【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】检测靶核酸序列的方法
[0001]本公开和专利技术涉及核酸检测领域。特别地，本公开和专利技术涉及一种用于在生成第二代RCA产物的2阶段RCA反应(所谓的超级RCA(sRCA)，在本文中也称为“SafeLock”)中使用挂锁探针和滚环扩增(RCA)检测靶分子中靶核酸序列的方法，可以通过该方法检测靶核酸序列并与其他核酸序列区分开来。该方法依赖于间隙
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连接挂锁探针技术，并且可以用于检测样品中可能出现的变异序列。还提供了用于该方法的试剂盒。
技术介绍
[0002]靶核酸序列的检测应用于包括以下的许多不同领域：特别是在临床上用于个性化医疗，和疾病(诸如癌症、传染病和遗传性或基因病症)的诊断、预后和/或治疗，以及研究和生物安全性。
[0003]使用标记的杂交探针可以容易地检测靶核酸序列，但是简单杂交探针具有相对高的检测下限，并且不能容易地用于区分相似的核酸序列。为了增加灵敏度，通常可以扩增含有靶序列的靶核酸分子以增加可用于检测的靶序列的量。本领域已知的多种技术中的任一种均可以用于扩增
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于检测样品中靶分子中的靶核酸序列的方法，所述方法包括：(i)使所述靶分子与第一挂锁探针接触，所述第一挂锁探针包含位于或靠近其相应的5'和3'末端的靶结合区，所述靶结合区能够与靶核酸分子中位于所述靶核酸序列侧翼的互补结合位点杂交，并允许所述探针的靶结合区与所述靶核酸分子杂交；(ii)任选地在所述5'和/或3'末端裂解任何未杂交的核苷酸后，使用聚合酶延伸所述挂锁探针的杂交的3'末端以创建所述靶核酸序列的互补拷贝，并使延伸的3'末端与杂交的5'末端连接以环化所述挂锁探针；(iii)使用环化的挂锁探针作为第一RCA模板进行第一RCA反应以生成第一RCA产物(RCP)，所述第一RCA产物包含所述靶核酸序列的拷贝的多个重复序列；(iv)使所述第一RCP与包含对所述靶核酸序列具有特异性的靶结合区的第二挂锁探针接触并允许所述探针与所述多个重复序列中的靶序列杂交；(v)连接杂交的第二挂锁探针以环化所述杂交的挂锁探针；(vi)使用环化的第二挂锁探针作为第二RCA模板进行第二RCA反应以生成含有所述第二挂锁探针的多个重复序列互补拷贝的第二RCP；(vii)检测所述第二RCP以检测所述第二挂锁探针，从而检测所述靶核酸序列。2.根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(i)中，所述挂锁探针的3'靶结合区比5'靶结合区短至少6个碱基，并且使所述挂锁探针与dNTP、聚合酶和连接酶一起与所述靶核酸分子接触，并且其中所述dNTP以不超过10μM的浓度提供并且所述聚合酶以不超过0.025U/u的浓度提供。3.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(i)包括：(a)使所述靶核酸分子与所述第一挂锁探针接触并允许所述探针的所述靶结合区与所述靶核酸分子杂交；以及(b)在所述探针已与所述靶核酸分子杂交后，使杂交的挂锁探针/靶核酸反应混合物与聚合酶接触。4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述方法用于检测样品中靶核酸分子中的变异靶核酸序列，并且步骤(iv)至(vi)包括：(iv)使所述第一RCP与两个或更多个第二挂锁探针接触，所述第二挂锁探针各自包含对所述靶核酸序列的不同变体具有特异性的靶结合区，并允许所述探针与所述多个重复序列中的其相应的变异靶序列(在存在时的)杂交；(v)使已杂交的所述第二挂锁探针连接以环化杂交的挂锁探针；(vi)使用环化的挂锁探针作为第二RCA模板进行第二RCA反应以生成含有所述第二挂锁探针的多个重复序列互补拷贝的第二RCP；(vii)检测所述第二RCP以鉴定所述第二挂锁探针，从而鉴定所述变异靶核酸序列。5.根据权利要求2或权利要求4所述的方法，其中循环重复步骤(i)和(ii)以生成所述第一RCA模板。6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述靶核酸分子是基因组DNA。7.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述靶核酸分子是RNA，并且所述方法包括在步骤(i)中与所述挂锁探针接触之前生成靶RNA的cDNA拷贝。8.根据权利要求4至7中任一项所述的方法，其中所述变异靶核酸序列是：可能存在于
靶核酸分子中给定位置处的突变靶核酸序列或野生型序列，或在靶核酸分子中靶位置处的等位基因变体，或可能存在于靶核酸分子中的多态性。9.根据权利要求1至6或8中任一项所述的方法，...
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