肽核酸钳辅助光热溶胶微滴数字制造技术

本发明专利技术提供了肽核酸钳辅助光热溶胶微滴数字

【技术实现步骤摘要】
肽核酸钳辅助光热溶胶微滴数字PCR用于鉴定SARS
‑
CoV
‑
2及其典型变异株


[0001]本专利技术属于微流控技术及核酸检测
，具体涉及肽核酸钳辅助光热溶胶微滴数字
PCR
用于鉴定
SARS
‑
CoV
‑2及其典型变异株
。

技术介绍

[0002]新冠
(SARS
‑
CoV
‑
2)
病毒基因组的加速突变带来了具有不同表型的变异株
。
比如
Delta
变体削弱了疫苗的有效性，而
Omicron
变体表现出更高的传播性和感染率
。
变体之间的差异通常由多个位点的重要
SNP
决定
。
为了新型冠状病毒不同表型的变异株变体进行分类以更好地管理，多种生物技术方法已经被报道用于揭示核苷酸多态性和遗传多样性
。
[0003]目前广泛接受的用于鉴定上述核苷酸多态性和遗传多样性的方法为二代测序法，但是该方法成本高，难适用于大群体样本
。CRISPR/Cas
法基于
Cas
酶的切割特异性用于区分
L5F、D80A、D215G、R246I、K417N、L452R、Y453F
等高流行突变，
CRISPR/Cas
法诊断时间很短，但是预放大步骤
、
高成本和实用性限制其推广
。/>荧光
PCR
法通过解析嘌呤和嘧啶碱基的交替引起的熔解温度变化与标准样品的差异能够识别点突变，但该方法信噪比低而难保证好的灵敏度
。
重组酶聚合酶扩增和环介导等温扩增这些等温扩增技术提供了快速和低成本的检测方法，但等温扩增技术存在非特异性扩增，容易导致假阳性
。
对疾病变异诊断的空前需求使快速和多位点单核苷酸多态性检测分析成为人们关注的焦点
。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的在于提供肽核酸钳辅助光热溶胶微滴数字
PCR
用于鉴定
SARS
‑
CoV
‑2及其典型变异株，本专利技术能够提高鉴定的准确性
。
[0005]本专利技术提供了刺突蛋白基因作为靶标基因在制备鉴定
SARS
‑
CoV
‑2及
SARS
‑
CoV
‑2的典型变异株的产品中的应用，所述
SARS
‑
CoV
‑2的典型变异株包括
Delta
和
Omicron
变体；所述刺突蛋白基因变体包括
T19R、D614G
和
H655Y
中的两种以上
。
[0006]本专利技术提供了用于检测刺突蛋白基因
T19R、D614G
和
H655Y
的
PNA
组合，所述
PNA
组合中的
PNA
包括
PNA
‑
19、PNA
‑
614
和
PNA
‑
655
；
[0007]所述
PNA
‑
19
与
T19R
的
SARS
‑
CoV
‑2野生型序列反向互补；
[0008]所述
PNA
‑
614
与
D614G
的
SARS
‑
CoV
‑2野生型序列反向互补；
[0009]所述
PNA
‑
655
与
H655Y
的
SARS
‑
CoV
‑2野生型序列反向互补
。
[0010]优选的，所述
PNA
的长度不低于
20nt。
[0011]优选的，所述
PNA
‑
19
的核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
所示；所述
PNA
‑
614
的核苷酸序列如
SEQ ID NO.2
所示；所述
PNA
‑
655
的核苷酸序列如
SEQ ID NO.3
所示
。
[0012]本专利技术还提供了一种用于鉴定
SARS
‑
CoV
‑2及
SARS
‑
CoV
‑2的典型变异株的试剂，其特征在于，包括：纳米复合物
、
上述方案所述的
PNA
组合
、
引物和荧光探针组合
、
明胶和
dPCR
扩增用试剂；
[0013]所述纳米复合物为双层核壳结构，以
Fe3O4为内核
、
氧化石墨烯为内壳
、
二氧化硅为外壳；
[0014]所述引物和荧光探针组合包括分别用于检测
