SLC38A11基因SNPs分子标记引物组合及其在分子辅助育种中的应用制造技术

本发明专利技术公开了一种SLC38A11基因SNPs分子标记引物组合及其应用，SLC38A11基因SNPs分子标记引物组合扩增选自如下SNP1~SNP4合计4个位点：SNP1位于NC_052538.1染色体7上第19643427位，其为C或T多态；SNP2位于NC_052538.1染色体7上第19642671位，其为A或G多态；SNP3位于NC_052538.1染色体7上第19645928位，其为T或C多态；SNP4位于NC_052538.1染色体7上第19633704位，其为G或A多态。在育种中可以将SNP1~SNP4的TCAATTAA优势等位基因型作为选育胸部皮肤亮度L*值的重要分子标记，通过选留具有TC、AA、TT、AA基因型个体，淘汰其他基因型个体的方法来辅助提高胸皮乌色度的选育，加快胸皮乌色度世代选育进展。胸皮乌色度世代选育进展。胸皮乌色度世代选育进展。

【技术实现步骤摘要】
SLC38A11基因SNPs分子标记引物组合及其在分子辅助育种中的应用


[0001]本专利技术涉及分子标记辅助育种
，具体地，涉及SLC38A11基因SNPs分子标记引物组合及其在乌骨鸡皮肤乌色度分子标记辅助育种中的应用。

技术介绍

[0002]乌骨鸡具有药用和食用价值，具有乌皮、乌肉等特点，以其黑色素含量高和独特的滋补、药用价值而深受广大消费者的喜爱。黑色素沉积是造成乌色形成的主要原因，人们在消费中惯于以其乌色的深浅来评判品质的优劣。黑色素沉积是一个复杂的调控系统，经历黑色素细胞的分化及迁移、黑色素的合成及转运等过程，受到多种基因和信号通路等因子调控。溶质载体（solute carrier family, SLC）家族是一类重要的跨膜蛋白，负责神经递质、氨基酸等多种物质的跨膜运输和吸收。溶质载体SLC共有395个成员，分为52个家族，氨基酸转运蛋白家族SLC38由11个成员组成（SLC38A1
‑
11），这些成员在大脑中表达，且仅在神经元或星形胶质细胞中表达，有些在两者中都表达。SLC38A11（溶质载体家族38，成员11），是一种含有406个氨基酸的多通道膜蛋白，属于氨基酸/多胺转运蛋白2家族。SLC38A11蛋白被鉴定为一种钠依赖性氨基酸/质子反向转运蛋白。我们前期通过对乌骨鸡和非乌骨鸡转录组测序发现，SLC38A11在乌骨鸡中高度表达，SLC38A11基因可能是影响乌色度的重要候选基因。
[0003]研究表明，皮肤亮度L*值反映皮肤肌肉表面的亮度，L*值越低，皮肤肌肉颜色越暗，乌色度越高，黑色素含量越高，确立了亮度L*值可作为乌色度性状选育的参考指标。目前在育种过程中通常以肉眼观察皮肤乌色度进行选育，世代遗传进展缓慢，因此，寻找皮肤乌色度显著相关的分子标记，对于提高皮肤乌色度世代选育进展具有重要意义。

