可用于肿瘤鉴定的新型制造技术

本发明专利技术提供了可用于肿瘤鉴定的新型

【技术实现步骤摘要】
可用于肿瘤鉴定的新型DNA甲基化标志物TAGMe
‑
3及其用途


[0001]本专利技术属于表观遗传学和生物医学领域，更具体地，本专利技术涉及可用于肿瘤鉴定的新型
DNA
甲基化标志物
TAGMe
‑3及其用途
。

技术介绍

[0002]肿瘤
(Tumor)
是机体在各种致癌因素作用下，局部组织的某一个细胞在基因水平上失去对其生长的正常调控，导致其克隆性异常增生而形成的新生物
。
伴随着老龄化的加剧，世界范围内肿瘤患者的数据开始不断增加，肿瘤已成为全球性的公共卫生挑战，其病因极其复杂，大多数肿瘤从病因上预防较困难；而肿瘤的发生发展是渐进的过程，多数患者就诊时已属中
、
晚期，失去了根本性治疗的机会
。
早期发现
、
诊断和治疗是提高治愈率
、
改善治疗预后的关键
。
因此，早期开展癌症筛查并及时干预能够有效阻断癌症进展并降低发病率和死亡率
。
[0003]表观遗传学
(Epigenomics)
是研究表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表达的可遗传的变化，最终导致表型变化的遗传学分支学科
。
表观遗传学包括
DNA
甲基化
(DNA methylation)、
组蛋白修饰
(histone modification)、
基因组印记
>(genomic imprinting)、
染色体重塑和非编码
RNA
调控等，主要通过对基因转录或翻译过程的调控，影响其功能和特性，从而影响肿瘤的发生发展
。
[0004]DNA
甲基化是基因表观遗传学修饰的一种重要方式，是指在
DNA
甲基化转移酶
(DNMT)
的催化下，以
S
‑
腺苷甲硫氨酸为甲基供体，将活性甲基转移至
DNA
链中特定碱基上的化学修饰过程
。
在哺乳动物中，
DNA
甲基化主要发生在胞嘧啶
‑
磷酸
‑
鸟嘌呤
(CpG)
岛5′
端胞嘧啶上，生成为5′
甲基胞嘧啶
(5
‑
methylcytosine,m5C)。DNA
甲基化作为重要的表观遗传学现象之一，参与了各类重要的生物学过程，在调控基因表达
、
维持基因组稳定性
、
调节
DNA
空间构象
、
影响染色质高级结构等方面都发挥着关键的作用
。
大量的研究表明，肿瘤发生的早期伴随着抑癌基因甲基化水平的升高或原癌基因甲基化水平的降低
。
甲基化模式的改变被认为是最先能被检测到的肿瘤相关指征，并随着肿瘤恶性程度的增加进一步改变
。
[0005]DNA
异常甲基化与肿瘤的发生
、
发展及细胞癌变有着密切的联系，主要原因在以下几个方面：
1.
甲基化的
CpG
岛二核苷酸中的胞嘧啶以较高的频率脱氨基变成胸腺嘧啶，造成基因突变；
2.
抑癌基因和
DNA
修复基因由于超甲基化而沉默；
3.
癌基因甲基化水平降低而活化；
4.
基因组总体甲基化水平降低使转座子
、
重复序列活化导致染色体稳定性下降
。
因此，
DNA
甲基化可以作为肿瘤等早期诊断的生物标记物和预后评估指标，对肿瘤的筛查和风险评估
、
早期诊断
、
分期分型
、
预后判断及治疗监测都具有重要的意义
。
基于
DNA
甲基化分子标志物的肿瘤早筛虽然逐渐获得人们的关注，但真正应用在临床的方案却少之又少，所以有关肿瘤的筛查归于特检项目
。
另外，现有的肿瘤标志物大多仅针对特定的肿瘤类型，可用于多癌种筛查的标志物几乎没有
。
[0006]因此，寻找可用于诊断
、
预后和预测癌症发生发展的分子靶标，对于癌症的早期筛查
、
临床干预
、
以及指导患者治疗具有重要意义
。