T19R、D614G
和
H655Y
的引物和荧光探针组合
。
[0015]本专利技术还提供了上述方案所述的
PNA
组合或者权利要求5所述的试剂在制备鉴定
SARS
‑
CoV
‑2及
SARS
‑
CoV
‑2的典型变异株的产品中的应用，所述
SARS
‑
CoV
‑2的典型变异株包括
Delta
和
Omicron
变体
。
[0016]优选的，所述引物和荧光探针组合包括第一引物和探针组合和第二引物和探针组合；
[0017]所述第一引物和探针组合包括第一上游引物
、
第一下游引物和第一
TaqMan
探针；所述第一上游引物
、
第一下游引物和第一
TaqMan
探针的核苷酸序列分别如
SEQ ID NO.4
～6所示；所述第一引物和探针组合用于检测
T19R
；
[0018]所述第二引物和探针组合包括第二上游引物
、
第二下游引物和第二
TaqMan
探针；所述第二上游引物
、
第二下游引物和第二
TaqMan
探针的核苷酸序列分别如
SEQ ID NO.7
～9所示；所述第二引物和探针组合用于检测
D614G
或
H655Y
；
[0019]优选的，所述第一引物和探针组本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
刺突蛋白基因作为靶标基因在制备鉴定
SARS
‑
CoV
‑2及
SARS
‑
CoV
‑2的典型变异株的产品中的应用，所述
SARS
‑
CoV
‑2的典型变异株包括
Delta
和
Omicron
变体；所述刺突蛋白基因变体包括
T19R、D614G
和
H655Y
中的两种以上
。2.
用于检测刺突蛋白基因
T19R、D614G
和
H655Y
的
PNA
组合，其特征在于，所述
PNA
组合中的
PNA
包括
PNA
‑
19、PNA
‑
614
和
PNA
‑
655
；所述
PNA
‑
19
与
T19R
的
SARS
‑
CoV
‑2野生型序列反向互补；所述
PNA
‑
614
与
D614G
的
SARS
‑
CoV
‑2野生型序列反向互补；所述
PNA
‑
655
与
H655Y
的
SARS
‑
CoV
‑2野生型序列反向互补
。3.
根据权利要求2所述的
PNA
组合，其特征在于，所述
PNA
的长度不低于
20nt。4.
根据权利要求2所述的
PNA
组合，其特征在于，所述
PNA
‑
19
的核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
所示；所述
PNA
‑
614
的核苷酸序列如
SEQ ID NO.2
所示；所述
PNA
‑
655
的核苷酸序列如
SEQ ID NO.3
所示
。5.
一种用于鉴定
SARS
‑
CoV
‑2及
SARS
‑
CoV
‑2的典型变异株的试剂，其特征在于，包括：纳米复合物
、
权利要求2～4任意一项所述的
PNA
组合
、
引物和荧光探针组合
、
明胶和
dPCR
扩增用试剂；所述纳米复合物为双层核壳结构，以
Fe3O4为内核
、
氧化石墨烯为内壳
、
二氧化硅为外壳；所述引物和荧光探针组合包括分别用于检测
T19R、D614G
和
H655Y
的引物和荧光探针组合
。6.
权利要求2～4任意一项所述的
PNA
组合或者权利要求5所述的试剂在制备鉴定
SARS
‑
CoV
‑2及
SARS
‑
CoV
‑2的典型变异株的产品中的应用，所述
SARS
‑
CoV
‑2的典型变异株包括
Delta
和
Omicron
变体
。7.
根据权利要求6所述的试剂，其特征在于，所述引物和荧光探针组合包括第一引物和探针组合和第二引物和探针组合；所述第一引物和探针组合包括第一上游引物
、
第一下游引物和第一
TaqMan
探针；所述第一上游引物
、<...

【专利技术属性】
技术研发人员：张乐翔，叶方富，赵远锦，
申请(专利权)人：中国科学院物理研究所，
类型：发明
国别省市：