一种与猪背膘厚相关的因果候选基因及其鉴定方法和应用技术

一种与猪背膘厚相关的因果候选基因及其鉴定方法和应用，本发明专利技术涉及动物基因工程领域，一种与猪背膘厚相关的因果候选基因，其特征在于：与猪背膘厚相关的因果候选基因的显著信号位点为SSC9：15828911，所述信号位点对应的调控基因为RAB30。本发明专利技术的有益效果为通过联合多组学数据能够快速、低成本、有效的对猪脂肪沉积的因果候选基因进行精细定位，其方法和结果能够为猪脂肪沉积的遗传解析和猪肉质改良的分子育种提供理论依据和重要参考。改良的分子育种提供理论依据和重要参考。改良的分子育种提供理论依据和重要参考。

【技术实现步骤摘要】
一种与猪背膘厚相关的因果候选基因及其鉴定方法和应用


[0001]本专利技术涉及动物基因工程领域，具体为一种与猪背膘厚相关的因果候选基因及其鉴定方法和应用。

技术介绍

[0002]猪脂肪沉积性状作为一个复杂的数量性状，是猪生产及育种中最为重要的经济性状指标之一，也是现代猪育种工作的重要研究方向，最近十年里随着 GWAS 的广泛开展，大量的与猪脂肪沉积性状相关的 QTL 及候选基因被挖掘出来，但是鉴别其中的因果基因及致因突变成为后GWAS 时代的重要挑战。另外猪脂肪沉积的过程也是动态复杂的，是由多种分子和通路在多个维度共同调控，单一组学的研究方法是不足以推测与还原出猪脂肪沉积过程的调控机制。综合目前情况，使用多组学方法研究猪的复杂性状已逐渐成为趋势。
[0003]国内有多个公司或机构在这方面进行了研究，例如，公开号为CN114908056A，公开了一种表达猪PRV gDFc或gBFc融合蛋白的重组CHO细胞系及其构建方法和应用，其提供了一种表达猪伪狂犬病病毒gDFc或gBFc融合蛋白的重组CHO细胞系及其构建方法和应用，属于疫苗
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与猪背膘厚相关的因果候选基因，其特征在于：与猪背膘厚相关的因果候选基因的显著信号位点为SSC9：15828911，所述信号位点对应的调控基因为RAB30。2.一种与猪背膘厚相关的因果候选基因的应用，其特征在于：根据权利要求1所述的一种与猪背膘厚相关的因果候选基因应用于猪的脂肪沉积的遗传解析。3.一种与猪背膘厚相关的因果候选基因的应用，其特征在于：根据权利要求1所述的一种与猪背膘厚相关的因果候选基因应用于猪肉质改良的分子育种。4.一种与猪背膘厚相关的因果候选基因的鉴定方法，其特征在于：具体实施的步骤如下：S101：样品采集及表型的测定，所有试验猪均有表型记录和系谱信息，且处于同样的饲养条件，于屠宰现场测定脂肪沉积表型，所述脂肪沉积表型为背膘厚，并割取背最长肌500g用以后续测序；S102：基因型数据的获取，采集所有试验猪的背最长肌组织，利用高通量DNA提取试剂盒进行样品DNA的提取，提取后的DNA样品进行2种检测：（1） 使用1%琼脂糖凝胶电泳方法分析DNA的纯度和完整性；（2）使用Qubit对DNA浓度进行准确定量，将合格DNA样品浓度稀释至50ng/
µ
l，使用猪50K液相芯片进行扫描和分型，该芯片包含全基因组范围内52，000个SNP；通过DNA样品检测获得SNP进行质控处理，之后进行基因型数据填充，以上述试验猪群体的GenoBaits Porcine SNP50K Panel基因分型结果为基础，所述GenoBaits Porcine SNP50K Panel为液相50K芯片，含核心SNP和区段SNP位点共108923个，以一千头以上含多个品种猪的全基因组测序数据作为参考群，将芯片数据填充至测序数据水平；填充后SNP位点数为42523218个，对填充后的基因型数据按照进行质量控制；最终保留15389322个SNP；S103：组织总RNA提取与测序，随机挑选所述试验猪中的四分之一以上的个体作为测序试验猪，对测序试验猪背最长肌进行mRNA建库测序，利用Trizol法提取36个样本的总RNA，并取2μL新提的RNA分别进行1%琼脂糖凝胶电泳检测RNA样品是否有降解及杂质，并用紫外分光光度计测定吸光度，通过评价方法对所得 RNA的质量进行评价获得高质量的RNA，之后对于高质量的RNA进行进一步测序；S104：eQTL分析，利用MatrixEQTL v2.1.0建立基因组信息与基因表达之间的关系，通过利用最小二乘和 ANOVA 模型，将基因型的影响建模为加性线性或分类，检验每个单核苷酸多态性和每个转录本之间的关联关系，通过异方差和相关误差来解释样本的相关性， 并检测出基因型和协变量的相互作用，对样本中的17024个基因的表达谱和测序水平基因型数据进行关联分析，对每个基因
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SNP对执行单独测试，并通过计算错误发现率来纠正多重比较，将校正后的 P 值小于0.05的SNPs认为是显著的，确定eQTL
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eGene对，最终通过eQTL分析鉴定到了49131个cis SNP
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gene，所述cis SNP
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gene涉及33756个cis
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SNPs和1041个cis
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genes；S105：GWAS分析，采用单性状线性混合模型，利用填充后的测序数据，所述的测序数据有15389322个SNP位点，对459个个体的平均背膘厚进行了全基因组的关联分析，采用FDR多重校正方法，发现312个显著SNP；S106：GWAS与eQTL 的共定位分析，采用基于贝叶斯方法的coloc软件利用eQTL分析结
果与平均背膘厚的GWAS分析结果进行共定位，找到可能参与调控基因表达以及表型变异的共同QTL，以SNP为桥梁确定影响对应表型的表达基因，结果显示9号染色体上存在比较多的显著位点，其中SSC9：15828911...

【专利技术属性】
技术研发人员：王楚端，刘华涛，丁向东，马福平，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：