脓肿分枝杆菌编码基因及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种脓肿分枝杆菌

【技术实现步骤摘要】
脓肿分枝杆菌编码基因及其应用


[0001]本专利技术涉及基因检测领域，具体涉及对病原菌物种进行鉴定
。

技术介绍

[0002]近年来，非结核分枝杆菌疾病
(non
‑
tuberculosis mycobacteria,NTM)
呈快速增长的趋势，在全球范围内成为威胁人类健康的严重公共卫生问题，而且其患病率和发病率均呈逐年上升的趋势
。
日本的一项研究表明，日本
NTM
病的发病率从
2001
年的
4.6/10
万上升到
2009
年
10.1/10
万，上升了近
2.2
倍
。
而在韩国，
2008
年
NTM
病的发病率为
6.0/10
万，而到
2016
年这一数据则上升到了
19/10 万
。
根据
《
非结核分枝杆菌病诊断与治疗指南
(2020
年版
)》
，我国目前虽然尚没有大样本的
NTM
病流行病学调查资料，但据相关的结核病流行病学调查资料，可以看到
NTM
的分离率从
2000
年的
11.1
％增长至
2010
年的
22.9
％，这同样反映了我国
NTM
病呈显著上升的趋势
。
[0003]NTM
的感染可引起肺部
、
淋巴结
、
皮肤和软组织
、
关节等器官的损害
。
而作为最为常见的
NTM
病，罹患
NTM
病的患者中约有
75
％
‑
94
％表现为肺部病变
。
由于
NTM
肺病的临床表现
、
胸部影像等酷似于结核病，且痰中可发现抗酸杆菌
。
因此若无菌种鉴定的结果，
NTM
病可长期被误诊为结核病及支气管扩张等病症
。
[0004]脓肿分枝杆菌复合群
(Mycobacteroides abscessus complex
，
MABC)
是一种可导致人体感染致病的快速生长型非结核分枝杆菌
(Rapidly growingmycobacteria,RGM)
，是引起肺部感染疾病的一种重要的
NTM
病原体
。
其又分为3个亚种，即脓肿分枝杆菌脓肿亚种
(M.abscessus subsp.abscessus)、
脓肿分枝杆菌马赛亚种
(M.abscessus subsp.massiliense)
以及脓肿分枝杆菌博莱亚种
(M. abscessus subsp.Bolletii)。
在美国，脓肿分枝杆菌复合群占致病性
RGM
的 65
％～
80
％
。
而在韩国，脓肿分枝杆菌复合群引起的肺部疾病占
RGM
引起的肺部疾病的
70
～
80
％
。
[0005]MABC
对一线抗结核药物天然耐药，普通抗菌药物也大多无效，其治疗方案通常以克拉霉素等大环内酯类抗生素为核心的多药联合方案进行治疗
。
尽管很多
NTM
菌株在生物学
、
病理学上都表现出很强的相似性，但是不同菌种对药物的敏感性不同，使得临床治愈率并不高
。
更为严峻的是，
MABC
引发的感染易被当做结核病进行治疗，长期的药物不对症使用更加重其耐药性的发生，导致治疗的失败
。
因此，
MABC
感染因为药物耐药率高
、
药物不良反应多
、
疗程长
、
预后差，成为最难治疗的感染之一
。
为防止耐药性的发生，早期完成菌种鉴定和药敏试验分析，对提高
MABC
肺病的治愈率具有重要意义
。
[0006]目前对
MABC
的鉴定方法主要有以下三类：
1)
直接同源基因序列比较法：该方法通过分析同源
DNA
序列差异将致病菌鉴定至种的水平，常用序列包括 16S rDNA、16S
‑
23S rRNA
的
ITS
区
、RNA
聚合酶的
β
亚基
(rpoB)
和热休克蛋白
65(HSP65)。
但其单一序列鉴别能力不足，常需要联合应用多个同源序列进行菌种鉴定
。2)
间接同源基因序列比较法：该方法设计针对特定同源基因序列的单核苷酸多态性位点探针，并将探针标记在固相基质
(
芯片
)
上，通过探针和待测序列的结合情况鉴别菌种
。
目前已有基于此方法的市场化基因芯片试
剂盒，但其难以区分
MABC
和龟分枝杆菌
(M.chelonae)
，且需用激光共聚焦扫描仪，操作较为复杂
。3)
基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术 (MALDI
‑
TOF
‑
MS)。
由于
MABC、
结核分枝杆菌
(M.tuberculosis complex)、
鸟分枝杆菌
(M.avium complex)
和偶发分枝杆菌
(M.fortuitum complex)
之间的高度相似性，一些
NTM
菌只能区分至复合群水平，复合群内部菌株无法通过单一基因实现可靠鉴别，同样需要采用多位点基因的联合分析
。
[0007]总之，目前的脓肿分枝杆菌复合群
(MABC)
鉴定策略具有操作复杂
、
步骤繁琐
、
特异性不高
、
价格高昂等问题
。
故建立快速
、
精准
、
廉价的脓肿分枝杆菌复合群检测方法，有效鉴别
MABC
中的感染菌，是
MABC
肺病诊治的前提和基础，也是临床实验室检测脓肿分枝杆菌所亟需完成的新任务
。

技术实现思路

[0008]本专利技术的一个目的是提供一种分离的核苷酸，其为脓肿分枝杆菌
(ATCC19977)
序列特异的编码基因，该基因为
MAB_3719c(
‑
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种分离的核苷酸，所述核苷酸为脓肿分枝杆菌
M.abscessus subsp abscessus ATCC 19977
编码基因
MAB_3719c(
‑
|3774251
‑
3776008|)
，其核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
所示
。2.
权利要求1所述的分离的核苷酸，其特征在于所述编码基因编码如
SEQ ID NO.2
序列所示的氨基酸
。3.
一种条形码分子标记，用作检测和
/
或鉴定脓肿分枝杆菌复合群，其包含作为标准检测基因的权利要求1所述的脓肿分枝杆菌
ATCC 19977
编码基因
MAB_3719c(
‑
|3774251
‑
3776008|)
的序列信息
。4.
一种特异性
PCR
引物，用于扩增权利要求1所述的脓肿分枝杆菌
ATCC 19977
编码基因
MAB_3719c(
‑
|3774251
‑
3776008|)。5.
权利要求4所述的
PCR
引物，其特征在于所述引物的序列为：
F:5
’‑
ACGTGGGGGGATTGGCCCGGATCTA
‑3’
；
R:5
’‑
TGTAAAGCCCGAAGCAGATACCGAC
‑3’
。6.
一种鉴别方法，用于将脓肿分枝杆菌与其它分枝杆菌区别，包括如下步骤：
(1)
从待测样品中分离提取基因组
DNA
；
(2)
...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐平，施佳辉，张瑶，姜松昊，常蕾，高慧英，
申请(专利权)人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院，
类型：发明
国别省市：