一种与猪繁殖性状和猪育种相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与猪繁殖性状和猪育种相关的SNP分子标记及其应用，涉及猪分子标记技术领域。所述繁殖性状为总产仔数和健仔数；所述分子标记位于猪PCCB基因的部分DNA序列中，所述分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，该序列长度为713bp；所述分子标记包括rs345310133位点的SNP；在所述序列的第387bp处存在一处C/T碱基突变。本发明专利技术首次发掘了猪PCCB基因中的一个SNP分子标记与猪的总产仔数和健仔数性状相关，因此可用于猪标记辅助选择育种，即提供了猪PCCB基因中一个SNP分子标记在猪繁殖性状的标记辅助育种的新用途，实现了对猪繁殖性状的早期筛选，筛选方法简单快速。速。速。

【技术实现步骤摘要】
一种与猪繁殖性状和猪育种相关的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及猪分子标记
，具体涉及一种与猪繁殖性状和猪育种相关的SNP分子标记。

技术介绍

[0002]猪繁殖性状的遗传改良越来越受到育种者的重视。总产仔数和健仔数是评价猪繁殖性状的几个重要指标，提高猪总产仔数和健仔数对提高养猪业的总体经济效益意义重大。然而由于猪的繁殖性状为低遗传力性状，在0.1左右，通过常规育种改良较为困难。因此寻找影响繁殖性状的分子标记，通过分子辅助育种对提高猪繁殖具有重要意义。
[0003]PCCB基因(propionyl
‑
CoA carboxylase subunit beta,PCCB)位于猪13号染色体上，参与脂质、胆固醇以及氨基酸的分解，该基因的变异会引起丙酸血症。目前，暂未有PCCB基因与猪繁殖性状相关的SNP位点的报道，因此该标记的发现对于猪繁殖性状的遗传改良具有潜在的重要价值。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的在于克服现有技术的缺陷，提供了一种与猪繁殖性状和猪育种相关的SNP分子标记及其应用，本专利技术发现了PCCB基因中某一SNP与猪繁殖性状关联，可作为猪繁殖性状筛选和猪选育的分子标记。
[0005]为了实现上述技术目的，本专利技术主要采用如下技术方案：
[0006]第一方面，本专利技术提供了一种与猪繁殖性状和猪育种相关的SNP分子标记，所述繁殖性状为总产仔数和健仔数；所述分子标记位于猪PCCB基因的部分DNA序列中，所述分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，该序列长度为713bp；所述分子标记包括rs345310133位点的SNP；在所述序列的第387bp处存在一处C/T碱基突变。
[0007]进一步的，所述序列SEQ ID NO.1中第387bp处的C或T的碱基多态性位点，表现为CC、CT或TT三种基因型，其中T等位基因为优势等位基因。
[0008]第二方面，本专利技术提供了一种如第一方面所述的SNP分子标记在在猪繁殖性状筛选和猪育种中的应用。
[0009]第三方面，本专利技术提供了一种用于扩增如第一方面所述的分子标记的引物对，所述引物对包括：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
[0010]第四方面，本专利技术提供了一种如第三方面所述的引物对在猪繁殖性状筛选和猪育种中的应用。
[0011]第五方面，本专利技术提供了一种利用如第一方面所述的与猪繁殖性状和猪育种相关的SNP分子标记进行快速选育的试剂盒，包含如第三方面所述的引物对。
[0012]第六方面，本专利技术提供了一种猪选育方法，所述方法包括：
[0013]S1、提取猪的基因组DNA；
[0014]S2、以步骤S1得到的基因组DNA作为模板，采用如权利要求4所述的引物对进行PCR扩增，得到如权利要求1所述的分子标记并纯化；
[0015]S3、对步骤S2纯化后的分子标记进行测序分析，保留该序列第387bp处携带有T等位基因的个体，淘汰携带有C等位基因的个体。
[0016]优选的，步骤S1中，从待测猪的耳缘组织中提取基因组DNA。
[0017]与现有技术相比，本专利技术的有益效果是：本专利技术首次发掘了猪PCCB基因中的一个SNP分子标记(rs345310133)与猪的繁殖性状，具体为总产仔数和健仔数性状相关，因此可将该分子标记用于筛选猪繁殖性状和选育，即提供了猪PCCB基因中一个SNP分子标记在猪繁殖性状的标记辅助育种的新用途，实现了对猪繁殖性状的早期筛选，筛选方法简单快速。
附图说明
