鳞砗磲四碱基重复微卫星制造技术

本发明专利技术公开了鳞砗磲四碱基重复微卫星

【技术实现步骤摘要】
鳞砗磲四碱基重复微卫星DNA分子标记


[0001]本专利技术属于分子生物学
DNA
标记
，具体涉及一种鳞砗磲四碱基重复微卫星
DNA
分子标记
、
检测引物
、
试剂盒及其应用
。

技术介绍

[0002]鳞砗磲
(Tridacna squamosa)
是一种中型规格砗磲种类，最大能生长至
30
‑
40cm
，外壳有明显棱鳞，由外壳边缘成直行生长一直伸展至外壳底部，是一种重要的造礁护礁生物
。
在上个世纪，南海诸岛如南沙
、
西沙等岛屿都有一定的资源量，但近年来由于过度捕捞使鳞砗磲野生资源遭到严重破坏而急剧减少
。
鳞砗磲已被列入国家一级保护动物，并被世界自然保护联盟红色名录列为易危物种
。
为了保护鳞砗磲的野生资源，制定相应的保护策略，对其进行群体遗传多样性
、
群体遗传结构分析等相关工作已经非常迫切
。
[0003]微卫星标记具有分布广泛
、
多态性信息高
、
共显性
、
符合孟德尔分离规律
、
易于
PCR
扩增
、
再现性好等优点，已经被广泛应用于海洋贝类的群体遗传结构分析
、
遗传连锁图谱构建
、
功能基因定位和遗传育种等领域
。
但目前从鳞砗磲基因组中开发微卫星标记的工作还未开展，尤其是针对四碱基重复微卫星标记的筛选工作还未见报道
。
[0004]四碱基重复微卫星标记在应用和操作上具有一些独特的优势
。
现阶段的微卫星标记应用中，在测序仪上进行大批量地
、
精确地基因分型越来越普遍，也越来越重要，而两碱基重复微卫星标记在毛细管测序胶上很容易出现影子带
、
杂带，影响了基因分型的准确性，而四碱基重复微卫星标记却可以减少这种现象的产生，增加了它的应用前景和范围
。
因此需要针对鳞砗磲筛选四碱基重复微卫星标记用于群体遗传结构相关的遗传分析
。

技术实现思路

[0005]本专利技术目的是提供鳞砗磲的四碱基重复微卫星位点及多态性引物，即提供1个稳定性高
、
特异性强的鳞砗磲多态性四碱基重复微卫星位点，以及相应的多态性微卫星引物，为鳞砗磲群体遗传结构分析
、
亲权鉴定及分子标记辅助育种提供有效的工具
。
[0006]本专利技术通过构建鳞砗磲微卫星
(CACT)
12
富集文库，筛选鳞砗磲多态性微卫星引物及利用
21
个鳞砗磲野生个体对这个微卫星位点进行遗传多态性检测，确定了鳞砗磲1个多态性丰富的四碱基重复微卫星标记：
TS201
，其核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
所示
。
[0007]因此，本专利技术的第一个目的是提供一种鳞砗磲四碱基重复微卫星
DNA
分子标记，所述微卫星分子标记的核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
所示
。
[0008]本专利技术的第二个目的是提供一种上述的鳞砗磲四碱基重复微卫星
DNA
分子标记的扩增引物，所述扩增引物的核苷酸序列如
SEQ ID NO.2
～3所示
。
[0009]本专利技术的第三个目的是提供一种试剂盒，所述的试剂盒包括上述的扩增引物，还包括用于
PCR
扩增的酶
、
缓冲液
、dNTP
和无菌水
。
[0010]本专利技术的第四个目的是提供上述的微卫星分子标记
、
扩增引物或试剂盒在鳞砗磲遗传分析中的应用
。
[0011]优选的，所述的遗传分析包括遗传多样性分析
、
群体遗传结构分析
、
基因流分析
、
聚类分析和构建分子指纹图谱中的一种或多种
。
[0012]本专利技术的第五个目的是提供上述的微卫星分子标记
、
扩增引物或试剂盒在鳞砗磲亲权鉴定中的应用
。
[0013]本专利技术的第六个目的是提供上述的微卫星分子标记
、
扩增引物或试剂盒在鳞砗磲分子标记辅助育种中的应用
。
[0014]优选的，所述的应用，包括如下步骤：
[0015](1)
提取鳞砗磲的基因组
DNA
；
[0016](2)
以鳞砗磲的基因组
DNA
为模板，使用上述的扩增引物进行
PCR
扩增得到扩增产物；
[0017](3)
将扩增产物进行检测，根据检测结果进行微卫星位点多态性评估
。
[0018]步骤
(3)
中所述的检测包括克隆测序
、
毛细管荧光电泳或聚丙烯酰氨凝胶电泳
。
[0019]本专利技术首次提供了1个鳞砗磲的四碱基重复微卫星位点及扩增这个微卫星位点的引物序列和扩增方法，可应用于鳞砗磲的群体遗传结构分析
、
亲权鉴定及分子标记辅助育种等领域的研究，重复性好，是一种可靠有效的分子标记
。
附图说明
[0020]图1为
TS201
位点的特异性引物扩增
21
个鳞砗磲个体的银染
PAGE
图
。
具体实施方式
[0021]以下实施例是对本专利技术的进一步说明，而不是对本专利技术的限制
。
[0022]实施例1[0023]1、
鳞砗磲微卫星
DNA
富集文库的构建
[0024]1.1
基因组
DNA
的提取和酶切
[0025]剪取
90
％酒精固定的鳞砗磲闭壳肌组织
30mg
，用蒸馏水浸泡2次，每次
20min
后换水，以彻底除去闭壳肌中残存的酒精
。
用剪刀将闭壳肌充分剪碎，用干净的滤纸吸除水分后放入
1.5mL
离心管中，再加入
400
μ
L
裂解液和
10
μ
L
蛋白酶
K(10mg/mL)
，在振荡器上混匀，
55℃
水浴消化
6h
，直到裂解液澄清为止
。
加入等体积饱和酚
(200
μ
L)、
氯仿
/
异戊醇
(
体积比，
24:1)(200
μ
L)
混合液抽提两次
。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种鳞砗磲四碱基重复微卫星
DNA
分子标记，其特征在于，所述微卫星分子标记的核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
所示
。2.
一种权利要求1所述的鳞砗磲四碱基重复微卫星
DNA
分子标记的扩增引物，其特征在于，所述扩增引物的核苷酸序列如
SEQ ID NO.2
～3所示
。3.
一种试剂盒，其特征在于，包括权利要求2所述的扩增引物
。4.
根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，还包括用于
PCR
扩增的酶
、
缓冲液
、dNTP
和无菌水
。5.
权利要求1所述的微卫星分子标记
、
权利要求2所述的扩增引物或权利要求3所述的试剂盒在鳞砗磲遗传分析中的应用
。6.
根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述的遗传分析包括遗传多样性分析
、
群体遗传结构分析
、
基因流分析
...

【专利技术属性】
技术研发人员：马海涛，喻子牛，张跃环，李军，秦艳平，高红梅，
申请(专利权)人：三亚海洋生态环境工程研究院，
类型：发明
国别省市：