大白母猪繁殖性能的分子标记、引物、试剂盒、鉴定方法及应用技术

本申请涉及大白母猪繁殖性能检测技术领域，具体涉及大白母猪繁殖性能的分子标记、引物、试剂盒、鉴定方法及应用。该分子标记引物如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.2所示。该分子标记，包括猪10号染色体上的40058390位碱基发生T>C的单碱基突变形成的核苷酸序列和/或40058492位碱基发生C>T的单碱基突变形成的核苷酸序列。在BAMBI基因CDS区中筛查到的2个SNPs均与大白母猪繁殖性能相关，可为大白母猪的分子标记辅助选育提供参考数据。记辅助选育提供参考数据。记辅助选育提供参考数据。

【技术实现步骤摘要】
大白母猪繁殖性能的分子标记、引物、试剂盒、鉴定方法及应用


[0001]本申请涉及大白母猪繁殖性能检测
，具体涉及大白母猪繁殖性能的分子标记、引物、试剂盒、鉴定方法及应用。

技术介绍

[0002]大白母猪繁殖性能是影响生猪养殖经济效益的关键因素，但大白母猪繁殖性能是由微效多基因控制的数量性能，其遗传力低，基于常规方法进行选育改良效果不大。随着分子生物学技术的发展，高密度SNP芯片、基因分型、全基因组关联分析等技术得以快速发展和应用，从表型选育进入到对重要性能与关联基因的分子选育过程，实现了家畜群体持续的遗传改良和综合性能的不断提。单核苷酸多态性位点(SNPs)是指在基因组上单个核苷酸变异形成的遗传标记，与动物生、繁殖及疾病等相关。为此，挖掘与母猪繁殖性能相关的SNPs，对于提高母猪的繁殖性能意义重大。

