可用于肿瘤鉴定的新型制造技术

本发明专利技术提供了可用于肿瘤鉴定的新型

【技术实现步骤摘要】
可用于肿瘤鉴定的新型DNA甲基化标志物TAGMe
‑
5及其用途


[0001]本专利技术属于肿瘤学和表观遗传学领域，更具体地，本专利技术涉及可用于肿瘤鉴定的新型
DNA
甲基化标志物
TAGMe
‑5及其用途
。

技术介绍

[0002]恶性肿瘤是一种复杂的疾病，严重威胁人类的生命健康
。
在遗传和致癌因素的作用下，引起正常细胞遗传物质
DNA
的损伤
、
突变，并且同时伴随着多种癌基因的激活和抑癌基因的失活，使得癌细胞不受控制得生长和增殖，侵犯临近正常组织，转移到远端的组织器官
。
侵袭和转移是恶性肿瘤的基本生物学特征，也是肿瘤患者死亡的主要原因
。
肿瘤的转移包括局部侵袭
、
内渗进入邻近的血管或淋巴管
、
在循环系统内的生存及运输
、
从循环系统的管腔外渗到远端组织
、
在远端组织克隆形成可见的肿瘤
。
肿瘤的转移是肿瘤细胞
、
宿主细胞和肿瘤微环境之间一系列复杂的相互作用，相互影响的连续过程，多条通路，多个基因，多种细胞因子参与了整个的侵袭和转移的过程
。
同时，表观遗传学
(Epigenomics)
因素也与恶性肿瘤的发生
、
发展或转移等密切相关
。
[0003]表观遗传学
(Epigenomics)
>是研究基因在不发生
DNA
序列改变的情况下，基因功能发生的可遗传的变化，并最终导致了表型的变化的一门学科
。
表观遗传学主要包括
DNA
甲基化
(DNA methylation)
，组蛋白修饰
(histone modification)
，
microRNA
水平变化等生化过程；
DNA
甲基化是研究较为深入的表观遗传学机制，在包括诊断和治疗在内的肿瘤临床实践中有着重要的应用前景
。DNA
甲基化是指生物体内在
DNA
甲基转移酶
(DNA methyltransferase
，
DMT)
的催化下，以
S
‑
腺苷甲硫氨酸
(SAM)
为甲基供体，将甲基转移到特定的碱基上的过程
。DNA
甲基化可以发生在腺嘌呤的
N
‑6位
、
胞嘧啶的
N
‑4位
、
鸟嘌呤的
N
‑7位或胞嘧啶的
C
‑5位等
。
但在哺乳动物中
DNA
甲基化主要发生在5’‑
CpG
‑3’
的
C
上，生成5‑
甲基胞嘧啶
(5mC)。
[0004]在基因组中
98
％以上的
CpG
二核苷酸散在的分布位于具有转录依赖性的转座潜能的重复序列中
。
在正常细胞中，这些
CpG
处于高度甲基化
/
转录沉默的状态，而在肿瘤细胞中这些
CpG
发生了广泛的去甲基化，导致重复序列的转录
、
转座子的活化，基因组的高度不稳定性和原癌基因转录增强
。
余下的占总量2％左右的
CpG
密集地分布于较小的区域
(CpG
岛
)。
约
40
‑
50
％的基因启动子区域或其附近存在
CpG
岛，暗示
DNA
甲基化可能参与该类基因转录调控机制
。
在肿瘤细胞中，这些原本在正常细胞中处于低甲基化状态的
CpG
岛会发生高甲基化而导致基因的转录失活
。
受影响的基因包括
DNA
修复基因，细胞周期控制基因和抗凋亡基因等抑癌基因
。
因此这种肿瘤细胞
DNA
异常甲基化谱式，已经成为一个新的肿瘤生物标志物研究领域
。
基因组
DNA
经亚硫酸氢盐处理后，进行
PCR(
甲基化特异
PCR
，
MSP)
检测可有效地确定受试
DNA
片段的特定位点的甲基化状态，作为一种定性分析手段，
MSP
可从含
10000
个正常细胞的复杂临床样品中检出个位数的甲基化异常的肿瘤细胞，只要这两者受试
DNA
特定区域的甲基化状态完全相反
。
[0005]基于
DNA
甲基化分子标志物的肿瘤早筛虽然逐渐获得人们的关注，但真正应用在
临床的方案却少之又少，所以有关肿瘤的筛查归于特检项目
。
另外，现有的肿瘤标志物大多仅针对特定的肿瘤类型，可用于多癌种筛查的标志物几乎没有
。
因此，寻找可用于诊断
、
预后和预测癌症发生发展的分子靶标，对于癌症的早期筛查
、
临床干预
、
以及指导患者治疗具有重要意义
。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提供一种可用于肿瘤鉴定的新型
DNA
甲基化标志物
TAGMe
‑5及其用途
。
[0007]在本专利技术的第一方面，提供分离的多核苷酸或由其转变而来的多核苷酸在制备鉴定肿瘤的试剂或试剂盒中的用途；其中，所述的多核苷酸包括：
(1)SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸
TAGMe
‑5，或含有其中至少1个修饰的
CpG
位点的多核苷酸片段，或
(2)
与
(1)
的多核苷酸或片段在序列上互补的多核苷酸；其中，由分离的多核苷酸转变而来的多核苷酸为对应于
(1)
或
(2)
的多核苷酸，其非修饰的胞嘧啶转变为
T
或
U
，而其修饰的
CpG
位点的胞嘧啶
C
不变
。
[0008]在另一实施方式中，所述