技术实现思路

[0004]针对目前乌骨鸡皮肤乌色度选育进展缓慢的问题，本专利技术提供了SLC38A11基因SNPs分子标记引物组合及其在乌骨鸡皮肤乌色度分子标记辅助育种中的应用。所述SLC38A11基因SNPs分子标记（SNP1~SNP4）相关信息如下：
各SNP位点引物的核苷酸序列如下：所述SNP分子标记的筛选方法如下：采用基于飞行时间质谱分析技术的MassARRAY平台对黑色素沉积相关基因的60个SNP位点进行基因分型，剔除没有多态性的SNP位点。使用SPSS 16.0软件的一般线性模型中的单变量方差分析进行多态性位点基因型与肤色亮度L*值关联分析。经过分析，筛选到SLC38A11基因的4个SNPs位点具有多态性，首先分析单个SNP标记与皮肤肤色亮度L*值性状的相关性，4个SNPs位点不同基因型间背部肤色和大腿部肤色亮度L*值均差异不显著，3个SNP位点与胸部皮肤亮度L*值显著相关。采用Haploview软件分析SLC38A11基因的4个SNPs位点的连锁不平衡（LD）程度，发现SNP2、SNP3、SNP4三个位点处于强连锁状态，连锁产生了3种单倍型，3种单倍型组合后产生6种基因型组合，分析不同单倍型组合与肤色亮度L*值性状的相关性，H3H3单倍型（AATTAA基因型）胸部肤色亮度L*值最低，乌色度最高。SNP1~SNP4四个位点基因型合并后产生8种基因型，TCAATTAA胸部皮肤亮度L*值较低，乌色度较高，为胸部皮肤乌色度的优势基因型。SLC38A11基因4个SNPs的TC、AA、TT、AA基因型可以作为乌骨鸡胸部乌色度分子辅助育种的重要分子标记。
[0005]本专利技术另一方面提供一种上述SLC38A11基因SNPs分子标记引物组合在乌骨鸡皮肤乌色度分子标记辅助育种中的应用。
[0006]具体地，应用方法包括如下步骤：（1）提取待测鸡基因组总DNA；优选地，所述待测鸡的基因组DNA由该鸡种的个体翅静脉采血得到。
[0007]（2）背部皮肤亮度L*值、大腿部皮肤亮度L*值和胸部皮肤亮度L*值测定方法：将活鸡背部、大腿部和翅根下面的胸部三个部位的羽毛拔掉1cm2左右的片区，用75%酒精棉球擦
拭一下，再用TC.PIIG 型全自动测色色差计测定背部皮肤、胸部皮肤、大腿部皮肤的亮度L*值。所有肤色测定均由同一人测量，所测部位基本一致。
[0008]（3）根据4个SNPs位点设计引物，进行PCR扩增，并进行测序验证和基因分型；PCR产物送生物公司进行测序，将所得序列与鸡的参考基因组进行比对，找出多态性位点。4个SNPs位点PCR产物的核苷酸序列如下所示：SNP1：SLC38A11
‑
第11外显子，rs740324212（突变位点C/T），PCR产物：196 bp。
[0009]ATTTTTCCATGGGAGCCTCTCAGCAGTTTTCCATATTGTTGTGACAGTAATTATCATTGCTGTGGK[C/T]GACTGGTGTATCATTAGTGTATGACTGCCTTGGAATAGTTTTAGAGCTGAATGTAAGTGAACCTGTATATTCTTCTATTTAATAAATCACTTTAAAAAAAATAAAATAGAGCAGAGTTCTGAGATATCCG。
[0010]SNP2：SLC38A11
‑
第10外显子，rs313490398（突变位点A/G），PCR产物: 230 bp。
[0011]ATGCAAGAGGAAAGGGGATTAGGAAGTCTCAATTATTCCAGTGATTCTATTAACTTATTCTTCAATTTACAAATAAGTAAATGAGGTGACTTCAATCTAATTGATGTTTTGCTATACCTTAGGAGATATATTTGAAAACTACTGTAGAGATGACAACCTTGCTACK[A/G]TTTGGAAGGTTTTGTTATGGAGTTACTGTAATTCTGACCTTTCCTCTTGAATGTTTTGTCACCA。
[0012]SNP3：SLC38A11
‑
第12外显子，rs16594209（突变位点T/C），PCR产物: 241 bp。
[0013]GTCTGAAGAGCGATGGAACCATTCAGATAAACTCATCTCCTGCCTGATTCTTGCTGTTGGTGTGCTAGTGATGACAGTTGGGTTTGTTTTGACTATCTTGCATCCCCAGGAATGTAGCCATGGAAAAGAAATGTTCTACTGCTTTGCTAGK[T/C]AATGTTTCTTTGTACAACAGTACACTTCCCCCATAGGTAATGCTCCAATCTCTGCACTAGATCAGGGGCATCTCCCAGGAAGCCATATGA。
[0014]SNP4：SLC38A11
‑
第7外显子，rs313831938(突变位点G/A)，PCR产物长度: 232 bp。
[0015]AGACGATGGTGTAGGACAAGCTACATGATTATAAATATTTGATATGTGAT本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.SLC38A11基因SNPs分子标记引物组合，其特征在于，所述引物组合扩增选自如下SNP1~SNP4合计4个位点：SNP1位于NC_052538.1染色体7上第19643427位，其为C或T多态；SNP2位于NC_052538.1染色体7上第19642671位，其为A或G多态；SNP3位于NC_052538.1染色体7上第19645928位，其为T或C多态；SNP4位于NC_052538.1染色体7上第19633704位，其为G或A多态。2. 根据权利要求1所述的引物组合，其特征在于，各SNP引物的核苷酸序列为：SNP1
‑
F：5
’
ATTTTTCCATGGGAGCCTCT 3
’
SNP1
‑
R：5
’
CGGATATCTCAGAACTCTGCTC 3
’
SNP2
‑
F：5
’
ATGCAAGAGGAAAGGGGATT 3
’
SNP2
‑
R：5
’
TGGTGACAAAACATTCAAGAGG 3
’
SNP3
‑
F：5
’
GTCTGAAGAGCGATGGAACC 3
’
SNP3
‑
R：5
’
TCATATGGCTTCCTGGGAGA 3
’
SNP4
‑
F：5
’
AGACGATGGTGTAGGACAAGC 3
’
SNP4
‑
R：5
’
TGTGGACCAAGTGTTACTGTCC 3
’
。3.根据权利要求1或2所述的引物组合，其特征在于，SNP分子标记的筛选方法为：采用基于飞行时间质谱分析技术的MassARRAY平台对黑色素沉积相关基因的60个SNP位点在丝羽乌骨鸡192个个体中进行基因分型，剔除没有多态性的SNP位点；使用SPSS 16.0软件的一般线性模型中的单变量方差分析进行多态性位点基因型与肤色亮度L*值关联分析；筛选到S...

【专利技术属性】
技术研发人员：屠云洁，束婧婷，章明，巨晓军，刘一帆，姬改革，单艳菊，肖芹，卢一舟，张海涛，许圣海，韦涛，张进，盛中伟，卢永胜，戴利霞，卢新旺，
申请(专利权)人：和盛食品集团有限公司江苏立华牧业股份有限公司，
类型：发明
国别省市：