技术实现思路

[0003]本申请专利技术人经过大量研究表明BAMBI基因可能与猪的产仔数高低相关，并且通过混池DNA测序结合多重PCR的方法对BAMBI基因SNPs进行筛选和分型，并与大白母猪繁殖性能进行关联分析，发现在BAMBI基因CDS区中筛查到的2个SNPs均与大白母猪繁殖性能相关，可为大白母猪的分子标记辅助选育提供参考数据。
[0004]为此，本申请实施例至少公开了以下技术方案：
[0005]一种大白猪母猪繁殖性能的分子标记引物，包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的DNA分子。
[0006]一种大白猪母猪繁殖性能的分子标记，由所述的分子标记引物扩增形成。
[0007]一种大白猪母猪繁殖性能的分子标记，包括：
[0008]猪10号染色体上的40058390位碱基发生T>C的单碱基突变形成的核苷酸序列；和/或
[0009]猪10号染色体上的40058492位碱基发生C>T的单碱基突变形成的核苷酸序列。
[0010]所述的分子标记引物、所述的分子标记在制备鉴定大白猪母猪种质资源、类别的试剂中的用途。
[0011]一种试剂盒，包含所述的分子标记引物和/或所述的分子标记。
[0012]一种大白母猪猪繁殖性能的鉴定方法，包括：
[0013]获取待测大白母猪的基因组DNA；
[0014]通过所述的分子标记引物进行PCR扩增；
[0015]根据扩增产物的核苷酸序列检测猪10号染色体上的40058390位点的基因型和/或猪10号染色体上的40058492位的基因型；
[0016]根据所述基因型确定所述大白母猪繁殖性能。
[0017]与现有技术相比，本申请至少具有以下有益效果之一：
[0018]本申请实施例通过混池DNA测序结合多重PCR的方法对BAMBI基因SNPs进行筛选和分型，并与大白母猪繁殖性能进行关联分析，发现在BAMBI基因CDS区中筛查到的2个SNPs均与大白母猪繁殖性能相关，可为大白母猪的分子标记辅助选育提供参考数据。
[0019]本申请实施例在BAMBI基因CDS区筛查到g.390T>C和g.492C>T两个同义突变位点。g.390T>C和g.492C>T两个位点在大白母猪群中处于强连锁遗传(R2＝0.66)且符合Hardy
‑
Weinberg平衡状态(P>0.05)。mRNA二级结构预测显示：BAMBI基因发生g.390T>C和g.492C>T突变后改变了BAMBI基因mRNA二级结构和自由能。关联分析显示：g.390T>C与大白母猪乳头数、总产仔数、产活仔数、健仔数显著相关(P＜0.05)，与大白母猪出生窝重极显著相关(P＜0.01)；g.492C>T与大白母猪乳头数、母系指数、繁殖指数、总产仔数、产活仔数、木乃伊数和校正21日龄窝重显著相关(P＜0.05)，与大白母猪健仔数极显著相关(P＜0.01)。
附图说明
[0020]图1为本申请实施例提供的BAMBI基因PCR扩增。
[0021]图2为本申请实施例提供的BAMBI基因SNPs位点。
[0022]图3为本申请实施例提供的BAMBI基因连锁不平衡分析结果；注：A，连锁不平衡图(D`值)：格子中的数字为D`
×
100的值，格子中无数字表示D`＝1；B，连锁不平衡图(R2值)：格子中的数字为R2×
100的值，根据R2值判断位点之间的连锁不平衡状态，R2＝0表示完全连锁平衡，R2>0.33表示强连锁不平衡，R2＝1表示完全连锁不平衡。
[0023]图4为本申请实施例提供的BAMBI基因二级结构分析结果；注：A为BAMBI基因野生型二级结构，B为BAMBI基因g.390T>C突变型二级结构，C为BAMBI基因g.492C>T突变型二级结构；数字表示最小自由能。
具体实施方式
[0024]为了使本申请的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例对本申请进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本申请，并不用于限定本申请。本申请中未详细单独说明的试剂均为常规试剂，均可从商业途径获得；未详细特别说明的方法均为常规实验方法，可从现有技术中获知。
[0025]需要说明的是，本专利技术的说明书和权利要求书及上述附图中的术语“第一”、“第二”等是用于区别类似的对象，而不必用于描述特定的顺序或先后次序，也不对其后的技术特征起到实质的限定作用。应该理解这样使用的数据在适当情况下可以互换，以便这里描述的本专利技术的实施例能够以除了在这里图示或描述的那些以外的顺序实施。此外，术语“包括”和“具有”以及他们的任何变形，意图在于覆盖不排他的包含，例如，包含了一系列步骤或单元的过程、方法、系统、产品或设备不必限于清楚地列出的那些步骤或单元，而是可包括没有清楚地列出的或对于这些过程、方法、产品或设备固有的其它步骤或单元。
[0026]为了更好地理解本专利技术而不是限制本专利技术的范围，在本申请中所用的表示用量、百分比的所有数字、以及其他数值，在所有情况下都应理解为以词语“大约”所修饰。因此，除非特别说明，否则在说明书和所附权利要求书中所列出的数字参数都是近似值，其可能会根据试图获得的理想性质的不同而加以改变。各个数字参数至少应被看作是根据所报告
的有效数字和通过常规的四舍五入方法而获得的。
[0027]为研究骨形成蛋白和激活素的跨膜蛋白抑制因子(BMP and Activin Membrane
‑
Bound Inhibitor，BAMBI)遗传变异与大白母猪繁殖性能的关系。本申请实施例选用健康的大白母猪为实验材料，提取耳组织DNA进行混池测序，筛查BAMBI基因潜在的SNPs，采用基因分型技术对候选SNPs进行基因分型，并与大白母猪繁殖性能进行关联分析。
[0028]为此，本申请实施例提供了一种大白本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种大白猪母猪繁殖性能的分子标记引物，包括如SEQ ID NO.1的DNA分子和SEQ ID NO.2所示的DNA分子。2.一种大白猪母猪繁殖性能的分子标记，由权利要求1所述的分子标记引物扩增形成。3.根据权利要求2所述的分子标记，其包括如SEQ ID NO.3～6任一所示的DNA分子。4.一种大白猪母猪繁殖性能的分子标记，包括：猪10号染色体上的40058390位碱基发生T>C的单碱基突变形成的核苷酸序列；和/或猪10号染色体上的40058492位碱基发生C>T的单碱基突变形成的核苷酸序列。5.根据权利要求4所述的分子标记，其中，猪10号染色体上的40058390位在在大白母猪乳头数上TC基因型显著高于TT基因型，经产大白母猪总产仔数、产活仔数上均为CC基因型显著高于TT基因型，在健仔数上CC和TC显著高于TT基因型，在经产大白母猪出生窝重上CC基因型极显著高于TT基因型；猪10号染色体上的40058492位在大白母猪乳头数上TC和TT基因型均显著高于CC基因型，在母系指数和繁殖指数上TT基因型显著高于CC基因...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄涛，李清春，和军飞，符彬彬，张庆泽，何凡，祁梦凡，张华鹏，
申请(专利权)人：石河子大学，
类型：发明
国别省市：