SEQ ID NO:1
还包括其序列变体，或同源序列
。
[0009]在另一实施方式中，所述序列变体或同源序列为与所述
SEQ ID NO:1
所示序列相比，具有
80
％以上
、85
％以上
、90
％以上
、92
％以上
、95
％以上
、96
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
分离的多核苷酸或由其转变而来的多核苷酸在制备鉴定肿瘤的试剂或试剂盒中的用途；其中，所述的多核苷酸包括：
(1)SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸
TAGMe
‑5，或含有其中至少1个修饰的
CpG
位点的多核苷酸片段；或
(2)
与
(1)
的多核苷酸或片段在序列上互补的多核苷酸；其中，由分离的多核苷酸转变而来的多核苷酸为对应于
(1)
或
(2)
的多核苷酸，其非修饰的胞嘧啶转变为
T
或
U
，而其修饰的
CpG
位点的胞嘧啶
C
不变
。2.
如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述由分离的多核苷酸转变而来的多核苷酸为
SEQ ID NO:2
所示核苷酸序列的多核苷酸；或所述至少1个修饰的
CpG
位点为
SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸中选自第1～
22
号的任一
CpG
或其组合；较佳地为
SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸中选自第9～
16
号的任一
CpG
位点或其组合
、
第1～8号
CpG
或其组合
、
或第
17
～
22
号
CpG
位点或其组合；或所述多核苷酸片段为
SEQ ID NO:1
中第
277
～
392
位或第
247
～
421
位所示核苷酸序列的多核苷酸
。3.
如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述的肿瘤包括：呼吸系统肿瘤，消化系统肿瘤，泌尿系统肿瘤，妇科及生殖系统肿瘤，血液系统肿瘤，神经系统肿瘤，头颈部肿瘤，皮肤系统肿瘤，内分泌系统肿瘤或骨骼系统肿瘤；较佳地，所述肿瘤包括：肺癌，肝癌，前列腺癌，宫颈癌，子宫内膜癌，尿路上皮癌，胆道肿瘤，胃癌，乳腺癌，食管癌，脑胶质瘤，结直肠癌，白血病，胰腺癌，甲状腺癌，黑色素瘤，鼻咽癌，口腔癌，喉癌，骨肉瘤，淋巴瘤，肾细胞癌或卵巢癌
。4.
如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述鉴定肿瘤针对的样本包括：组织样本
、
血液样本
、
体液样本
。5.
一种制备鉴定肿瘤的试剂的方法，包括：
(a)
提供分离的多核苷酸或由其转变而来的多核苷酸，包括
(1)SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸
TAGMe
‑5，或含有其中至少1个修饰的
CpG
位点的多核苷酸片段；或
(2)
与
(1)
的多核苷酸或片段在序列上互补的多核苷酸；其中所述转变而来的多核苷酸为对应于
(1)
或
(2)
的多核苷酸，其非修饰的胞嘧啶转变为
T
或
U
，而其修饰的
CpG
位点的胞嘧啶
C
不变；较佳地，所述至少1个修饰的
CpG
位点为
SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸中选自第1～
22
号的任一
CpG
位点或其组合；较佳地为
SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸中选自第9～
16
号的任一
CpG
位点或其组合
、
第1～8号
CpG
位点或其组合
、
或第
17
～
22
号
CpG
位点或其组合；较佳地，所述多核苷酸片段为
SEQ ID NO:1
中第
277
～
392
位或第
247
～
421
位所示核苷酸序列的多核苷酸；
(b)
以
(a)
的多核苷酸作为靶序列，设计特异性检测该靶序列的
CpG
位点修饰情况的检测试剂
。6.
一种特异性检测靶序列的
CpG
位点修饰情况的试剂或试剂组合，其中所述的靶序列是：
(1)SEQ ID NO:1
所示核苷酸序列的多核苷酸
TAGMe
‑5，或含有其中至少1个修饰的
CpG
位点的多核苷酸片段；或
(2)
与
(1)
的多核苷酸或片段在序列上互补的多核苷酸；其中所述转变而来的多核苷酸为对应于
(1)
或
(2)
的多核苷酸，其非修饰的胞嘧啶转变为
T
或
U
，而其修饰的
CpG
位点的胞嘧啶
C
不变；较佳地，所述的试剂或试剂组合针对包含所述靶...

【专利技术属性】
技术研发人员：李振艳，汤佳林，李伟，
申请(专利权)人：上海奕谱生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：