[0018]图1为本专利技术实施例1中PCR产物的琼脂糖凝胶电泳检测图，其中泳道M为DL2000 Marker，泳道1
‑
3为黑猪中的扩增片段，片段大小为713bp；
[0019]图2为本专利技术实施例1中g.77221540C>T位点的的测序图谱；
具体实施方式
[0020]下面将结合本专利技术中的实施例，对本专利技术的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动条件下所获得的所有其它实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0021]实施例1猪PCCB基因SNP检测片段的获得及多态性位点检测方法的建立
[0022]1、猪基因组DNA的提取
[0023]本专利技术的试验猪品种为大白猪，猪基因组DNA的提取采用Invitrogen公司生产的动物组织基因组DNA提取试剂盒(PureLink
TM
Pro 96Genomic DNA Purification Kit,K182104A)，按该试剂盒说明书进行猪基因组DNA提取。对提取出的DNA进行浓度和质量检测，置于
‑
20℃下保存备用。
[0024]2、猪PCCB基因SNP遗传标记检测片段的获得
[0025](1)PCR扩增
[0026]根据猪PCCB基因的基因组序列(GenBank ID：NC_010447)中的SNP遗传标记检测序列(如SEQ ID NO.1所示)设计一对引物，扩增多态性位点的片段。引物如下：
[0027]上游引物：5'AGACCCTTCACAAAGCCTGC 3'
[0028]下游引物：5'GTCAGAGGCACCTTGCACA 3'
[0029]利用上述引物，以大白猪基因组DNA作为模板，进行PCR扩增，PCR反应体系50μL，体系中各组分为：基因组DNA 100ng、PCR mix 25μL、上述上下游引物各1μL、加ddH2O补至总体积50μL。
[0030]PCR的运行程序为：94℃预变性3min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸30s，35个循环；72℃延伸10min；4℃保存。PCR产物用1.5％琼脂糖凝胶电泳检测，检测结果如附图1所示，其中泳道M为DL2000 Marker，泳道1
‑
3为大白猪中的扩增片段，扩增片段大小为713bp，其序列如SEQ ID NO.1所示。
[0031]SEQ ID NO.1:
[0032]AGACCCTTCACAAAGCCTGCTTTAGGTTTCCACCTCCTGCTTCTCCATTCTTCTTTTTGTTGCTCCTTAGGTCTCTAGTAATGTTTATGGAACTAGTTACCTTGTTCCAAGGTCAGGCTCTCCTTACCCCCACGTCTCTCCGGCTTTCCCTCCTACTCTTTTATTTGCCTTCCACGTTAGTGACTCCTGGAGCAGCCTTGGTATCCTTGCTGGCTTAATTCTACTGGTAACTCTTGTCTCTTGGGCAGGATGATGGAATATAGGCTTTCACATGGGGCGGAGGCAAAATCAGCCCTCCTGGCC本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与猪繁殖性状和猪育种相关的SNP分子标记，其特征在于，所述繁殖性状为总产仔数和健仔数；所述分子标记位于猪PCCB基因的部分DNA序列中，所述分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，该序列长度为713bp；所述分子标记包括rs345310133位点的SNP；在所述序列的第387bp处存在一处C/T碱基突变。2.根据权利要求1所述的与猪繁殖性状和猪育种相关的SNP分子标记，其特征在于，所述序列SEQ ID NO.1中第387bp处的C或T的碱基多态性位点，表现为CC、CT或TT三种基因型，其中T等位基因为优势等位基因。3.如权利要求1或2所述的SNP分子标记在在猪繁殖性状筛选和猪育种中的应用。4.一种用于扩增权利要求1所述的分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括：上游引物的核苷...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐忠，梅书棋，彭先文，徐珂，周佳伟，张宇，李梓芃，乔木，吴俊静，孙华，宋忠旭，赵海忠，李良华，
申请(专利权)人：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：