA
片段
、
测序引物与
DNA
片段结合，即
DNA
片段建库工作
。
扩增是将变性后的
DNA
双链作为模板，由引物开始，在
DNA
聚合酶的催化下，根据碱基互补配队的方式沿模板延伸，形成新的
DNA
链
。
延伸的过程中会产生错误，如模板处某位置的碱基为
G
，则延伸至该位置的正确的碱基应为
C
，而实际检测到的该位置的碱基为
A
，即为延伸错误
。
[0003]如上述的，在建库的过程中，由于
DNA
聚合酶在实验环境下会产生延伸错误，在建库的过程中即表现为扩增错误
。
在实际应用中，首选扩增错误率较低的
(
或保真度较高
)
的
DNA
聚合酶，以减少数据分析过程的难度
、
增加测序数据的可信度
。
然而就目前而言，末端修复时保真度与使用的酶有关，酶的种类
、
浓度不同，延伸的错误率不同
。
且生产厂商会不断迭代优化产品，不同生产批次的同类的酶其错误率也有差别
。
产商在销售该类用于催化
DNA
链延伸的酶时，并没有相应参数，目前也暂无验证该参数的验证方法
。

技术实现思路

[0004]本专利技术提出一种
DNA
聚合酶末端修复保真度检测方法及试剂盒，用于检测在进行末端修复时，
DNA
聚合酶的保真度
。
[0005]本专利技术通过以下技术方案实现的：
[0006]一种
DNA
聚合酶的扩增保真度的检测方法，包括：
[0007]基于扩增参数扩增序列样本，并获取扩增后的测序结果及测序总量；
[0008]基于预设值
、
所述测序结果及所述测序总量，获取有效序列及有效数据量；
[0009]基于所述有效序列和所述序列样本，获取所述有效数据量中的有效总错误量和测序错误量；
[0010]基于所述测序总量
、
所述有效数据量
、
有效总错误量及测序错误量，获取
DNA
聚合酶的扩增保真度
。
[0011]进一步的，所述扩增参数包括：所述序列样本的初始样本量
、
扩增效率及扩增轮数，获取所述测序结果的测序总量
。
[0012]进一步的，所述基于测序结果及测序总量，获取有效序列及有效数据量包括：
[0013]获取所述测序结果中，正义链及反义链相同位点的
Q
值均不小于预设值的第一测序结果；
[0014]基于所述第一测序结果获取所述有效序列
。
[0015]进一步的，所述基于第一测序结果获取有效序列包括：
[0016]获取所述第一测序结果中正义链及反义链相同位点的碱基为互补配对的第二测序结果；
[0017]所述第二测序结果为所述有效序列；
[0018]所述第二测序结果的数量为所述有效数据量
。
[0019]进一步的，所述基于有效序列和序列样本，获取所述有效数据量中的有效总错误量和测序错误量包括：
[0020]基于所述预设值
、
所述有效数据量，计算所述测序错误量；
[0021]统计所述有效序列和所述序列样本相同位点碱基不一致的数量为所述有效总错误量
。
[0022]进一步的，所述基于测序总量
、
有效数据量
、
有效总错误量及测序错误量，获取
DNA
聚合酶的扩增保真度包括：
[0023]基于所述有效总错误量和所述测序错误量获取有效扩增错误量；
[0024]基于所述有效扩增错误量在有效数据量中的占比，获取测序总量中的总扩增错误量；
[0025]基于总扩增错误量和序列样本的扩增参数，获取
DNA
聚合酶的扩增保真度
。
[0026]进一步的，所述预设值为
30
至
40
中的任意值
。
[0027]进一步的，所述序列样本为已知序列，所述序列样本的长度为
50bp
至
100bp
中的任意值
。
[0028]一种
DNA
聚合酶的扩增保真度检测的试剂盒，包括：
[0029]缓冲液
、
待检测
DNA
聚合酶混合液
、
引物及如上述的序列样本；
[0030]所述引物包括扩增引物及测序引物；
[0031]其中，所述序列样本在所述待检测
DNA
聚合酶混合液作用下能够扩增
。
[0032]进一步的，所述序列样本的两侧设置有接头区，所述扩增引物及所述测序引物与所述接头区碱基互补，以扩增所述序列样本或测序所述序列样本
。
[0033]本专利技术的有益效果在于：
[0034]本申请分别将扩增后得到测序结果进行数据筛选以获取有效序列
、
对有效数据量中的测序错误量进行删除，删除测序可信度低的测序值及存在与有效数据中的测序错误值，避免测序结果不稳定的值归入扩增错误内，增加
DNA
聚合酶扩增的保真度数据的准确性
。
附图说明
[0035]为了更清楚地说明本申请实施例中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本申请的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动性的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图
。
[0036]图1是本申请提供的
DNA
聚合酶的扩增保真度的检测方法一实施例的流程示意图；
[0037]图2是本申请提供的步骤
S210
一实施例的流程示意图；
[0038]图3是本申请提供的步骤
S212
一实施例的流程示意图；
[0039]图4是本申请提供的步骤
S310
一实施例的流程示意图；
[0040]图5是本申请提供的步骤
S410
一实施例的流程示意图
。
具体实施方式
...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种
DNA
聚合酶的扩增保真度的检测方法，其特征在于，包括：基于扩增参数扩增序列样本，并获取扩增后的测序结果及测序总量；基于预设值
、
所述测序结果及所述测序总量，获取有效序列及有效数据量；基于所述有效序列和所述序列样本，获取所述有效数据量中的有效总错误量和测序错误量；基于所述测序总量
、
所述有效数据量
、
有效总错误量及测序错误量，获取
DNA
聚合酶的扩增保真度
。2.
根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述扩增参数包括：所述序列样本的初始样本量
、
扩增效率及扩增轮数，获取所述测序结果的测序总量
。3.
根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述基于测序结果及测序总量，获取有效序列及有效数据量包括：获取所述测序结果中，正义链及反义链相同位点的
Q
值均不小于预设值的第一测序结果；基于所述第一测序结果获取所述有效序列
。4.
根据权利要求3所述的检测方法，其特征在于，所述基于第一测序结果获取有效序列包括：获取所述第一测序结果中正义链及反义链相同位点的碱基为互补配对的第二测序结果；所述第二测序结果为所述有效序列；所述第二测序结果的数量为所述有效数据量
。5.
根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述基于有效序列和序列样本，获取所述有效数据量中的有效总错误量和测序错误量包括：基于所述预设值
、
所述有效数据量，计算所述测序错误量；统计所述有效序列和所述序列样本相同位点碱基不一致的数量...

【专利技术属性】
技术研发人员：程云阳，操利超，巴颖，卢晓萍，沈嘉怡，黄翠翠，余多海，陈莹莹，余晨笛，吴敏，
申请(专利权)人：深圳核子华曦医学检验实验室，
类型：发明
国别省市：