技术实现思路

[0007]本专利技术的目的在于提供一种表观遗传修饰相关的肿瘤标记物，利用肿瘤中标志物特异性位点异常高甲基化现象来检测肿瘤
。
[0008]在本专利技术的第一方面，提供分离的多核苷酸或由其转变而来的多核苷酸在制备鉴定肿瘤的试剂或试剂盒中的用途；其中，所述的多核苷酸包括：
(1)SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸
TAGMe
‑3，或含有其中至少1个修饰的
CpG
位点的多核苷酸片段，或
(2)
与
(1)
的多核苷酸或片段在序列上互补的多核苷酸；其中，由分离的多核苷酸转变而来的多核苷酸为对应于
(1)
或
(2)
的多核苷酸，其非修饰的胞嘧啶转变为
T
或
U
，而其修饰的
CpG
位点的胞嘧啶
C
不变
。
[0009]作为一种实施方式，所述的鉴定包括诊断
、
检测
、
筛查或预后评估
。
[0010]作为一种实施方式，所述
SEQ ID NO:1
还包括其序列变体，或同源序列
。
[0011]作为一种实施方式，所述序列变体或同源序列为与所述
SEQ ID NO:1
所示序列相比，具有
80
％以上
、85
％以上
、90
％以上
、92
％以上
、95
％以上
、96
％以上
、98
％以上
、99
％以上
、99.5
％以上
、99.8
％以上序列同一性的序列
。
相应地，也包括由所述序列变体或同源序列转变
(
非修饰的胞嘧啶转变为
T
或
U
，而其修饰的
CpG
位点的胞嘧啶
C
不变
)
而来的多核苷酸
。
[0012]作为一种实施方式，所述修饰包括5‑
甲基化修饰
(5mC)、5
‑
羟甲基化修饰
(5hmC)、5
‑
醛甲基化修饰
(5
‑
fC)
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
分离的多核苷酸或由其转变而来的多核苷酸在制备鉴定肿瘤的试剂或试剂盒中的用途；其中，所述的多核苷酸包括：
(1)SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸
TAGMe
‑3，或含有其中至少1个修饰的
CpG
位点的多核苷酸片段；或
(2)
与
(1)
的多核苷酸或片段在序列上互补的多核苷酸；其中，由分离的多核苷酸转变而来的多核苷酸为对应于
(1)
或
(2)
的多核苷酸，其非修饰的胞嘧啶转变为
T
或
U
，而其修饰的
CpG
位点的胞嘧啶
C
不变
。2.
如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述由分离的多核苷酸转变而来的多核苷酸为
SEQ ID NO:2
所示核苷酸序列的多核苷酸；或所述至少1个修饰的
CpG
位点为
SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸中选自第1～
48
号的任一“CpG”或其组合；较佳地为
SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸中选自第9～
19
号的任一
CpG
位点或其组合
、
第1～8号
CpG
位点或其组合
、
或第
20
～
48
号
CpG
位点或其组合；或所述多核苷酸片段为
SEQ ID NO:1
中第
302
～
428
位或第
272
～
458
位所示核苷酸序列的多核苷酸
。3.
如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述的肿瘤包括：呼吸系统肿瘤，消化系统肿瘤，泌尿系统肿瘤，妇科及生殖系统肿瘤，血液系统肿瘤，神经系统肿瘤，头颈部肿瘤，皮肤系统肿瘤，内分泌系统肿瘤或骨骼系统肿瘤；较佳地，所述肿瘤包括：肺癌，肝癌，前列腺癌，宫颈癌，子宫内膜癌，尿路上皮癌，胆道肿瘤，胃癌，乳腺癌，食管癌，脑胶质瘤，结直肠癌，白血病，胰腺癌，甲状腺癌，黑色素瘤，鼻咽癌，口腔癌，喉癌，骨肉瘤，淋巴瘤，肾细胞癌或卵巢癌
。4.
如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述鉴定肿瘤针对的样本包括：组织样本
、
体液样本
、
血液样本
。5.
一种制备鉴定肿瘤的试剂的方法，包括：
(a)
提供分离的多核苷酸或由其转变而来的多核苷酸，包括
(1)SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸
TAGMe
‑3，或含有其中至少1个修饰的
CpG
位点的多核苷酸片段；或
(2)
与
(1)
的多核苷酸或片段在序列上互补的多核苷酸；其中所述转变而来的多核苷酸为对应于
(1)
或
(2)
的多核苷酸，其非修饰的胞嘧啶转变为
T
或
U
，而其修饰的
CpG
位点的胞嘧啶
C
不变；较佳地，所述至少1个修饰的
CpG
位点为
SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸中选自第1～
48
号的任一
CpG
位点或其组合；较佳地为
SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸中选自第9～
19
号的任一
CpG
位点或其组合
、
第1～8号
CpG
位点或其组合
、
或第
20
～
48
号
CpG
位点或其组合；较佳地，所述多核苷酸片段为
SEQ ID NO:1
中第
302
～
428
位或第
272
～
458
位所示核苷酸序列的多核苷酸；
(b)
以
(a)
的多核苷酸作为靶序列，设计特异性检测该靶序列的
CpG
位点修饰情况的检测试剂
。6.
一种特异性检测靶序列的
CpG
位点修饰情况的试剂或试剂组合，其中所述的靶序列是：
(1)SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸
TAGMe
‑3，或含有其中至少1个修饰的
CpG
位点的多核苷酸片段；或
(2)
与
(1)
的多核苷酸或片段在序列上互补的多核苷酸；其中所述转变而来的多核苷酸为对应于
(1)
或
(2)
的多核苷酸，其非修饰的胞嘧啶转变为
T
或
U
，而其修
饰的
CpG
位点的胞嘧啶
C
不变；较佳地，所述的试剂或试剂组合针对包含所...

【专利技术属性】
技术研发人员：李振艳，汤佳林，李伟，
申请(专利权)人：上海奕谱生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：